2021-10-29【微生物】丨qiime2样品预处理表格自动化脚本

摘要

前段时间研究16S/ITS的分析，对qiime2的分析流程有了一定了解，分析方面已经有一套流程了，后续会进行整理发布。在分析之前，软件需要提供预处理文件，包括一份样品数据表格（双端测序数据格式），一份样品分组表格。这两个之前都是手动生成，分组表格是没什么办法的，每个项目的分组情况都不一样，但是样品数据表格是可以研究一下自动生成的。在此记录一下。

工具与方法

使用语言：bash

使用命令

第一部分是从供应商拿到的项目数据里面提取原始数据。放到01.data中备用

for i in */00.RawData/*/*.raw_1.fq.gz;
do 
i=${i%.raw_1.fq.gz};
mv {${i}.raw_1.fq.gz,${i}.raw_2.fq.gz} ./;
done

接下来就需要通过样品名获取完整的样品数据路径，并且打印qiime2需要的表格格式。

echo -e "id\tforward-absolute-filepath\treverse-absolute-filepath" >> all_sample.txt;
for i in *.raw_1.fq.gz;
do 
i=${i%.raw_1.fq.gz};
echo -e "${i}\t`pwd`/${i}.raw_1.fq.gz\t`pwd`/${i}.raw_2.fq.gz" >> all_sample.txt;
done

命令介绍
echo -e “” ： 识别并打印双引号里面的分隔符，这样确保输出格式正确；
pwd ：在echo内执行路径获取命令，补充样品的绝对路径；
">> " ：覆盖输入到文档中，如果是单个大于号输入，将清除先前文档，最后文档中只有最后一行。

结果展示

总结

其实文档本来手动操作也不难，用excel也能做。但考虑到qiime2要求绝对路径，每次修改都有些麻烦，因此优化了这部分内容。如果大家有更好的建议，欢迎加群讨论，或者加我VX：bbplayer2021邀请进群。