2021.04.29丨KEGG富集点状图绘制问题——附绘制脚本

项目场景：

KEGG富集图绘制问题

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问题描述：

得到差异基因名称，却无法成功绘制富集点状图。

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原因分析：

require("clusterProfiler")
require("AnnotationHub")
require("topGO")
require("Rgraphviz")
library(DOSE)
library(org.Hs.eg.db)
#data=read.table("../../diffgene.list",header = F)
data=read.table("../diffgene.list",header = F)

gene<-as.vector(data$V1)
gene_list <- mapIds(org.Hs.eg.db, keys = gene,
                       column = "ENTREZID", keytype = "SYMBOL" )

kk <- enrichKEGG(gene_list, organism="hsa",
                 keyType = "ncbi-geneid",
                 #pvalueCutoff=0.05,
                 pAdjustMethod="BH",
                 qvalueCutoff=0.05
                 )

head(summary(kk))
pdf(file="kegg.enrich.pdf")
dotplot(kk)

此处 enrichKEGG()参数识别的基因名称必须是全部大写，而我们在gtf中提取到的基因名称一般是首字母大写或者全部小写，因此需要处理。

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解决方案：

vi diffgene.list
gg gU G #文档全部大写，无需提前输入冒号
#补充 gg gu G 文档全部小写

参考文档：https://www.cnblogs.com/fortran/archive/2010/07/25/1784513.html

结果展示

可以先summary()函数看R的统计结果

使用head()查看前六行数据，没有问题后，再来看看图片。

总结

绘制kegg enrich图一定要保证输入的基因名称是大写格式。