背景:癌症相关成纤维细胞 (CAF) 参与肿瘤生长、血管生成、转移和治疗耐药性。我们试图探索肝细胞癌(HCC)中的CAF特征,并建立基于CAF的风险特征来预测肝细胞癌患者的预后。
工具链接:零代码复现5-基于单细胞RNA-seq和大量RNA-seq数据的CAF风险特征构建成纤维细胞特征风险模型
1、单细胞数据读取
这里需要注意,单细胞目前的数据有三种格式,如果不清楚,可以查看之前的文档
http://www.sxdyc.com/clusteringReduction
这里我们提供了三种格式的文件
我们以10x的数据为例
文件夹的名字就是样本的名字,记得不要太长,也不要以数字开头,每一个文件夹包含了三个文件
全选这四个文件夹,压缩为zip,然后上传即可
提交后设置任务名,等待运行成功即可。
运行完成后,点击文件下载
2、单细胞数据过滤
这里选择的阈值 100<umi<50000,100<单个细胞表达的基因数量<5000,线粒体的含量小于10%