2020.8.24丨生信工作站硬盘选择


最近根据老板要求,新增基因组组装业务,对现有工作站需要扩容。选择固态硬盘本是毫无疑问,但在接口,品牌、容量大小以及价格等多方因素进行权衡则需要进行市调。故本篇文章对三星、西数、金士顿三个品牌的固态硬盘进行简单罗列,,供大家参考。

固态驱动器(Solid State Disk或Solid State Drive,简称SSD)

定义:俗称固态硬盘,固态硬盘是用固态电子存储芯片阵列而制成的硬盘,因为台湾英语里把固体电容称之为Solid而得名。
分类:SSD由控制单元和存储单元(FLASH芯片、DRAM芯片)组成。

基于闪存的固态硬盘

基于闪存的固态硬盘(IDEFLASH DISK、Serial ATA Flash Disk):采用FLASH芯片作为存储介质,这也是通常所说的SSD。它的外观可以被制作成多种模样,例如:笔记本硬盘、微硬盘、存储卡、U盘等样式。这种SSD固态硬盘最大的优点就是可以移动,而且数据保护不受电源控制,能适应于各种环境,适合于个人用户使用。寿命较长,根据不同的闪存介质有所不同。SLC闪存普遍达到上万次的PE,MLC可达到3000次以上,TLC也达到了1000次左右,最新的QLC也能确保300次的寿命,普通用户一年的写入量不超过硬盘的50倍总尺寸,即便最廉价的QLC闪存,也能提供6年的写入寿命。可靠性很高,高品质的家用固态硬盘可轻松达到普通家用机械硬盘十分之一的故障率。

基于DRAM类

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配置生信环境需要安装一些生信软件和依赖库,以下是在双系统Ubuntu22.04中配置生信环境的具体步骤: 1. 安装基本的软件和依赖库 在终端中输入以下命令安装基本软件和依赖库: ``` sudo apt-get update sudo apt-get install build-essential gcc-multilib aptitude cmake git wget curl unzip zlib1g-dev libncurses5-dev libbz2-dev liblzma-dev libcurl4-openssl-dev libssl-dev libxml2-dev libpng-dev libjpeg-dev libtiff-dev libcairo2-dev libxt-dev libx11-dev libgtk-3-dev libpq-dev libmysqlclient-dev libsqlite3-dev libhdf5-dev libbz2-1.0 liblzma5 libcurl4 libssl1.1 libxml2 libpng16-16 libjpeg-turbo8 libtiff5 libcairo2 libxt6 libx11-6 libgtk-3-0 libpq5 libmysqlclient21 libsqlite3-0 libhdf5-103 ``` 2. 安装生信软件 在终端中输入以下命令安装生信软件: - 安装Samtools ``` sudo apt-get install samtools ``` - 安装Bedtools ``` sudo apt-get install bedtools ``` - 安装BWA ``` sudo apt-get install bwa ``` - 安装HISAT2 ``` sudo apt-get install hisat2 ``` - 安装STAR ``` sudo apt-get install star ``` - 安装StringTie ``` sudo apt-get install stringtie ``` - 安装RSEM ``` sudo apt-get install rsem ``` - 安装FeatureCounts ``` sudo apt-get install subread ``` 3. 安装conda 在终端中输入以下命令安装conda: ``` wget https://repo.anaconda.com/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh ``` 安装过程中需要按照提示进行设置。 4. 创建conda环境 在终端中输入以下命令创建conda环境: ``` conda create -n myenv ``` 5. 启动conda环境 在终端中输入以下命令启动conda环境: ``` conda activate myenv ``` 6. 安装Python和Python库 在conda环境中输入以下命令安装Python和Python库: ``` conda install python=3.8 conda install pandas numpy matplotlib seaborn scipy scikit-learn jupyterlab ``` 7. 安装其他生信软件 在conda环境中输入以下命令安装其他生信软件: - 安装GATK ``` conda install gatk4 ``` - 安装Picard ``` conda install picard ``` - 安装Trimmomatic ``` conda install trimmomatic ``` 配置生信环境的具体步骤因人而异,以上仅供参考。
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