文献阅读High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibility in the same cell

文献阅读汇报 High-throughput sequencing of the transcriptome and chromatin accessibility in the same cell

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这篇文章是在单细胞测序的基础上通过联合ATAC-seq发明了一种新的技术,从而达到在单细胞水平进行RNA-seq和ATAC-seq同时测序,从而使得因单细胞测序因为检测数量稀疏的峰值信号被发现,使得测序的结果更加的精准,并且能够揭示出因为单细胞测序而忽视的低丰度细胞内的ATAC-seq的情况。

首先对于这个新的技术,我们先来了解一下ATAC-seq的技术原理 ,他的发展简史我们可以参考我的另一篇博文 https://blog.csdn.net/leianuo123/article/details/102767273 ,这篇文章介绍了染色质可接近性的几种方法,以及他们的利弊。
对于此种新的技术,研究者首先从三个大的方面进行构架这篇文章,第一点对于新技术的原理的介绍,第二点,对于新技术的质量的评估,第三点对于新技术的应用,此篇文章完全符合这种行文路线,那么明确了这一点接下来的这个实验思路以及流程将会非常的名明确。

首先,针对当前的单细胞RNA-seq和ATAC-seq的分开进行,作者认为这之中存在一些问题。

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  • 还有就是,这种表观遗传学的数据,其动态非常的强,也就是在不同的时间检测的数据差异也有很大的不同。
    那么基于此问题上,作者想到了将单细胞的
    RNA-seq和ATAC-seq的数据在单细胞中进行同时检测即新的SNARE-seq技术,此技术的原理以及示意图,如下:

具体过程,第一细胞核提取,纯物理的

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