单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记

最新推荐文章于 2025-01-03 17:07:28 发布
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分类专栏： AI4Science 文章标签： 笔记 生物信息 数据分析
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本文介绍了单细胞ATAC-seq测序的基本原理，涉及细胞分化、TN5酶的作用、DNA片段生成、对齐和峰calling过程。通过统计矩阵展示数据，解释了如何从组织切片中获取并解读scATAC-seq数据。

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单细胞scATAC-seq测序基础知识笔记

该笔记来源于 Costa Lab - Bioinformatics Course

另一篇关于scRNA-seq的请移步

单细胞ATAC测序前言

因为我的最终目的是scATAC-seq的数据，所以这部分只是分享下我刚学的（不是）相关的生物学知识，而且我本身也没有生物学的背景知识，所以我尽量从计算机专业的角度去理解这些内容，数据的介绍下边那一节。

首先是细胞分化，同一来源的细胞可以分化成不同功能和类型的细胞，是因为虽然它们都具有相同的DNA，但是起作用（专业的叫 “基因表达”）部分的DNA是不同的。如下图，DNA长链很多部位是紧缩在一起的，这些就不表达，只有打开链的基因部分才会表达，而我们现在就要获取打开的这部分基因的数据。

在这里插入图片描述

scATAC-seq数据怎

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为了解决目前针对scATAC-seq数据分析缺乏易于使用、可扩展、可重现和全面功能的问题，研究人员开发了名为scATACpipe的Next Flow管道。这个管道包括质量评估、预处理、降维、聚类、峰值调用、差异可访问性推断、与scRNA-seq数据的整合、转录因子活性和足印分析、共可访问性推断以及细胞轨迹预测等功能。scATACpipe可以处理来自10x Genomics Cell Ranger ATAC和Chromap程序的scATAC-seq数据，还支持任何有注释基因组的真核生物物种。
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随着单细胞ATAC-seq技术的进展，近年来为准确和敏感地识别和表征复杂组织中的细胞提供了机会。研究应用了4个不同组织、大小和技术的公共scATAC-seq数据集，通过5倍交叉验证实验评估了这些方法的表现。因此，建议研究人员在开发用于scATAC-seq的自动细胞类型分类方法时使用SVM和NMC作为基础分类器。研究还发现，方法的表现不会依赖于细胞种群大小，而某些方法在特定细胞类型上表现更好。总的来说，SVM是最具潜力的方法之一，可以更高效、准确地进行基于SVM的细胞类型分类工具的开发。
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