配合busco训练Augustus

使用BUSCO的结果来训练Augustus包括以下几个步骤。这些步骤会帮助你利用BUSCO评估的高质量基因来优化Augustus的基因预测模型。

步骤1：运行BUSCO
首先，你需要运行BUSCO来评估你的基因组或转录组。BUSCO会生成一些包含高质量单拷贝直系同源基因的信息文件，这些文件可以用来训练Augustus。

sh
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busco -i <input_file> -o <output_directory> -l <lineage_dataset> -m
<input_file>：输入文件，可以是基因组序列或者转录组序列。
<output_directory>：输出目录，BUSCO会在这里生成结果。
<lineage_dataset>：使用的系统发育谱系数据集（例如，arthropoda_odb10）。
：模式，可以是genome, transcriptome, 或 protein。
步骤2：准备训练数据
BUSCO完成后，它会在输出目录中生成一些结果文件，其中包括run_/augustus_output/retraining_parameters目录，里面包含用于重新训练的初始参数。

sh
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cd <output_directory>/run_/augustus_output/retraining_parameters
这个目录下有几个文件，尤其是extrinsic.tbl和train.gb，它们对于训练Augustus很重要。

步骤3：训练Augustus
你需要使用这些文件来训练Augustus。首先，创建一个新的物种目录来存储新训练的参数。例如，如果你的物种名是“new_species”，那么你需要创建一个目录：

sh
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new_species=“new_species”
augustus_config_path=$(dirname $(whichaugustus))/../configspecie{s}_{p}ath="${augustus_config_path}/species/${new_species}"
mkdir -p $species_path
然后将BUSCO生成的文件复制到这个目录：

sh
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cp <output_directory>/run_/augustus_output/retraining_parameters/augustus_parameters.cfg $species_path/
cp <output_directory>/run_/augustus_output/retraining_parameters/extrinsic.cfg $species_path/
cp <output_directory>/run_/augustus_output/retraining_parameters/train.gb $species_path/
接下来，运行Augustus的训练脚本：

sh
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new_species=“new_species”
augustus --species=$ne{w}_{s}pecies--AUGUSTU{S}_{C}ONFI{G}_{P}ATH=$augustus_config_path --train=train.gb --utr=on --noprediction > train.out
这会生成训练好的参数文件。在训练完成后，你需要对新参数进行测试和验证。

步骤4：测试新参数
使用训练好的新物种参数运行Augustus进行基因预测，看看结果是否比默认参数有显著改进。

sh
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augustus --species=${new_species} <input_genome_fasta>
总结
通过这些步骤，你可以使用BUSCO的结果来训练Augustus，从而提高基因预测的准确性。重要的是，在每个步骤中都要仔细检查输出和日志文件，确保训练过程没有出现错误。如果有任何问题，可以参考BUSCO和Augustus的官方文档获取更多帮助。