【GO富集分析】GO注释文件爬取

GO数据库注释文件爬取


最近在做基因富集分析发现,很多非模式植物通过 clusterprofiler做富集分析都需要自备注释文件,这时我们需要GO的注释文件,需要自己整理,这里通过python来爬取 GO数据库 来制作注释所需的文件。

爬取整体思路

  • 通过观察GO的网址,我们不难发现,整个网页的网址格式是固定的,如http://amigo.geneontology.org/amigo/term/GO:0000004,网址前面都是,http://amigo.geneontology.org/amigo/term/,变的是后面的GO:0000004。
    所以我们只需要用python循环来构建url即可爬取。
    在这里插入图片描述在这里插入图片描述

  • 在整个网页,我们只需要前面的信息,通过翻阅网页源代码,我们可以发现,这些信息都在元素dl的内部。
    在这里插入图片描述
    在这里插入图片描述

代码实现

  1. 构造GO编号生成函数
def Number(num)
  • 2
    点赞
  • 8
    收藏
    觉得还不错? 一键收藏
  • 2
    评论
评论 2
添加红包

请填写红包祝福语或标题

红包个数最小为10个

红包金额最低5元

当前余额3.43前往充值 >
需支付:10.00
成就一亿技术人!
领取后你会自动成为博主和红包主的粉丝 规则
hope_wisdom
发出的红包
实付
使用余额支付
点击重新获取
扫码支付
钱包余额 0

抵扣说明:

1.余额是钱包充值的虚拟货币,按照1:1的比例进行支付金额的抵扣。
2.余额无法直接购买下载,可以购买VIP、付费专栏及课程。

余额充值