分享一个外泌体数据库

外泌体在肿瘤发生、发展和转移中起着至关重要的作用。外泌体可以诱导或促进肿瘤形成。例如:源自乳腺癌和前列腺癌细胞的外泌体通过转移其miRNA诱导肿瘤

外泌体还与肿瘤微环境的血管生成和细胞外基质重塑有关,这是肿瘤生长和转移扩散的关键步骤。例如:来自缺氧胶质母细胞瘤 (GBM) 细胞的外泌体诱导内皮细胞的促血管生成过程和 GBM细胞增殖。

此外,癌细胞脱落的外泌体会促进对各种化学治疗剂和抗体的耐药性。外泌体直接与治疗剂相互作用并降低了它们对癌细胞的功效,或者是由于外泌体(主要来自CAF)改变了癌细胞的转录组以促进其存活。

我们来对比一下exoRbase 1.0和2.0有什么不同:

可以看到,相较于1.0版本,2.0版本无论是从样本量还是从基因数目上都有了很大的更新,这得益于新一代测序技术的发展。

此网站的主界面如下,可以看到里面后很多的菜单,想知道哪个菜单怎么使用,可以去看看今年发表的文章:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34918744/

我们直接点击downloads选项,便可以下载数据:

 此处可以下载注释数据: 

 注释数据下面便是表达数据:

 可以看到有很多不同疾病的表达数据,这些数据库能够用来干什么呢?

例如:我们要研究冠心病(CHD)的外泌体基因,就可以把冠心病的数据和健康人的数据下载下来,无非就是筛选差异基因,然后再和组织测序的数据进行比对,进行后续进一步的分析。

提示:研究这些数据时,一定要注意它们是什么格式的数据可以点击Tutorial查看:

可以看到,lncRNA和mRNA的数据是TPM格式,要进行分析时,可以转换为log2TPM格式,circRNA是CPM格式,可以转换成log2CPM格式进行研究。 

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生物信息学是科学研究的一个多学科领域,它使用计算机科学知识来分析生物数据。 生物信息学通常在实验室中用于湿实验室实践。 该研究领域涵盖基因组学,蛋白质组学和代谢组学。 这些中的每一个都处理由世界著名组织(如NCBI,EMBL等)创建的各种数据库。各个级别的学生,院士,企业人员从诸如ENA,Ensembl,UniProt,PDB等著名数据库中提取信息。提取的数据需要进行转换以进行分析和图形绘制。 根据分析结果和图形结果,科学家和研究人员得出结论或做出重要决定,以建立某些生物学事实。 现在,从巨大的生物学数据库中提取生物学数据是一项艰巨的任务。 它需要一个非常有效的工具,该工具不仅可以提取信息,而且还可以提供数据分析和图形绘制便利。 在技​​术领域中,有许多编程工具可以利用它们的弱点和优点。 例如C,C ++,Perl,Ruby,JavaScript或PHP,Java,R,Python,Bash等语言工具。生物信息学的研究人员大致分为两类:第一类不想自己制作软件和其他人。 两者都将进行数据分析; 执行统计测试,绘制图表并使用其他程序员制作的生物信息学软件。 但是第二组可能有兴趣编写自己的脚本或构建供自己使用或帮助其他研究人员的软件。 对我来说,R编程将是上述两个小组的最佳选择。 因为它具有丰富的生物软件包集合,可支持在生物信息学研究领域对lncRNA进行深入分析。

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