大队列ATAC-seq：揭秘基因调控的“密码本”

 · 引 言

在生命科学的广阔天地中，基因组如同一个庞大的信息库，储存着生物体所有的遗传指令。然而，基因组中的大部分区域并不直接编码蛋白质，而是作为非编码区存在。这些非编码区虽然不直接参与蛋白质合成，却在基因表达调控中扮演着至关重要的角色。它们像是隐藏在基因组深处的“开关”，调控着基因何时、何地以及以何种方式被激活或关闭。

近年来，随着高通量测序技术的发展，科学家们得以更深入地研究这些非编码区。其中，一种名为ATAC-seq（Assay for Transposase-Accessible Chromatin using sequencing）的技术，因其能够高效地检测染色质的可及性，从而揭示基因调控的奥秘，而备受关注。利用ATAC-seq获取染色质可及性的高分辨率图谱，不仅可以展示哪些区域的染色质是开放的，哪些区域是封闭的，还能揭示不同细胞类型和组织中基因表达的调控模式。

然而，随着研究的深入，科学家们意识到，要全面解析基因组的调控机制，仅依靠小规模的样本研究是不够的。因此，大队列ATAC-seq应运而生。这种研究方法通过对大量样本进行ATAC-seq测序，旨在构建更为全面和精细的基因调控网络，从而为我们理解复杂疾病的发病机制、药物反应差异等提供新的视角。

一、ATAC-seq技术简介

ATAC-seq，即转座酶可及染色质测序技术，是一种用于研究染色质可及性的高通量测序方法。该技术通过利用转座酶Tn5容易结合在开放染色质的特性，将转座DNA设计为接头，随机插入染色质的开放区域，然后对Tn5酶捕获到的DNA序列进行测序，从而获取染色质可及性的高分辨率图谱。

技术优势

ATAC-seq技术具有以下几个显著优势

·  高灵敏度：ATAC-seq技术能够检测到低丰度的转座酶插入事件，从而实现对染色质可及性的高灵敏度检测。

·  高分辨率：通过测序得到的DNA片段长度通常较短，这使得研究人员能够精确定位到染色质的可及位点。

·  高通量：ATAC-seq技术可以同时处理大量样本，实现大规模的基因组学研究。

·  适用性广：ATAC-seq技术适用于各种类型的细胞和组织，包括原代细胞、干细胞、肿瘤细胞等。

应用领域

ATAC-seq技术在多个领域都有广泛的应用

·  基因组学研究：ATAC-seq技术可用于绘制基因组的染色质可及性图谱，揭示基因组的结构和功能。

·  表观遗传学研究：ATAC-seq技术可用于研究DNA甲基化、组蛋白修饰等表观遗传修饰对染色质可及性的影响。

·  转录调控研究：ATAC-seq技术可用于鉴定转录因子（TF）的结合位点，揭示基因转录调控的机制。

·  疾病研究：ATAC-seq技术可用于比较正常组织和病变组织的染色质可及性差异，发现与疾病相关的基因调控变化。

二、大队列ATAC-seq的研究进展

近年来，随着测序技术的飞速发展和成本的降低，大队列ATAC-seq研究逐渐成为基因组学研究的热点，下面给大家罗列一些研究案例：

1. 癌症中的大队列ATAC-seq研究

癌症是一种复杂的疾病，其发生和发展涉及多种基因和非编码区域的调控变化。为了全面解析人类癌症的基因组调控景观，Corces等人①利用大队列ATAC-seq，对来自包括乳腺癌、肺癌和结直肠癌等23种癌症类型的410个