10X Genomics原理白话记录

听了好久10X 10X的，一直都没弄明白到底是怎么回事，这次系统学习一下，因此想粗略总结一番。

前言

首先，明确单细胞测序技术发展迅速，出现很多类型的平台进行辅助，但10X因为测序上下限大，处理灵活，被广泛使用。

（10X Genomics 一次测序可以捕捉100-80,000个细胞，具有极高的细胞通量。单细胞的测序通量平均也在50,000 reads/per cell 左右，而如果使用细胞核进行测序则平均通量为25,000 reads/per nuclei。）

 单细胞测序技术能够解决①常规测序中因样本量太少无法进行测序的问题；②PCR扩增的偏好性问题；③细胞间的异质性。

比如，bulk RNA-seq将样本中所有细胞混在一块，测的是细胞内基因表达的平均值。而单细胞测序将每个细胞分开进行扩增，测的是每个细胞中基因表达的值，能够解决细胞间异质性的问题。

 单细胞测序避免PCR扩增偏好性：在扩增的时候不同核酸序列在同样的条件下扩增程度不一样。有些核酸序列容易被扩增，有些核酸序列不容易被扩增，导致在同样时间同样条件下可能获得不一样的扩增倍数，所以扩增后的核酸序列丰度与扩增前是有一定的差异的。

单细胞测序能够避免PCR扩增偏好性，并不是在扩增本身有了技术变革，而是因为它所计算的不是扩增后的核酸序列的相对丰度，而是计算了扩增前核酸序列的实际数值。。。

原理阐述

细胞分选

微流控交叉（十字）系统

 凝胶微珠（带有Barcode的Gel Beads）进入交叉系统中，在第一个十字中与细胞悬液、酶相结合，在第二个十字中与油相结合，形成凝胶微珠-细胞-油的包裹结构（GEMs【Gel Bead in emulsion】）。

凝胶微珠是如何识别细胞的呢？

凝胶微珠表面结构如下：

Read1+10x Barcode+UMI+Poly(dT)+sequence

 Read1：上游引物。（确定Barcode与UMI来源）

10x Barcode：与细胞融合，标记细胞。每个细胞有不同的Barcode。

UMI：用于标记mRNA。每条mRNA有不同的UMI。

Poly(dT)：用于识别RNA的3'末端有一个polyA的尾巴，捕获mRNA。

构建文库

PCR扩增

反转录（RT）成cDNA

10x Genomic中V2与V3文库有所区别

 

 

单细胞测序学习（一） - —小郑同学— - 博客园