空间转录组 | Stereo-seq在疾病中的应用研究-CSDN博客

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Stereo-seq（Spatial Enhanced Resolution Omics-sequencing）作为一种空间转录组学技术，能够以高分辨率在组织切片上捕捉基因表达的空间分布，这对于理解疾病的发生和发展至关重要。通过Stereo-seq，可以在单细胞或细胞群体的水平上绘制出基因表达的空间图谱，从而揭示组织中的细胞异质性、细胞间相互作用以及病理特征的空间分布。这种信息对于研究复杂疾病（如癌症、神经退行性疾病和免疫相关疾病）的机制、寻找新的疾病标志物以及开发精准治疗策略具有重要意义。特别是在肿瘤微环境研究中，Stereo-seq可以帮助揭示肿瘤细胞与周围基质、免疫细胞的相互作用，为理解肿瘤进展和耐药机制提供新的视角。因此，Stereo-seq作为一项前沿技术，正在推动疾病研究向更为精细和精准的方向发展。

文献案例

文献一：探究猕猴下丘脑对肥胖和糖尿病的区域特异性的分子响应

发表单位：华大生命科学研究院、复旦大学、西安交通大学医学院、内蒙古大学等
发表期刊：Cell Metabolism
发表时间：2024
影响因子：31.373
主要研究结果：

肥胖（obesity，OB）和糖尿病（diabetes，DB）作为典型的两大代谢疾病，目前仍是公共健康的沉重负担，然而，在开发有效治疗方法方面仍面临着重重挑战。下丘脑（hypothalamus）作为控制食欲和能量消耗的主控制器，可以利用专门的结构和不同的细胞类型来持续监测和响应能量状态的变化。在本研究中，研究人员对肥胖和偶发2型糖尿病（T2DM）两种不同代谢疾病下的猕猴下丘脑开展单细胞核RNA测序（DNBelab C snRNA）和空间转录组测序（Stereo-seq），揭示了灵长类动物特异性的簇和基因分布以及空间区域、细胞类型和基因特征特异性变化。

研究发现，弓状核（INF）和脑室旁核（PVN）最容易受到代谢紊乱的影响，其中室旁核对糖尿病更为敏感。在弓状核中，肥胖导致突触可塑性和能量感应能力降低，而糖尿病涉及细胞屏障受损、小胶质细胞激活和神经元炎症反应相关的分子重编程；在室旁核中，糖尿病猕猴的细胞代谢和神经活动受到抑制。空间转录组学数据显示，糖尿病患者的小胶质细胞更倾向于实质细胞而不是第三脑室。本研究发现不仅为研究下丘脑的代谢调控功能提供了丰富资源，有助于更好地理解代谢疾病发生的机制，也能够为肥胖和糖尿病提供更精确、有效的治疗策略。