16s测序 | 如何轻松发表文章

友情转发：来自谷禾健康的16s测序和研究总结，里面有非常有用的工具，另外做肠道菌群研究的朋友们有福利！

近年来，随着高通量测序平台的发展，微生物群落的组成和多样性是研究热点，其中扩增子16s测序是使用较为广泛的技术。各大杂志接连发表相关文章。

目前，与谷禾合作的老师们已在各自研究的领域不断发表文章。下面挑选近期几篇文章和大家分享，涵盖了水体，小鼠，土壤多个领域。

文中有写文章神器！

已发文章

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研究背景

迅速的工业化、城市化和人口增长导致河流污染和水生生态系统的退化。几十年来，许多研究评估了水生生态系统的健康状况，并监测和恢复了河流和湖泊的功能。然而传统的生物指示物种，例如无脊椎动物和硅藻，在严重污染的河流中面临更高的灭绝风险。因此，需要新的敏感和可靠的指标来识别和监测污染严重的河流，如黑臭河的变化。

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主要图表

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主要结论

研究揭示了不同污染水平的城市河流细菌群落的多样性、组成、共生模式和功能的变化。不同黑臭水平的细菌群落组成和共生关系明显不同，但细菌群落多样性的变化在黑臭水平上没有明显差异。此外，在严重污染的河流中，细菌群落功能受到抑制。与能量代谢以及异生物降解和代谢相关的基因丰度显著降低。

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研究背景

抑郁症是一种精神疾病，导致显著和持续的情绪和兴趣下降。不健康的饮食或生活方式会导致抑郁。抑郁症的发病率逐年上升，预计到2020年将成为仅次于心脏病的第二大人类疾病。研究发现抑郁症患者表现为脑、内分泌、免疫和肠脑功能异常，脑-肠轴向功能障碍可能是抑郁症的主要病理机制。越来越多的证据表明，膳食补充益生菌可改善重度抑郁症患者或面临社会压力的人的压力引起的抑郁和抑郁行为或情绪。

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主要图表

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主要结论

结果表明马乳酒样乳杆菌ZW3可以通过调节色氨酸代谢紊乱，保护下丘脑-垂体-肾上腺轴，抑制由慢性轻度不可预见性应激引起的炎症，从而改善抑郁症。此外，饲料中添加马乳酒样乳杆菌ZW3可使慢性轻度不可预见性应激抑郁小鼠肠道微生物区系更加平衡。ZW3增加了小鼠粪便中的抗炎和抗应激微生物丰度，如放线菌、拟杆菌、毛螺菌科、红蝽菌科、双歧杆菌科和阿克曼氏菌等，降低了与疾病和应激呈正相关的微生物，如小鼠粪便中的变形菌。

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研究背景

多环芳烃(PAHs)是广泛存在于土壤中一类持久性有机污染物，具有毒性、致突变性和致癌性，可通过食物链进行生物积累，威胁人类健康。

表面活性剂强化植物修复技术(SEPR)是一种高效、经济的有机污染土壤修复技术。植物促进微生物降解是去除污染土壤中多环芳烃的主要贡献。PAHs的去除是由于污染土壤中微生物群落组成改变和PAHs降解微生物数量的增加所致。此外，微生物群落中PAHs的降解是土壤中PAHs消散的主要因素。因此，有必要研究土壤中残留多环芳烃的生物可利用部分和其它组分，以便更好的了解污染土壤中多环芳烃组分的动态变化。

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主要图表

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主要结论

1∶1的混合比例SDBS-Tween 80表面活性剂增强了菲和芘的修复。DHO活性分析表明，DHO是一种重要的酶，生物有效分数的变化是菲和芘消散的主要指标。混合表面活性剂促进多环芳烃从结合态、残余组分向生物有效组分的转化。此外，混合表面活性剂增加了多环芳烃降解细菌和降解相关基因的丰度，从而促进了多环芳烃的生物有效组分的降解。

以上几篇文章从建库、测序到分析均由谷禾提供完整的技术服务。

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来有效的统一和组织以及

分析这些不同来源、类型的数据和信息

谷禾对生物信息的数据结构和信息构成

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搜索栏中可以搜索中文关键词

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功能

谷禾学术搜索界面首页

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  文章版搜索

例如在搜索框内输入关键词“microbiome”，可以看到能搜出来19121篇文章，只用时0.043秒。点击文章标题可以查看全文，关联Sci-hub可以下载PDF全文。

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例如，在搜索框输入“DNA extraction”可以直接搜到关键词的相关句子，搜出来的结果关联度很高，而非一般搜索引擎那样出现一大堆无用信息。

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例如，在搜索“DNA extraction”的时候，我们在后面的第一个下拉菜单选择 “Methods”（方法），第二个下拉菜单选择 “Middle sentence”（中句），那么它只会在方法部分出现该关键词的文章中搜索，同时只搜中句。我们可以看到除了指定搜索内容，还可以指定搜索的句子长短。

看到这里，是不是觉得这个搜索非常随心所欲，想怎么搜就怎么搜？

先别激动，后面还有功能没介绍完...

  支持中文搜索

有时候突然单词不会拼了，或者不知道该用哪个词的时候，这种情况应该遇到过吧？没关系，别急着找翻译软件，试试直接在搜索框内输入中文，例如 “小鼠 粪便”，我们可以看到同样能搜到英文文献！

  按作者检索

有时候看到一篇文献觉得很精彩，于是想找该作者的其他研究成果，这里又可以用到谷禾学术搜索啦，先从句子版切换到完整版（Normal version）。例如，在Authors前面的框内输入“Yigong Shi”，该作者相关的88篇文献就全搜出来啦！

一气呵成，是不是很方便？

  按单位检索

例如，在“Authors affiliation”输入“Zhejiang University”，相关文章 61683 篇文章就都搜出来啦。

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弹出的评论框如下：

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  数据库

文献范围包括生命科学，医学，环境科学等，内容包括摘要2600万，全文650万，句子2.4亿，最后更新时间为 2019-5-6

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我们的优势

一体化服务

我们在高通量测序行业服务长达7年，无论是科研设计的思路，实验技术支持还是数据分析甚至整个流程的把控都有了非常丰富的经验。

取样便捷稳定

运输条件：全程常温运输。

取样管内稳定液经过海量样本测试，并通过大量样本的极端条件重复测试。测试结果表明君验的样品保存可在常温下有效保存超过3个月。

专利提取技术

实验过程用到严格的提取，建库技术（包括发明专利提取技术、高保真酶、循环数控制、空白和对照试验、独立barcode控制数据切分、凝胶电泳+荧光定量双重质检）。

测序平台和技术

Illumina Hiseq / Novaseq 高通量测序

2*150 bp

Q30 质量大于93%

平均10万reads，最低5万reads

肠道菌群样本70%到种

致病菌95%特异性

扩增引物

V4区：

515F：GTGCCAGCMGCCGCGGTAA

806R：GGACTACHVGGGTWTCTAAT

V3-V4区：

341F5' -ACTCCTACGGGAGGCAGCA-3'

806R5' -GGACTACHVGGGTWTCTAAT-3'

注：一般情况下默认是测V4区，如果特殊要求测V3-V4区也可以做，周期会相应延长至一个月。

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从取样到报告完成到售后，全程使用在线项目系统，方便大家随时与项目相关技术人员沟通交流，便捷高效。

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为推动肠道菌群的健康及临床应用

谷禾基于自身检测和数据分析优势

设立开放基金

希望联合来自各个领域和方向的

研究人员以及合作者

帮助完成大样本队列的实验和检测

以及后续的深度分析

最终早日实现

肠道菌群在现实生活和临床应用中的落地

简而言之

只要你有实际临床意义

或健康检测价值的实验设计或设想

都可以申请加入

如果您的项目通过申请

即可免费享受技术服务

了解更多详情请查看官网

谷禾人体肠道菌群开放基金

http://www.guhejk.com/wordpress/?p=316

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即可在线申请填写

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目前部分已开展的申请项目如下

很多项目已陆续启动

甚至有项目已进入第三阶段

还不快上车？

个人健康产品

我们除了做科研服务之外，还有对人体肠道菌群构成和个人健康状态的检测服务，目前已上线的产品如下：

关于我们

杭州谷禾信息技术有限公司成立于2012年，由几位浙江大学博士和教授创立。多年来服务于全国以及世界众多知名高校研究所和医学研究单位。840方的专业研发和生产实验室，建成可进行全系列的高通量测序和数据分析平台，现有实验与检测项目已实现自动化平台操作，保证了业界领先的可靠性和检测能力。从头设计开发检测流程，可独立完成从样本管理到医学检验及报告出具等整套肠道菌群检测服务并提供综合解决方案。

合作伙伴

谷禾多年来服务于如北京大学、清华大学、浙江大学及其附属医院、复旦大学及其附属医院、上海交通大学、中国科学研究院、中国农业科学研究院等上百家科研院校和医疗机构，已合作发表高水平SCI论文上百篇。

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如有合作意向或者各种疑问，欢迎打扰。

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