chip_seq在增强子研究中的应用

最新推荐文章于 2024-07-14 18:10:00 发布
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增强子是基因组中调控转录活性的DNA序列，具有远距离效应和无方向性。CHIP_seq技术用于鉴定增强子，如通过转录因子peak聚类、组蛋白修饰标记、POLR2A和P300抗体结合。超级增强子是增强子富集区域，通过合并相邻增强子并按score排序，斜率大于1的区域定义为超级增强子。目前已有增强子和超级增强子相关数据库。
摘要由CSDN通过智能技术生成

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增强子是真核生物基因组中的一段长度在几十到几千bp之间的DNA序列，可以显著提高靶标基因的转录活性，属于顺式作用元件的一种。

1981年Benerji在SV40 DNA中发现一个140bp的序列，可以大大提高血红蛋白融合基因的表达水平，位于SV40 早期基因的上游， 由两个正向重复序列组成，每个长度在72bp 。

和启动子区的转录调控机制相比，增强子的作用方式有以下几个特点

  1. 具有远距离效应，增强子和靶标基因的距离可以非常的远，从几K到几M的距离都可以

  2. 无方向性，增强子可以对其两侧的靶标基因进行调控，而且靶基因可以在任意一条链上，而启动子只能下游临近的基因

鉴定增强子的方法多种多样，在chip_seq领域，常用的有以下几种方式

  1. 对多个转录因子的peak区域进行聚类，识别增强子区域

  2. 将H3K4me1和K3K27ac这两种组蛋白修饰作为增强子区的mark

  3. 使用II型RNA聚合酶的最大亚基POLR2A作为抗体进行chip_seq，识别增强子

  4. 使用组蛋白乙酰化转移酶P300作为抗体进行chip_seq,识别增强子

通过对chip-seq数据进行分析，鉴定出了非常多的增强子序列。在此基础上，进一步提出了超级增强子的概念，将增强子富集的区域定义为超级增强子，识别的方法如下

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要做就做深做精！ Everything needs good justification. The interpretation should be biologically and statistically sound. shit 做生信，等级确实是真实存在的，初级的就是没有什么想法，别人做什么我模仿着做一下，就是科技服务大部分的客户；中级的就是一个新东西出来了，我正好去抢某个点，典型的就...
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