细菌全基因组序列怎么构建系统进化树啊：详细思路解读，一文掌握

Narrow your topic。信息爆炸时代，聚焦自己的主题，是避免知识焦虑的有效手段。

最近我们学习系统进化树，就把相关论文/文档看一看，软件用一用，逐步就会对这一主题有所了解。其中碰到的问题，再深入去学习。

比如群里有朋友问：

请问细菌全基因组序列怎么构建进化树啊 零基础小白一枚[捂脸]

其实稍微了解一下基础知识就明白了。进化树是什么？是直观展示样本之间进化关系的树。那进化的本质原因是什么？是变异。进化树就是展示变异的一种形式。

回到群友的问题，要构建系统进化树，首先要找到基因组序列之间的变异，可以采用的手段有：

• 对全基因组序列进行多序列比对，然后建树。这是最简单直接的，前提是计算资源和运算时间能够支持。

• 也可以先简化数据，把全基因组之间的差异，简化成它们之间的SNP、保守基因或者Motif序列之间的差异等。可以极大地减小运算量，这也是非常常见的做法。

所以，要构建系统进化树，就必须找到样本之间的差异。不管是全基因组、SNP、保守基因或者Motif序列，首先要做的就是多序列比对。我们今天就来学习一个非常流行的多序列比对工具：MUSCLE。

MUSCLE简介

MUSCLE全称是Multiple Sequence Comparison by Log-Expectation，是一款开源的快速多序列比对软件。MUSCLE由Robert C. Edgar开发，其最显著的特点是高精度和高速度，在生物信息学界广受欢迎。

MUSCLE的功能特点

高精确性

MUSCLE采用了渐进式比对和横向精炼的方法来提高多序列比对结果。它通过一系列复杂的步骤，如构建序列发生树、计算Kimura距离矩阵等，来不断优化比对结果，确保我们得到的是最准确的对齐序列。在许多基准测试中，MUSCLE的表现都非常优异，尤其是在中小规模数据集上。

速度较快

相比于传统的比对工具如ClustalW，MUSCLE在速度上有显著优势。这使得它在处理大量序列时更加高效。

灵活性强

MUSCLE支持多种格式的输入和输出，包括FASTA、Clustal等。这使得它能够与其他生物信息学工具无缝整合。

多种比对方法

MUSCLE可以使用多种方法进行序列比对，包括渐进比对、迭代细化和邻接聚类。用户可以根据具体需求选择最合适的方法。

总结

MUSCLE是一款功能强大且高效的多序列比对工具，适用于各种规模的序列比对任务，尤其适合中小规模数据集。无论你是需要进行功能位点识别还是保守区域分析，MUSCLE都能提供高精度的比对结果。而Galaxy平台（usegalaxy.cn）则为MUSCLE的使用提供了更加便捷和高效的环境，使得生物信息学分析变得更加简单。

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