细节满满 | AlphaFold在线版使用攻略详解

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AlphaFold的横空出世，引起了生物学界的巨大震动，乃至颠覆了整个生命科学，AI可以预测蛋白结构，这种似乎是梦中的事情，竟成为现实，一时间，无论是积极的还是负面的消息，都将AlphaFold推向了舆论的浪尖。但对于我们这些生命科学领域的参与者来说，通过AI软件即可获取一个相对精确的蛋白结构，是一件非常美妙的事情。因此，今天我们将为大家详细介绍究竟该如何利用AlphaFold在线版来为我们的科研工作服务。

登录AlphaFold Colab网站

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Google colab是一个Jupyter 笔记本环境，可让操作者在云端进行无门槛运行，免费使用Google的GPU。而AlphaFold Colab网站，可以让你使用略微简化的AlphaFold v2.3.0版本来轻松预测蛋白质的结构。当然，与本地的AlphaFold相比，这个在线的笔记本可能在预测过程中存在一定的精度下降，虽然在许多目标上的准确度与完整的AlphaFold系统几乎相同。要登录该网站，你必须使用科学上网（VPN），并下载谷歌浏览器，用谷歌浏览器完成后续的登录和操作。网址如下：

https://colab.research.google.com/github/deepmind/alphafold/blob/main/notebooks/AlphaFold.ipynb

注册并登录谷歌账户

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进入该Colab笔记本后的界面如下所示，此时需要点击右上角红圈所示处登录谷歌账户。

如果你没有谷歌账户，需要点击“创建账号”进行注册。

按要求填写信息，完成后点击“下一步”：

验证手机号时，需要选择“中国地区+86”，输入手机号，点击下一步，之后谷歌会将验证码发送到你的手机，输入验证码进行验证：

验证通过后再填写一些信息，生日和性别，之后几步是一些无关紧要的设置以及阅读一些隐私条款，可以跳过或快速设置，注册完成后返回登录界面登录谷歌账号即可。

*注意：谷歌账户的注册和登录过程一定要在谷歌浏览器上完成！

配置环境

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完成登录后的界面显示如下，接下来需要配置环境：

先点击“Install third-party software”：

安装完成后，显示如下：

再点击“Download AlphaFold”：

安装完成后显示如下：

*注意：运行AlphaFold需要连接GPU，因此，需要按下图所示操作，将运行时设置为GPU

进行预测

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在上述两个命令运行完毕后，我们成功的配置好了文件。在下图所示序列框中，输入准备好的蛋白序列并点击运行。如果你只输入一个序列，将使用单体模型。如果你输入多个序列，将使用多聚体模型。

接下来，运行“Search against genetic databases”。一旦这个单元被执行，你会看到关于AlphaFold将使用的多重序列排列（MSA）的统计数据。特别是，你会看到每个残基在MSA中被相似序列覆盖的程度。

结果如下所示：

最后，点击“Run AlphaFold and download prediction”，获取最终预测结果：

通过Google colab，我们可以很方便的在线运行AlphaFold，但也正如AlphaFold colab笔记首页所说，colab并不能提供完整的AlphaFold功能，如果硬件允许的话，想要更精准的预测，还是推荐下载使用本地版AlphaFold。

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