安装R包遇到的各种问题

正常没特殊奇奇怪怪的情况，一般很快可以安装成功

>1 安装R软件失败

正常在Linux中安装R语言可以通过conda安装：

（1）conda create -n r4.3 ##创建环境

（2）conda activate r4.3 ##激活环境

（3）conda install -c conda-forge r-base=4.3.0 ##安装

但是失败了，具体报错不记得了，忘记截图了。因此换一种R方式，本地安装。

本地安装，具体过程：

（1）进入R官网CRAN - Mirrors，直接下载想要的安装包压缩包

（2）安装

wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/src/base/R-4/R-4.3.0.tar.gz
tar -zxvf  R-4.3.0.tar.gz
cd R-4.3.0
./configure --with-pcre1
make

报错：

error2: PCRE2 library and headers are required, or use --with-pcre1 and PCRE >= 8.32 with UTF-8 support

error2: --with-x=yes (default) and X11 headers/libs are not available

解决办法：

根据提示添加参数

./configure --prefix=path/R-4.3.0 --with-x=no --with-pcre1

核心就是仔细根据提示查看，他说缺什么我们就按照提示做什么

正常安装成功！

>2 Biomanager安装R包

比如安装ANCOM- BC，该软件依赖的比较多，总共50多个，其实顺利的话，估计1两个小时就能安装完成，but！！！！，我不顺利，所以就只能一个包一个包来安装，确定具体那个包安装错误，说来也是惭愧，自己断断续续安装了快俩月；

当时安装的时候，每次状态，我的状态就是跟个土拨鼠一样

，现在安装完了之后，要整理一下安装过程遇到的坑，突然发现好像也没啥很困难的地方，可能是自己的脑子不好使，不管怎样还是整理一下吧，毕竟走了一遭！

1）报错：

（1）00LOCK-htmlTable文件找不到

ERROR: failed to lock directory ‘/path/conda/miniconda3/envs/r4.3/lib/R/library’ for modifying

解决办法：

直接删除直接删除临时文件夹就可以解决

2）报错

大部分编译文件找不到

sh: x86_64-conda-linux-gnu-cc

解决办法：

在r4.3/bin文件夹下找到对应文件，在r4.3/lib/R/etc中Makeconf文件进行更改

3）报错

CMake Error at CMakeLists.txt:15 (cmake_minimum_required):

CMake 3.2 or higher is required. You are running version 2.8.12.2

R包安装过程需要编译安装包，可能因为环境问题，直接调用root用户下的cmake，但是版本太低。

解决办法：

重新安装cmake编译器

安装直接去cmake官网(CMake - Upgrade Your Software Build System)，找到linux版本

右键复制下载链接

wget https://github.com/Kitware/CMake/releases/download/v3.26.4/cmake-3.26.4.tar.gz

tar -zxvf cmake-3.26.4.tar.gz

在当前执行shell窗口下添加cmake环境

export PATH=/USER/path/conda/miniconda3/envs/r4.3/cmake-3.26.1-linux-x86_64/bin/:$PATH
alias cmake=/USER/path/conda/miniconda3/envs/r4.3/cmake-3.26.1-linux-x86_64/bin/cmake

4）报错

BiocManager::install("nloptr")

该报错是由于重新更新了cmake而引发的报错问题

cannot find nlopt/lib/libnlopt.a: No such file or directory

collect2: error: ld returned 1 exit status

解决办法

将最新下载的cmake 软链到r安安装路径的bin目录下

重新配置环境变量

export PATH=/xxx/r4.3/cmake-3.26.1-linux-x86_64/bin/:$PATH

alias cmake=/xxx/r4.3/bin/cmake

5）报错

ft2build.h: No such file or directory

解决办法

在r4.3/lib/R/etc/Makeconf文件中最后一行添加freetype2的绝对路径

export C_INCLUDE_PATH=/path/miniconda3/envs/r4.3/include/freetype2

export CPLUS_INCLUDE_PATH=/path/conda/miniconda3/envs/r4.3/include/freetype2

6）报错

hb-ft.h: No such file or directory

解决办法

其实在使用 pkg-config 过程中遇到库找不到的情况，不一定是外部库没有安装，默认情况下 pkg-config 的查找路径为 /usr/lib/pkgconfig 和 /usr/share/pkgconfig，可以通过环境变量 PKG_CONFIG_PATH 在额外指定 pkg-config 的查找路径，比如

export PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/opt/icu4c/lib/pkgconfig:${PKG_CONFIG_PATH}"
export PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/opt/jpeg-turbo/lib/pkgconfig:${PKG_CONFIG_PATH}"

7）报错

** testing if installed package can be loaded from temporary location

Error: package or namespace load failed for ‘png’ in dyn.load(file, DLLpath = DLLpath, ...):

unable to load shared object '/path/conda/miniconda3/envs/r4.3/lib/R/library/00LOCK-png/00new/png/libs/png.so':

/path/conda/miniconda3/envs/r4.3/lib/R/library/00LOCK-png/00new/png/libs/png.so: undefined symbol: png_read_update_info

Error: loading failed

Execution halted

ERROR: loading failed

解决办法

Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
##[1] "/PUBLIC/software/public/System/boost_1_55_0/lib:/TJPROJ13/GB_MICRO/USER/cailianhe/usr/lib64:/opt/gridengine/lib/lx-amd64:/opt/openmpi/lib"

##设置LD_LIBRARY_PATH路径
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/au1200/bin
export LD_LIBRARY_PATH=/path/conda/miniconda3/envs/r4.3/lib

7）报错

configure: error: Cannot find cairo.h! Please install cairo

解决办法；

export PATH=/USER/path/conda/miniconda3/envs/r4.3/cmake-3.26.1-linux-x86_64/bin/:$PATH
alias cmake=/USER/path/conda/miniconda3/envs/r4.3/cmake-3.26.1-linux-x86_64/bin/cmake

export PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/opt/icu4c/lib/pkgconfig:${PKG_CONFIG_PATH}"

Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")
##[1] "/PUBLIC/software/public/System/boost_1_55_0/lib:/TJPROJ13/GB_MICRO/USER/cailianhe/usr/lib64:/opt/gridengine/lib/lx-amd64:/opt/openmpi/lib"

##设置LD_LIBRARY_PATH路径
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/au1200/bin
export LD_LIBRARY_PATH=/USER/path/conda/miniconda3/envs/r4.3/lib

8）报错

ERROR: configuration failed for package ‘gmp’

解决办法

找到gmp包所在路径，重新配置环境变量

export C_INCLUDE_PATH=/path/conda/miniconda3/pkgs/gmp-6.2.1-h58526e2_0/include:/MyLib

export LD_LIBRARY_PATH=/home/myname/gsl2.4_install/lib:$LD_LIBRARY_PATH

或者在安装的时候指定路径

install.packages("gmp", configure.args = c("--with-gmp-include= /path/conda/miniconda3/pkgs/gmp-6.2.1-h58526e2_0/include", "--with-gmp-lib=/path/conda/miniconda3/pkgs/gmp-6.2.1-h58526e2_0/lib"))

9）报错

ERROR: configuration failed for package ‘Rmpfr’

解决办法：

找到gsl安装成功的路径，比如：

/path/conda/miniconda3/pkgs/gsl-2.7-he838d99_0/

export PATH=$PATH:/path/conda/miniconda3/pkgs/gsl-2.7-he838d99_0/bin

export C_INCLUDE_PATH=$C_INCLUDE_PATH:/path/conda/miniconda3/pkgs/gsl-2.7-he838d99_0/include

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/path/conda/miniconda3/pkgs/gsl-2.7-he838d99_0/lib

export GSL_LD=/path/conda/miniconda3/pkgs/gsl-2.7-he838d99_0/lib

总结

安装过程大部分出现都是某个编译软件找不到，如以下等等，大部分都是因为在R安装过程中，系统默认在root用户环境下找相应的编译软件，或者安装包等，所以主要指定其所需文件的具体位置就可以了。

package or namespace load failed for ‘gert’ in dyn.load

checking for __gmpz_init in -lgmp... no

以下几个命令可以解决大部分问题；

export PATH=/path/conda/miniconda3/envs/r4.3/cmake-3.26.1-linux-x86_64/bin/:$PATH

alias cmake=/path/conda/miniconda3/envs/r4.3/cmake-3.26.1-linux-x86_64/bin/cmake

export PKG_CONFIG_PATH="/usr/local/opt/icu4c/lib/pkgconfig:${PKG_CONFIG_PATH}"

export LD_LIBRARY_PATH=/path/conda/miniconda3/envs/r4.3/lib

export C_INCLUDE_PATH=$C_INCLUDE_PATH:/path/conda/miniconda3/pkgs/gsl-2.7-he838d99_0/include

export LD_LIBRARY_PATH=$LD_LIBRARY_PATH:/path/conda/miniconda3/pkgs/gsl-2.7-he838d99_0/lib

export GSL_LD=/path/conda/miniconda3/pkgs/gsl-2.7-he838d99_0/lib

Sys.getenv("LD_LIBRARY_PATH")

CFLAGS=-I/usr/include -I/path/include

除此之外，R中安装失败，也可以尝试利用conda安装R包，有时候还挺顺利的