外泌体在肿瘤发生、发展和转移中起着至关重要的作用。外泌体可以诱导或促进肿瘤形成。例如:源自乳腺癌和前列腺癌细胞的外泌体通过转移其miRNA诱导肿瘤
外泌体还与肿瘤微环境的血管生成和细胞外基质重塑有关,这是肿瘤生长和转移扩散的关键步骤。例如:来自缺氧胶质母细胞瘤 (GBM) 细胞的外泌体诱导内皮细胞的促血管生成过程和 GBM细胞增殖。
此外,癌细胞脱落的外泌体会促进对各种化学治疗剂和抗体的耐药性。外泌体直接与治疗剂相互作用并降低了它们对癌细胞的功效,或者是由于外泌体(主要来自CAF)改变了癌细胞的转录组以促进其存活。
我们来对比一下exoRbase 1.0和2.0有什么不同:
可以看到,相较于1.0版本,2.0版本无论是从样本量还是从基因数目上都有了很大的更新,这得益于新一代测序技术的发展。
此网站的主界面如下,可以看到里面后很多的菜单,想知道哪个菜单怎么使用,可以去看看今年发表的文章:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/34918744/
我们直接点击downloads选项,便可以下载数据:
此处可以下载注释数据:
注释数据下面便是表达数据:
可以看到有很多不同疾病的表达数据,这些数据库能够用来干什么呢?
例如:我们要研究冠心病(CHD)的外泌体基因,就可以把冠心病的数据和健康人的数据下载下来,无非就是筛选差异基因,然后再和组织测序的数据进行比对,进行后续进一步的分析。
提示:研究这些数据时,一定要注意它们是什么格式的数据可以点击Tutorial查看:
可以看到,lncRNA和mRNA的数据是TPM格式,要进行分析时,可以转换为log2TPM格式,circRNA是CPM格式,可以转换成log2CPM格式进行研究。