单细胞转录组+空间转录组联合应用,1+1>2

单细胞转录组(Single-cell RNA-sequencing,scRNA-seq)是一项在单细胞水平上分析基因表达的技术,它允许研究者直接分析单个细胞中的RNA表达谱,揭示细胞内群体异质性、定义细胞类型、细胞状态和细胞的动态转变。

空间转录组(Spatial transcriptomics,ST)是一种新兴的高通量基因组学技术,旨在研究组织和器官中基因表达的空间分布。与传统的转录组分析不同,空间转录组能够将基因表达信息与细胞在组织中的具体位置相结合,从而揭示细胞类型的分布、细胞亚群的空间组织以及细胞间的相互作用。

简单来说,单细胞转录组为我们提供了细胞的“身份”,而空间转录组则告诉我们这些细胞在“哪里”以及它们如何“互动”。利用单细胞转录组和空间转录组这两把“利器”进行联合分析,可以产生1+1远大于2的效果。接下来,我们来看看相关的研究文章吧!

案例一:scRNA-seq+ST破译结直肠癌干细胞异质性与转移路径

图片

  • 样本:8例原发性CRC、5例oCRC(卵巢转移)、2例lCRC(肝脏转移)、7例邻近正常组织和7例外周血单核细胞(PBMC),共29例样本。

  • 研究路线:<

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