EM-seq：酶法甲基化测序，甲基化测序的新选择

DNA甲基化作为一种关键的表观遗传修饰，已被广泛认为在基因表达调控、细胞分化以及多种疾病的发生发展中扮演着重要角色。DNA甲基化：将甲基基团添加到DNA分子的胞嘧啶上，可以影响基因的活性而不改变DNA序列，这种改变的持久性和可逆性使得甲基化成为表观遗传学研究的热点。

研究者们开发出多种技术来检测DNA甲基化，以期更好地理解生物学功能和调控机制。WGBS长期以来被视为检测DNA甲基化的“金标准”，提供了高分辨率的甲基化图谱。但WGBS在用亚硫酸氢盐处理DNA时，会损伤和降解DNA，这样导致所需样本起始量高。随着新技术的涌现，特别是酶法甲基化测序（EM-seq）的引入，我们拥有了更多的选择来进行DNA甲基化的检测。本期，我们来介绍下DNA甲基化检测技术的新星——酶法甲基化测序（EM-seq）。

No.1 EM-seq技术介绍

2021年，发表在Genome Research上的一项研究提出一个基于酶反应的EM-seq技术[1]，该技术可以检测DNA上的5mC和5hmC修饰，且不引入通常与亚硫酸氢盐测序相关的偏差。该技术主要需要3种酶和2次反应。

01.TET2：甲基胞嘧啶双加氧酶2（Tet methylcytosine dioxygenase 2）

02.T4-BGT：T4噬菌体-糖基转移酶（T4-phage beta-glucosyltransferase)

03.APOBEC3A：载脂蛋白B mRNA编辑酶催化亚基3A（apolipoprotein B mRNA editing enzyme catalytic subunit 3A）

• EM-seq原理和流程

TET2是一种依赖于铁（II）/α-酮戊二酸的双加氧酶，它催化5mC氧化为5hmC，然后是5-甲酰胞嘧啶（5fC），最后是5caC，同时形成二氧化碳和琥珀酸（图1A）。T4-BGT催化TET2形成和基因组的5hmC的糖基化为5-（β-糖基羟甲基）胞嘧啶（5gmc）（图1B）。接下来，APOBEC3A脱氨胞嘧啶，但不脱氨5mC或5hmC的保护形式，从而使它们能够进行区分（图1C）。