ChIP-seq基本分析流程

最新推荐文章于 2024-01-04 20:46:05 发布
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前年在中科院做培训时，整理了一套ChIP-seq分析流程，截选实战部分，略作修改，分享出来，希望大家指正。

那次培训内容比较杂，还有关于TCGA、ICGC、ProteinAtlas等数据库的使用, 前面已经分享过，链接如下：

下面步入正题，这套流程从ChIP-实验、测序注意事项、测序深度，到分析整体流程，再到每一步如序列比对，富集效率评估、热图、峰图可视化，deeptools2使用、peak calling和motif分析等。

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重磅综述：三万字长文读懂单细胞RNA测序分析的最佳实践教程 （原理、代码和评述）

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CHIP-Seq数据分析流程
bio_meimei的博客
11-10 7700
文章目录CHIP-Seq数据分析流程相关软件安装数据下载将SRA转化为fastq文件数据质控，过滤数据质控然后进行质控，过滤低质量reads，去接头比对下载小鼠参考基因组的索引和注释文件比对sam文件转bam为bam文件建立索引载入IGV查看用MACS call peak安装MACS结果注释与可视化 CHIP-Seq数据分析流程 相关软件安装 所需要的软件有sratoolkit, fastqc,bowtie2,samtools,macs2,htseq-count,bedtools和前面RNA-seq数据分析
20190904_chip-seq/ ATAC-seq/DAP-seq 原理理解
uqyuan0515的博客
09-04 9948
染色质免疫共沉淀Chromatin Immunoprecipitation,ChIP 技术是指：在保持组蛋白和DNA联合的同时，通过运用对应于一个特定组蛋白标记的生物抗体，染色质被切成很小的片断，并沉淀下来。该技术是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法。 它的基本原理是在活细胞状态下固定蛋白质－DNA复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特...
ChIP-Seq-pipeline:用于ChIP-Seq分析的管道
04-06
ChIP-Seq分析管道（ChAP） 介绍 该ChIP-Seq肛门分析管道（ChAP）将允许您对配对末端的ChIP-Seq NGS数据进行逐步分析。 它可以采用单端或双端NGS数据。 软件依赖项 安装 要下载存储库（在/ home中的任何位置）： git clone https://github.com/niekwit/ChIP-Seq-pipeline.git 除了Picard（可以将其安装在/ home中的任何位置）之外，所有依赖项都应包含在环境变量中。 align设置 HISAT2和bwa索引文件必须从fasta文件中手动构建。 它们的位置必须在align.sh文件中更改（适用于自动检测）。 可以在此处找到列入黑名单的区域，并且必须在align.sh文件中更改其位置（适用于自动检测）。 用法 用任何包含子文件夹raw-data名称创建一个主文件夹。 该子文件夹包含所有
chip-seq测序分析流程
最新发布
zengwanqin的博客
01-04 2515
在ChIP-Seq分析的最后阶段，结果的整合和可视化是非常重要的步骤。IGV更适合于个体样本的深入查看和分析，而UCSC Genome Browser则更适合于呈现和分享数据。通过这些工具，您可以有效地展示您的ChIP-Seq数据，并对其进行深入的分析。在ChIP-Seq分析中，峰值调用可以以两种主要方式进行：对每个样本单独进行峰值调用，或者在结合对照组数据的情况下进行峰值调用。请注意，这些示例代码是基于您已经有了MACS2等工具产生的峰值文件（通常是.bed或.narrowPeak格式）。
Chip-seq数据分析流程
weixin_44482816的博客
10-04 3053
转录因子的ChIP-seq是研究转录因子的结合位置，使用二代测序技术对转录因子结合的DNA片段进行测序，将DNA片段比对到物种基因组上从而找出转录因子影响的基因，下面分享一下一般流程。
易基因｜染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验全流程
E_gene的博客
07-14 5249
染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）实验怎么做，从技术原理、建库测序流程、信息分析流程和实验成功的关键问题等四方面详细介绍。手把手教你做染色质免疫共沉淀测序(ChIP-seq)分析实验。
生物信息学数据分析 chip-seq
04-04
首先，CHIP-Seq实验的基本流程包括：细胞裂解、染色质免疫沉淀（ChIP）、DNA片段化、接头连接、测序文库构建以及高通量测序。在获取到大量的测序数据后，真正的数据分析工作才刚刚开始。 1. **质量控制**：对原始...
ChIP-seq（1）: 学习笔记 --ChIP信号富集
leo12354的博客
05-08 3496
两种seq数据分析前面的流程都一样，都需要安装一些软件，做序列对比。 这个博文主要是针对下游ChIP-seq的分析流程。上一个博客其实已经准备了一点chipseeker(Rstudio上)。后期可能还会有新的RNA-seq学习笔记。之前针对RNA-seq,也做了一次，但是用的是tophat和cufflinks系列，据说比较慢，后期会根据实际情况决定学不学新的方法，学的话继续补充。也可以参考这个RN...
ChIP-seq分析流程(基于linux系统)
生信小博士的博客
12-16 2369
1）自己实验获得的原始测序文件（.fastq.gz），测序文件格式为.fastq格式，而.gz格式是压缩格式，为了节省存储空间。 可以将测序文件修改为自己样品的名字 2）从NCBI的GEO数据库中下载sra文件，需要转换为.fastq文件。 $ wget -c ‘下载地址’ #wget下载数据，-c参数为断点续传 从GEO数据库中下载的.sra文件 #如果是单端测序文件就只需要fastq-dump命令将sra文件转换为fastq测序文件。 $ fastq-dump SRR10485695.sra #如果
Chip-seq流程全解，本人博客对应的相关文件
10-29
Chip-seq流程详解
ChIP-Seq分析流程
m0_63547547的博客
07-17 605
【代码】ChIP-Seq分析流程。
易基因｜ChIP-seq分析方法：实用的工作流程和高级应用
E_gene的博客
07-19 3362
2020年03月，《Methods》杂志上发表一篇关于表观组学ChIP-seq分析方法的综述文章，详细介绍了染色质免疫共沉淀（ChIP-seq）的工作流程和高级应用。以下为原文总结分享：一、介绍（Introduction）染色质免疫共沉淀测序（ChIP-seq）是表观基因组学研究中的一种主要方法。全基因组的组蛋白修饰分析（如增强子分析和全基因组染色质状态注释）可以系统分析表观基因组如何促进细胞身份(cell identity)、细胞发育、细胞谱系规...
Chip-seq流程报告
热门推荐
生物医学信息学博客
02-01 3万+
实验旨在了解Chip-seq的基本原理。通过模仿文献《Targeting superenhancerassociated oncogenes in oesophageal squamous cell carcinoma》的流程，学会利用NCBI和EBI数据库下载数据，熟悉Linux下的基本操作，并使用R语言画图，用Python或者shell写脚本进行基本的数据处理，通过FastQC
CHIP-seq 全流程
doctor_yuxiang的博客
10-09 1550
chipseq
零基础小白笔记1 | ChIP-seq原理、操作与分析流程
tmrtmr___的博客
12-23 1714
（4）序列对比：使用bowtie2进行mapping，也就是与参考基因组序列进行比对，得到sam文件，后使用samtools进行排序得到bam文件；（8）数据分析：对测序得到的数据进行分析，包括序列比对、峰识别、富集区域的标定等步骤，以得到蛋白质与染色质相互作用的信息，如蛋白质结合位点、染色质富集区域等。（3）然后通过测序，可获得组蛋白在染色体上的分布情况，从而确定组蛋白修饰相关的特定位点，还可以确定组蛋白修饰酶类的靶标。（2）原始数据质控：使用fastqc对原始数据进行质控，得到网页版报告（html）；
tophat 原理_Chip-seq原理篇
weixin_36376879的博客
12-24 845
CHIP-seq染色质免疫共沉淀技术(Chromatin Immunoprecipitation，ChIP)也称结合位点分析法，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，通常用于转录因子结合位点或组蛋白特异性修饰位点的研究。实验流程：(1)甲醛交联整个细胞系(组织)，即将目标蛋白与染色质连结起来；(这一步一般会检测下交联情况)(2)分离基因组DNA，并用超声波将其打断成一定长度的小片段；(3)添...
ChIP-seq基础入门
weixin_33976072的博客
08-18 1932
理解ChIP-Seq 到了目前这个水平，我学习新的高通量数据分析流程时已经不再考虑代码应该如何写的问题了。我更多要去考虑一个技术的目的和意义。 转录组主要研究的问题是基因在不同情况下的差异表达以及RNA结构变化等，而表观组研究的问题是在基因序列不变的情况下，基因的表达、调控和性状发生了可遗传变化的分子机制。也...
一文读懂 ChIPseq
Baimoc
11-22 1万+
一、介绍 ChIP-seq，测序方法 ChIP 指染色质免疫共沉淀技术（Chromatin Immunoprecipitation，ChIP）， seq 指的是二代测序方法 作用：识别蛋白质与DNA互相作用情况 原理：染色质免疫共沉淀 + 二代测序 应用：常用于转录因子结合位点和组蛋白修饰位点的研究 二、测序原理 1、使用甲醛将目标蛋白与染色质交联固定起来 2、从细胞裂解液分离基因组DNA，通过超声打断DNA为一定长度的小片段 3、添加与目标蛋白质特异的抗体，该抗体与目标蛋白形成免疫沉淀免疫结
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