答读者问(4)：inferCNV的几个问题

1.肿瘤细胞太少怎么办？

Z: 我的样本是肿瘤原发灶、淋巴结转移灶，我的淋巴结细胞恶性细胞基本都是几十个，这样的话是因为我前期过滤太狠了，还是就是淋巴结里面恶性肿瘤细胞很少?

H: 淋巴结转移样本我之前处理过，也是有肿瘤细胞很少的情况，当然也有肿瘤细胞数较多的情况，不能一概而论。你可以试着调整一下过滤参数，再看看。比如线粒体基因占比，肿瘤样本一般高一些。如果最后还是很少，那就没办法了。

2.淋巴结里面上皮细胞都是恶性的吗？还是就一部分是恶性。就是计算的CNV来看，会有一部分上皮不是恶性。

H: 依据我的经验，淋巴结转移灶里面的上皮细胞基本都是肿瘤细胞。我不是医学背景，我认为淋巴结不太可能有上皮细胞，所以只有可能是转移过来的肿瘤细胞。另，我之前应该说过，即使是肿瘤细胞也不一定会有CNV。

3.从CNV热图检查一下问题2

H: 你能给我看看你的淋巴结上皮细胞的CNV吗？

Z: 单独的淋巴结上皮细胞CNV? 我没有画这个图，我是全部上皮一起做的，然后计算了CNVscore。

H: 建议你还是一个样本一个样本做

Z: 每个样本单独去跑infercnv?

H: 是的

Z: 那还是只跑上皮细胞，还是每个样本所有细胞都一起跑

H: 只跑上皮细胞，跑的时候，以配对的正常样本的正常上皮细胞作为对照

Z: 我们有的样本没有配对的癌旁，基本都是肿瘤组织，只有三个配对癌旁。

H: 那就用别的病人的癌旁，没有配对的话，