第三章：GWAS基因分型平台介绍

最新推荐文章于 2024-11-24 14:43:39 发布
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文章标签： 数据结构 线性回归 python
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大家好，我是邓飞，之前推荐过这本《Genome-Wide Association Studies》的书籍。

已经介绍过的内容：

《Genome-Wide Association Studies》第一章：GWAS分析的主要步骤和关键要点

第二章：GWAS表型数据的准备和管理

今天介绍第三章：《基因分型平台》

这本书整体的目录如下：

图片

整个来说，这一章节没有什么代码或者模型的介绍，都是基因分型平台的介绍，常见的基因分型平台有：

* 基因芯片

* GBS

* TGBS

* 全基因组重测序

飞哥注：

芯片（固态芯片和液相芯片）和重测序最为常见，GWAS分析也多采用这两种检测方法的其中一种。

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第四章：GWAS中的统计模型
邓飞----育种数据分析之放飞自我
10-30 1244
4，ECMLLM，CMLM基础上开发，ECMLM 方法建立在带有附加参数的 CMLM 之上，该方法研究了测量不同基因型组之间亲缘关系的替代方案，作为成对个体亲缘关系的平均值。3，CMLM：压缩MLM，为了提高QTL检测的统计能力并减少MLM的计算时间，开发了两种MLM相关模型，即压缩MLM（CMLM）和富集CMLM（ECMLM）模型。2，MLM模型：在GLM的基础山，考虑了亲缘关系，这个问题导致了基于混合线性模型 (MLM) 的新 GWAS 方法的开发，该模型在分析中同时纳入了种群结构和亲属关系。
什么是GWAS全基因组关联分析？
青笋的博客
09-13 7066
我们有10个样本，每个样本都有测量的高度和一个SNP的基因型数据。固定效应估计：截距项是植株的基础高度，SNP效应是斜率，固定效应部分告诉我们，SNP基因型与植物高度之间是否存在关联。在全基因组关联分析（GWAS）中，混合线性模型（MLM）是一种广泛应用的统计方法，用于控制群体结构和亲缘关系对关联分析的干扰。固定效应（Fixed Effects）：指感兴趣的因素，其效应是固定的、可重复的。公式左边K表示个体的亲缘关系系数，m表示总的SNP数量，g表示SNP等位基因的编码，p表示SNP等位基因的频率。
GWAS数据分析流程—SNP、Indel提取
weixin_44482816的博客
09-28 9916
1、测序质量评估 ## conda安装fastqc fastqc *.fq.gz 2、合并评估报告 ## conda安装multiqc (可能会要求安装latex,为生成PDF文件所需) multiqc . 3、数据过滤(重复、接头等) ## conda安装fastp（fastp也会生成过滤前后的质量报告，如果需要的话，需要对报告文件重命名） fastp -i in.R1.fq.gz -I in.R2.fq.gz -o out.R1.fq.gz -O out.R2.fq.gz 4、下载参.
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【生信】全基因组关联分析（GWAS） 1.前提知识介绍 1.1 最小二乘法 1.2 GWAS的数学原理 1.3 Hardy-Weinberg定律&卡方检验 1.4 连锁不平衡 1.5 曼哈顿图 1.6 箱式图Box-plot 1.7 QQ plot 2、GWAS的定义 2.1 几个需要知道的概念： 2.2全基因组关联分析 3、GWAS——数据预处理 3.1质控的原因： 3.2基因型数据的质控： 3.4表型数据质控： 3.5正负链翻转 3.6 基因型填补 3.7群体分层校
gwas简介
hgz2020的博客
03-07 5508
gwas
小白轻松入门GWAS：从数据准备到可视化结果
Igenebook的博客
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P值（p-value）是一个重要的统计指标，用于评估某个基因变异（通常是单核苷酸多态性，SNP）与研究的性状或疾病之间关联的显著性。在曼哈顿图中，横轴表示基因组的染色体位置，按照染色体的顺序排列，每个染色体用不同的颜色表示。单核苷酸多态性（Single Nucleotide Polymorphisms，SNPs）是指在基因组的特定位置上，单个核苷酸（A、T、C或G）发生变异，导致不同个体之间在该位置上的碱基不同。质量通常是由一个或少数几个基因控制的，表现为离散的、可区分的类别，例如豌豆的花色或人类的血型。
全基因组关联分析（GWAS）-统计方法与模型简介
wyhua2008的博客
11-01 2187
是对多个个体在全基因组范围的遗传变异（标记）多态性进行检测，获得基因型，进而将基因型与可观测的性状，即表型，进行群体水平的统计学分析，根据统计量或显著性 p 值筛选出最有可能影响该性状的遗传变异（标记），挖掘与性状变异相关的基因。当位于某一座位的特定等位基因与另一座位的某一等位基因同时出现的概率大于群体中因随机分布的两个等位基因同时出现的概率时，就称这两个座位处于连锁不平衡状态（linkage disequilibrium）• 令Yi为第i个个体的质量性状的表型值Yi = {0,1};
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基因: 是指决定生物某一遗传性状的染色体DNA片段 基因型: `基因型`又称`遗传型`，是某一生物个体全部基因组合的总称。它反应生物体的遗传构成，即从双亲获得的全部基因的总和。遗传学中具体使用的基因型，往往是指某一性状的基因型。两个生物只要有一个基因座不同，那么它们的基因型就不相同，因此基因型指的是一个个体所有等位基因的所有基因座上的所有组合。 `基因型`是生物性状表型的内在遗传基础，是肉眼看不到...
GWAS 基本概念
wangprince2017
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全基因组关联分析 GWAS (Genome-wide association study) 应用基因组中数以百万计的单核苷酸多态；SNP为分子遗传标记，进行全基因组水平上的对照分析或相关性分析，通过比较发现影响复杂性状的基因变异的一种新策略 1、关联分析模型 一般线性模型(GeneralLinear Model)：y = Xα + Zβ + e 混合线性模型(Mixed Linear Mod...
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自己找了一些文章和视频，先总结了一部分，后面再做补充和实操 一. 相关概念理解 （1）GWAS： 全称“全基因组关联分析”，使用统计模型找到与性状关联的位点，用于分子标记选择（MAS）或者基因定位 （2）GWAS分析的两类性状： 分类性状（阈值性状，质量性状）：比如抗病性，颜色等等 质量性状指相对性状的变异呈不连续性，呈现质的中断性变化的性状。由1对或少数几对主基因控制。如鸡羽的芦花斑纹...
全基因组关联分析（GWAS）
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*全基因组关联分析（Genome-Wide Association Study, GWAS）**是一种利用统计学方法研究基因变异（通常是单核苷酸多态性，SNPs）与特定性状或疾病之间关联的分析方法。GWAS是一种无假设驱动的研究方法，主要目标是通过分析整个基因组范围内的遗传变异与表型之间的关系，识别与疾病或性状相关的基因位点。GEMMA 是针对混合线性模型（MLM）优化的工具，适合分析复杂性状和控制遗传结构。PLINK 是经典的工具，广泛用于基因型数据的质控、格式转换和初步分析。分析代码类似GEMMA。
GWAS（全基因组关联分析）简介及简单实操
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全基因组关联分析(Genome-wide association study),是指在人类全基因组范围内找出存在的序列变异，即单核酸多态性 (SNP) ，从中筛选出与疾病相关的SNPs。#将vcf文件转换成map、ped格式，然后转换为Plink二进制格式（fam，bed，bim）我认为数据分析是从全基因组分析得出的vcf文件开始的，以下分析流程来自。#安装plink和vcftools，我的服务器是ubuntu的。#R语言作图，我这里是将所有R代码写在脚本里。#下载数据，这里用的是狗的数据。
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weixin_44203980的博客
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只总结了觉得应该记录的一小部分。
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GWAS基于统计学的关联分析方法，将个体的基因型与表型特征进行关联分析，以发现影响表型变异的基因变异。GWAS的应用范围广泛，已经发现了超过10万个与各种疾病（如癌症，高血压，II型糖尿病，类风湿性关节炎等）以及重要生理性状关联的基因位点。一些遗传性疾病和表型特征可能是由于特定的基因变异位点引起的，通过GWAS可以发现这些基因变异位点，并了解它们对人类进化的影响。GWAS对人类进化研究有着重要的贡献。通过GWAS，研究人员可以检测到人类基因组中的变异位点，并了解这些变异位点在不同人群中的分布情况。
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GWAs——全基因组关联分析流程
SUN5_The_answer的博客
09-19 9194
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