featurecount 计数reads

最新推荐文章于 2024-03-23 21:10:46 发布

橙子猕猴桃

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featurecount 计数reads

conda install subread

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https://www.jianshu.com/p/4f2112a2c219
https://wenku.baidu.com/view/92c5ecf95322aaea998fcc22bcd126fff7055dcb.html

featureCounts -T 5 -p -t exon -g gene_id -a Mus_musculus.GRCm38.102.gtf.gz -o A1_count.txt A1_1_sorted.bam

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2021.04.09丨使用featurecount进行定量处理

04-09

1万+

摘要接到一个个性化分析，客户发了一个文档，明确了分析流程以及使用工具。其中定量环节要求使用featurecount工具。平时我都是使用htseq-count进行定量，因此，在这里记录一下新工具的使用步骤和遇到的一些小问题。软件版本 featureCounts(subread) v2.0.1 使用说明安装featureCounts 该工具属于Subread软件中的定量工具，另外subread还可以进行比对和寻找SNP位点，在这里就不详述了。我们要做的就是安装Subread

RNA-Seq流程分析

weixin_51685051的博客

05-14

1278

原始数据的获取前两个是空白对照组，剩余六个，分别是经过三种不同处理的实验组。用sra-tools中的命令preftech下载这八个原始数据接下来，使用fastq-dump，将得到的sra文件转化为fastq文件，一边进行下一步的分析 liuzh/project/sra$ fastq-dump --gzip --split-3 -O ../fastq.gz/ ./SRR144023* 通过这一步，我们就得到了16个fastq文件，但是得到的却是：结合在转化过程中出现的：判定是网页注释出...

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RNA-seq(4) :采用Feature counts进行reads计数，合并矩阵,并进行基因ID注释-学习笔记

leo12354的博客

07-23

1万+

主要参考网站： htseq-count对reads计数并合并矩阵原创10000+生信教程大神给你的RNA实战视频演练序列对比之后，按照以往的分析程序，接下来要看reads数目多少了。最常使用的软件是htseq。可以参考用htseq-count对reads计数并合并矩阵。但是这个方法真的很费时间，所以找到了一个便捷的工具，Featurecounts。还是要先下载，因为之前我在学习RNA-seq的时候下载了htseq,但是没有下载这个。 #featureCounts 在 subread 这个包里面 con

Featurecounts计数

最新发布

weixin_43927366的博客

03-23

2080

左图为HTseq计算的结果，右图为featureCounts计算结果，两种计算结果是一样的，但featureCounts可以运算多个bam文件，速度更快，且可以形成表达矩阵。总结来说，这个命令将对指定的BAM文件集合进行读取计数，每条读取都会根据其覆盖的基因ID进行分组，并将结果输出到一个CSV文件中。FeatureCounts将读取这些文件中的比对数据，并根据注释文件中的信息计算每个基因的读取计数。: 指定提供的注释文件的格式，可接受的格式包括'GTF'（或兼容的GFF格式）和'SAF'。

featurecount 实现

chen_amiao的博客

03-02

3972

featurecount

ArcSDE Java SDK获得要素类的要素数量FeatureCount

积思园

10-10

3632

很早就有用户反映，ArcSDE的SDK没有直接获得要素类要素数量的函数，用户只能通过基本查询循环来获得要素的总数，因为SDE的开发基本没有看过，也没有太在意，今天看了一下相关的帮助，其实还是有不少办法来获得这个FeatureCount的。不过我是以如果是版本数据和非版本数据来进行函数的编写，而且版本数据的获得肯定是通用的。相关环境：ArcSDE SDK 10Java SDK注意：我的SDE里面一个

【定量工具-featureCounts安装及使用】零基础看懂运行代码，报错大赏Q&A

weixin_56701701的博客

12-12

3680

接上文：STAR比hisat2更好；hisat2快一些得花几个小时。

目标跟踪学习系列九：Struck：Structured Output Tracking with Kernels头文件代码框架

ikerpeng

09-25

6082

我们先来看一下整个的头文件的构成：其中： config.h ：配置头文件，里面定义了一个类：class Config。主要定义的是特征的类型，核函数的类型等等。 Features.h：定义了一个Class Features 。里面定义了int 型的m_featureCount//特征计数Eigen::VectorXd m_featVec 存储特征的向量。其中使用了in

RNA-seq 上游实战&排坑记录

ymy2019的博客

08-18

3058

RNA-seq 上游实战&排坑记录一．流程总览（每个流程几乎包括参数详解，代码，结果，报错，注意） 01.安装conda 02.安装软件 03.数据下载 04.sra to fastq 05.fastqc质控 06.Trim(除去低质量碱基和接头) 07.Hisat2 Mapping 08.sam to bam（格式转换，排序，建立索引，查看reads比对情况） 09.bam to featurecounts 二．环境/文件 1.阿里云2核16G型云服务器，300G高效云盘； 2.Hisat2官

【转录组】基因定量分析 featureCounts的使用

weixin_43840576的博客

06-03

7899

featureCounts的使用featureCounts的安装featureCounts的使用 featureCounts的安装在转录组进行统计基因count数的时候，Htseq-count与featureCounts为使用最多的软件，其中htseq-count的速度较慢，而featureCounts的最大特点就是快。下载与安装 $ wget https://jaist.dl.sourceforge.net/project/subread/subread-1.6.0/subread-1.6.0-L

基因/转录本/任意特征表达定量工具之featureCounts使用方法 | 参数详解

weixin_34279061的博客

03-27

9238

featureCounts真的很厉害。常见的参数（没什么好说的，毕竟是固定的）： -a -o input_file1 -F -t -g -Q -T 　　关键是以下几个参数怎么设置： -f # Perform read counting at feature level -O # Assign reads to all their overlapping...

featureCounts进行转录本定量

qq_27390023的博客

04-18

4026

featureCounts是subread软件包中的一种工具，主要用来计算subread比对之后的结果进行reads计数，目前比较常用的reads计算工具有两款，一个是HTseq，另一款就是featureCounts。reads 记数主要用在RNAseq分析中。一般在利用R语言进行RNAseq数据分析时，输入文件基本上都是reads count结果。例如DEseq，DEseq2，edgeR，limma等R包，都需要输入这样的结果，不能直接输入归一化之后的结果，因为这些软件都需要使用自己归一化的方法。 Su

【1】RNA-seq 测序数据之Hisat2比对-featurecount计算-EdgeR分析

AlisLee的博客

12-08

4832

使用Hisat2-featurecount-EdgeR对RNA-seq 测序数据进行快速计算及结果呈现

使用featureCounts进行定量分析

庐州月光的博客

09-23

1万+

欢迎关注”生信修炼手册”!featuresCounts软件用于统计基因/转录本上mapping的reads数，也就是用于raw count定量。该软件不仅支持基因/转录本的定量，也支持e...

生物信息百Jia软件（22）：featureCounts

xxxie_的博客

08-11

5142

RNA-seq：转录组数据分析处理（上）

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super_qun的博客

01-26

5万+

RNA-seq：转录组数据分析处理一、流程概括 RNA-seq的原始数据（raw data）的质量评估 raw data的过滤和清除不可信数据（clean reads） reads回帖基因组和转录组（alignment）计数（count ）基因差异分析（Gene DE）数据的下游分析二、准备工作学习illumina公司测序原理测序得到的fastq文件注释文件和基因组文件的准备...

htseq-count的使用

高锦的博客

10-17

2万+

HTSeq-count使用

基于RNA-seq的基因表达分析

xxxxx

09-23

1万+

我的青春最近在做一些小麦基因的表达分析，想到使用RNA-seq的数据进行生物信息学分析，并且比我做实验用的组织还要多。下载数据之后，首先要对数据进行低质量序列和载体序列等污染序列去除，我这里结合了两个软件AdapterRemoval和bbduk2, bbduk2是bbmap中的一个子程序。AdapterRemoval --file1 input1.fastq.gz --fil

private static MyFileHeader ReadFileHeader(StreamReader sr) { MyFileHeader mfh1 = new MyFileHeader(); mfh1.MinX = (Convert.ToDouble(sr.ReadLine())); mfh1.MinY = (Convert.ToDouble(sr.ReadLine())); mfh1.MaxX = (Convert.ToDouble(sr.ReadLine())); mfh1.MaxY = (Convert.ToDouble(sr.ReadLine())); mfh1.FeatureCount = Convert.ToInt32(sr.ReadLine()); mfh1.ShapeType = Convert.ToInt32(sr.ReadLine()); mfh1.FieldCount = Convert.ToInt32(sr.ReadLine()); return mfh1; }

06-08

根据提供的代码，我可以看到这个函数是用来读取一个文件头的，其中包含了一些坐标、要素数量、形状类型等信息。当然，这个函数中也有一些字符串转换的操作，这些操作要求输入的字符串必须符合一定的格式。如果你收到了 "输入字符串的格式不正确" 的错误提示，那么很可能是因为输入的字符串不符合程序所期望的格式。为了解决这个问题，你需要检查输入的字符串是否符合程序所期望的格式。具体来说，可以检查一下输入的文件头是否符合 Shapefile 文件格式的规范。此外，你还可以在代码中添加一些错误处理的逻辑，当输入的字符串不符合格式时，输出一些有用的错误信息，帮助你更好地定位问题所在。