本文介绍了单细胞ATAC-seq测序的基本原理，涉及细胞分化、TN5酶的作用、DNA片段生成、对齐和峰calling过程。通过统计矩阵展示数据，解释了如何从组织切片中获取并解读scATAC-seq数据。
单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记
该笔记来源于 Costa Lab - Bioinformatics Course
另一篇关于scRNA-seq的请移步
单细胞ATAC测序前言
因为我的最终目的是scATAC-seq的数据，所以这部分只是分享下我刚学的（不是）相关的生物学知识，而且我本身也没有生物学的背景知识，所以我尽量从计算机专业的角度去理解这些内容，数据的介绍下边那一节。
首先是细胞分化，同一来源的细胞可以分化成不同功能和类型的细胞，是因为虽然它们都具有相同的DNA，但是起作用（专业的叫 “基因表达”）部分的DNA是不同的。如下图，DNA长链很多部位是紧缩在一起的，这些就不表达，只有打开链的基因部分才会表达，而我们现在就要获取打开的这部分基因的数据。
最低0.47元/天 解锁文章
扫一扫
被折叠的 条评论
为什么被折叠?
到【灌水乐园】发言
