WES 软件安装 及Bundel数据的下载

WES 软件安装
linux 安装SAMtools，bcftools，htslib，sratoolkit，bedtools,GATK，TrimGalore，qualimap，vcftools，bwa
参照 网页

https://www.bbsmax.com/A/nAJvneWaJr/

自行下载之后可以通过WinSCP进行传输到服务器

下载GATK的bundel的数据
1.在谷歌平台进行下载，不过需要镜像或者VPN
gatk 的 bundle 数据，都在 https://console.cloud.google.com/storage/browser/gcp-public-data–broad-references/hg38/v0
2.可以在linux上用lftp进行下载

linux的redhat版本可以用

yum install lftp
然后

lftp 调用
lftp ftp://gsapubftp-anonymous@ftp.broadinstitute.org/bundle/  ##这是一个匿名的账户，没有密码，所以进入之后就直接按enter键进入
可以使用ls查看当前文件夹里的文件和数据
具体如下

使用get 文件名，可以进行数据文件下载

最近由于美国对中国的网站访问进行了封锁，所以当使用
get hg 38的时候，显示，文件不存在

也可以使用mirror hg38进行下载，但是还是访问受限。
采用 quit命令退出lftp