单细胞转录组测序和空间转录组学

最新推荐文章于 2024-05-12 16:34:28 发布
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分类专栏： 生物信息学 文章标签： 人工智能
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为了了解这两个概念，我们先了解一些基本的生物学的概念
1、转录
    转录是生物细胞体内产生蛋白质的过程，DNA解链，然后匹配对应的mRNA，mRNA的不同种类对应不同的蛋白质。
2、转录组
    转录组广义上来讲，是指转录过程中出现的所有RNA，狭义上来讲，特指mRNA
3、转录组测序
    就是记录转录组的过程
4、单细胞转录组测序（single cell RNA-sequencing）
    对单个细胞进行的转录组测序
5、空间转录组学（Spatial Transcriptomics）
    传统的转录测序技术无法提供细胞的空间位置信息，空间转录组学的诞生解决了这一问题
 

xiao_kong_long_
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专栏目录
生信专题：机器学习多组学、单细胞组学及空间组学
Rubyhouse的博客
07-27 649
生物信息学的研究重点包括单细胞转录组与空间转录组。单细胞转录组提供了每个细胞内基因表达信息，结合空间转录组可以了解这些细胞在组织甚至器官级别的分布，对于理解动物发育或疾病意义重大。随着近几年的持续火热，单细胞测序技术也从单纯的转录组测序发展为多组学联合分析，包括基因组、转录组、表观基因组、蛋白组以及有空间水平的多组学研究（如空间转录组）。单细胞多组学技术能多层次、多角度地描绘细胞间的异质性，挖掘各层组学之间的直接和潜在联系，从而更加全面和系统地描绘细胞的状态和命运在生命科学和医学多领域有广泛的应用前景。
Nature Methods | 空间转录组与单细胞转录组整合分析工具性能测试
wen05054105的博客
06-09 1092
空间转录组和单细胞转录组整合分析工具大比拼
超全总结--单细胞+空间转录组的整合分析方法总结
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weixin_53637133的博客
05-12 1108
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单细胞转录组测序技术(scRNA-seq)及细胞分离技术分类汇总
dikuangzhong6068的博客
09-07 4907
单细胞测序流程(http://learn.gencore.bio.nyu.edu) 在过去的十多年里，高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域，极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序（RNA-seq）被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。但传统的转录组测序技术（bulk RNA-seq）是基于群体细胞，每个样本包含成千上万个细胞，所以最终反映...
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AIPuFu的博客
08-31 2万+
在过去的十多年里，高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域，极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序（RNA-seq）被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。但传统的转录组测序技术（bulk RNA-seq）是基于群体细胞，每个样本包含成千上万个细胞，所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平，从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。近年来，单细胞转录组测序（single-c...
SpatialDB |单细胞空间转录组数据分析可视化平台
悟道西方
02-11 2136
单细胞测序技术是一种在单细胞水平上对基因组、转录组、表观组等进行高通量测序分析的技术。(单细胞转录组教程汇总)单细胞测序技术能够在组学水平揭示细胞间的异质性。单细胞水平细胞谱系追踪技术位居...
单细胞测序系列之三：单细胞转录组测序
mashiqing的博客
09-30 4663
2006年，Kurimoto等发表了An improved single-cell cDNA amplification method for efficient high-density oligonucleotide microarray analysis这篇文章，其中使用的技术中，已经可见后来的单细胞测序技术的一些雏形1。使用带有polyT尾的V1引物和带有polyA尾的mRNA结合进行逆转录，然后使用Exonucleas I去除多余的引物。
单细胞转录组基本概念（一）
悟道西方
05-21 6301
普通转录组的思路也可以应用到单细胞转录组。普通转录组相当于把一群细胞或一个器官混合到一起去提取RNA，获得的是每个细胞中RNA表达量的平均值。单细胞是把每个细胞单独分出来去提取RNA，然后...
单细胞转录组基础知识详解
cj6464979的博客
02-22 1091
这篇关于单细胞的综述发表于2017年7月的Molecular Aspects of Medicine，Identifying cell populations with scRNASeq 第一作者是Tallulah，通讯是Martin HembergAbstract摘要单细胞转录组在进行单个细胞的表达定量检测是强有力的工具，但是它产出的数据噪音和维度都比较高，相比bulk RNA-seq增加了分析难度。文章就介绍了几种不同的实验流程和最流行的分析方法，可以识别具有重要生物学意义的基因，可以将数据投射到低维，
X单细胞转录组测序原理和文库构建注意要点学习教案.pptx
09-30
X单细胞转录组测序原理和文库构建注意要点学习教案.pptx
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转录组测序技术PPT学习教案.pptx
10-05
转录组测序技术PPT学习教案 转录组测序技术（RNA-Seq）是指利用第二代高通量测序技术进行cDNA测序，全面快速地获取某一物种特定器官或组织在某一状态下的几乎所有转录本。该技术可以对转录本进行高通量检测，提供了...
MAESTRO:单细胞转录组和规则组分析管道
05-13
马斯特罗 MAESTRO（S的基于Odel等M A nalys（E S）英格尔-T细胞的ranscriptome和R egulö我）是一个综合的单细胞RNA-SEQ和ATAC-SEQ分析西装使用内置 。 MAESTRO结合了数十种工具和软件包，以创建一个集成的管道，...
单细胞转录组学生物标志物和靶点挖掘的新方法
muhamuha2020的博客
07-16 1153
单细胞转录组学（sc-RNAseq）研究，可以更加有效的解释组织的异质性，从单个细胞分辨率来解释更多bulk水平上难以解释的生物学问题。已经广泛用于肿瘤异质性、细胞发育、免疫微环境等课题研究。其产生的海量数据以及个性化分析越来越受到重视，并需要新的方法来挖掘背后的生物学意义。 生物标志物以及候选基因的挖掘在肿瘤免疫和细胞发育等研究中一直是研究的重点和热门。已有的生物标志物是基于差异分析或者无尺度网络中核心基因的方法来进行挖掘的；但是这些方法只能挖掘静态的生物标志物；而忽略了大多数疾病以及生物学过程，如肿瘤进
Hemberg-lab单细胞转录组数据分析（一）
悟道西方
04-22 1699
在别人的电子书，你的电子书，都在bookdown一文中推荐过这一篇教程(https://hemberg-lab.github.io/scRNA.seq.course)，从2016年一直更新到2018年，是入门单细胞分析的十分适合的文档。为了进一步促进学习，生信宝典申请并组织翻译这篇教程，将在公众号陆续推出。最后会有整合版以网页和PDF格式发布于易生信平台。 关于课程 采用高通量测序技术获取单细胞水...
细胞周期预测 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析 03
Baimoc
06-29 6096
文章目录一、介绍二、预处理三、获取细胞周期分数四、在数据缩放期间回归出细胞周期得分五、备用工作流程 一、介绍 前置知识：原创 Seurat 包图文详解 | 单细胞转录组(scRNA-seq)分析02 使用Seurat包来运行，主要实现两个功能： 通过marker基因计算细胞周期评分 基于评分在预处理过程中，减轻单细胞转录组数据中细胞周期异质性影响 二、预处理 数据来自：http://www.bloodjournal.org/content/early/2016/06/30/blood-2016-05-7
单细胞测序分析及单细胞转录组
bailan3959的博客
07-09 5515
单细胞测序技术的应用与数据分析、单细胞转录组为主题，精心设计了具有前沿性、实用性和针对性强的理论课程和上机课程。培训邀请的主讲人均是有理论和实际研究经验的人员。学员通过与专家直接交流，能够分享到这些顶尖学术机构的研究经验和实验设计思路。学员通过集中专题学习后能够扩展思路，在研究技术方面领悟更多。 2019年8月16日——8月19日 山东青岛 单细胞测序技术与应用 1. 单细胞组学技术发展历程...
2022.04.11【读书笔记】|单细胞转录组概述
04-11 727
文章目录摘要研究意义转录组学意义技术比较研究方法细胞筛选文库构建测序实验方法实验流程常见问题分析内容（重点）分析内容总览细胞亚群分类细胞类型频率统计Marker基因分析富集分析样本差异分析逆时分析WGCNA细胞通讯分析转录因子分析总结 摘要 本篇笔记为基迪奥单细胞转录组第一节课程笔记，感觉他们家的课程比之前的同行水平要高一些，并且价格公道，整体课程性价比较高，鼓励大家学习，这里记录一下课程重点。 研究意义 转录组学意义 作为DNA到蛋白质的枢纽（中心法则），其高通量分析的实现性和可解读性较强。 技术比较 普
单细胞转录组数据与真菌转录组数据的区别
03-26
单细胞转录组数据和真菌转录组数据是两种不同类型的转录组数据。 单细胞转录组数据是从单个细胞中提取的RNA，经过RNA测序后得到的数据。该数据可用于分析单细胞的基因表达模式和细胞类型分类等研究。单细胞转录组数据量较小，样本数量较少，但具有高精度和针对性。 真菌转录组数据是从真菌体内提取的RNA，经过RNA测序后得到的数据。该数据可用于研究真菌的基因表达模式、代谢途径、基因调控等问题。真菌转录组数据量较大，样本数量较多，但存在着不确定的基因组水平变异等问题。

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