从多模态生物观察中学习的因果表示

文章研究如何从多模态生物学观测数据中进行因果表示学习。文章指出，目前的机器学习模型在分析这些数据时缺乏可解释性和理论保证。作者提出了一种灵活的非参数模型，允许在不同模态之间存在因果关系，并通过理论分析证明了对潜在因果变量的识别能力。通过实验，展示了该方法在数值、合成数据以及真实数据（如人类表型数据）上的有效性，发现的因果关系与医学研究一致。这一框架对多模态数据的分析和生物系统机制的理解具有重要意义，尽管仍面临一些实际限制，如需要预知每个模态中的潜在变量数量。

1 多模态生物学数据的因果学习表示框架

两个假设：

    非参数潜在分布假设：通过允许潜在因果变量的分布非参数化建模，避免了传统方法中对分布形式的严格限制，增强了模型的灵活性和适用性。

    稀疏因果关系假设：引入稀疏因果关系假设，假定不同模态之间的因果连接较少，从而降低模型复杂度并符合实际生物系统的稀疏性特征。

表示学习步骤：

    子空间识别：首先，在各模态的观测数据中识别潜在变量的子空间，确保这些子空间保留跨模态的因果信息。

    组件级别因果变量识别：进一步细化子空间，识别具体的因果变量组件，捕获更详细的因果机制和潜在变量间的关系。

    编码解码器框架：通过单模态编码器提取潜在变量和模态特定变量，再用解码器重构观测数据，确保因果信息的保留和数据的重现。

    条件独立性约束：利用KL散度最小化引入独立性约束，确保潜在变量之间的因果关系不被模态特定信息混淆。

    稀疏正则化：在学习因果图的邻接矩阵时加入稀疏正则化，优化生成的因果图结构，增强模型的解释性和通用性。

在数值、合成和真实数据上验证框架，通过发现与医学研究一致的因果关系，证明其在生物学数据分析中的实用性和有效性。

2 结语

文章提出了一种理论和实践结合的框架，用于从多模态生物学数据中识别潜在因果变量，以提升数据解释性和应用可靠性。

论文题目：Causal Representation Learning from Multimodal Biological Observations

论文链接：https://arxiv.org/pdf/2411.06518

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