LncBase:lncRNA与miRNA相互作用数据库

最新推荐文章于 2024-04-17 12:05:06 发布
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LncBase是一个收录lncRNA与miRNA相互作用的数据库，提供实验证据支持和软件预测的交互数据。用户可检索两者间交互，并获取详细信息，包括基本资料、文献引用、互作区域等。适用于研究lncRNA-miRNA相互作用及组织特异性问题的筛选。

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有非常多的文献报导指出，lncRNA可以作为miRNA sponge， 从而与miRNA发生相互作用。LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库，最新版本为v2, 网址如下

http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex

分成实验证据支持和软件预测两部分结果，示意如下

实验证据支持的相互作用数据，主要是从文献中整理得到的结果，包括了qPCR, northern blot, reporter assay, CLIP-seq等检测方法，软件预测是通过DIANA-microT这个软件来实现的。其中软件预测的lncRNA与miRNA相互作用数据是可以免费下载的，实验证据支持的数据需要向开发团队申请才可以。

以实验证据支持的相互作用数据为例，在检索框输入miRNA和lncRNA的名字，可以检索二者之间是否存在相互作用

检索结果示意如下

点击右边的下拉按钮，可

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TCBB|用于lncRNA-miRNA相互作用预测的计算方法和数据库的调查（综述）
垃圾就应该待在垃圾桶里的博客
04-05 2046
长非编码RNAs（lncRNAs）和microRNAs（miRNAs）是目前研究中两种普遍的非编码RNAs。它们在动物和植物的生命过程中起着关键的调节作用。研究表明，lncRNAs可以与miRNAs相互作用，参与转录后的调控过程，主要参与调控癌症的发展、转移性进展和耐药性。此外，这些相互作用对植物的生长、发育以及对生物和非生物胁迫的反应有重大影响。破译lncRNAs和miRNAs之间的潜在关系可能为我们了解lncRNAs和miRNAs的生物学功能以及复杂疾病的发病机制提供新的见解。
lncRNA数据库和miRNA数据库
lyn21418154的博客
10-26 1万+
lncＲNA- related database Noncoding ＲNA       http:/ /biobases. ibch.poznan．pl/ncＲNA/  fＲNAdb                    http:/ /www． ncrna．org/frnadb/  NＲED                      http:/ /jsm- research. imb.
MAGCN：基于lncRNA与miRNA相互作用和图卷积网络预测miRNA与疾病的关联（Briefings in Bioinformatics）
adsdasdasdahj的博客
03-13 1770
文献笔记：Predicting miRNA-disease associations based onlncRNA–miRNA interactions and graph convolutionnetworks 基于lncRNA与miRNA相互作用和图卷积网络预测miRNA与疾病的关联（Briefings in Bioinformatics）
miRNA与 lncRNA的相互调控作用
qq_37637914的博客
03-16 1万+
miRNA与 lncRNA的相互调控作用在肿瘤 中的研究进展miRNAlncRNAmiRNA与 IncRNA 的相互调控作用对肿瘤的影响 miRNA miRNA在肺癌、乳腺癌和前列腺癌等多种肿瘤中较正常组织存在差异性表达,其机制包括：miRNA定位于癌症相关的基因组区域 (CAGR)；miRNA表达的表观遗传调控；miRNA加工基因和蛋白质的发育异常。这些机制使 miRNA既可发挥诱癌作用 (例如：miR-21和 miR一345能引起转基因鼠模型肿瘤的发生)，又可抑制肿瘤发生 (例如：缺失miR-15a／1
starbase 数据库使用 （miRNA预测LncRNA）
sjdaisy的博客
03-24 1万+
数据库网址：ENCORI: The Encyclopedia of RNA Interactomes. ENCORI: The Encyclopedia of RNA Interactomes. 1. 打开链接，看到数据库首页 2.点击‘miRNA target’ 下拉按钮，选择miRNA-LncRNA,如下图 3. 点击后可见如下见面： 4. 物种选择‘mouse’，‘microRNA’ 输入待查的miRNA，如mmu-miR-707，enter键确定 5. 得到结果...
lncRNA数据分析专题
庐州月光的博客
11-28 2305
欢迎关注”生信修炼手册”!lncRNA是一种长度在200bp以上的非编码RNA, 虽然没有编码蛋白的功能，但是却具有很重要的调控作用，可以在表观遗传水平，转录水平，转录后水平等多个层次调...
易基因： MeRIP-seq揭示lncRNA甲基化通过lncRNA-miRNA/蛋白质轴抑制胃癌干细胞凋亡｜文献解读
最新发布
E_gene的博客
04-17 820
长链非编码RNA（lncRNA）在胃癌的肿瘤发生中起着至关重要的作用。然而，lncRNA甲基化对胃癌干细胞（GCSC）的影响尚不清楚。
LncMirNet:基于核糖核酸序列深度学习预测LncRNA miRNA相互作用
qq_37637914的博客
04-23 3041
LncMirNet: Predicting LncRNA miRNA Interaction Based on Deep Learning of Ribonucleic Acid Sequences摘要1 介绍2 材料与方法2.1 材料2.1.1 数据集2.1.2 构建正样本和负样本2.2 方法2.2.1 总体工作流程2.2.2 构造特征RNA序列的k-mer特征组成/转换/分布(CTD)特性doc2vec对RNA序列的分布式表示特征图嵌入方法表示RNA序列利用直方图- dd构造矩阵特征2.2.3 基于卷积
LncCeRbase:人类lncRNA相关ceRNA数据库
庐州月光的博客
01-13 585
欢迎关注”生信修炼手册”!lncRNA可以作为miRNA sponge与miRNA发生相互作用，通过竞争性的结合miRNA, 可以调控其他基因的表达量, 发挥ceRNA的调控功能。随着c...
LncRNADisease database数据库使用方法
leroylee7的博客
12-02 2376
LncRNADisese database 数据库概览 进入LncRNADisease database主页（见文末），该数据库收录来自实验结果支持的lncRNA与disease关联数据，以及蛋白、mRNA、miRNA和DNA等不同分子类型与lncRNA相互作用研究结果，包括结合、调控和共表达关系，所有数据均可供浏览或下载。 当前版本总共集成近3000个lncRNA分子与disease关联数据条目，475个lncRNA交互条目。除外信息查询功能，该数据库还可以基于一个新的lncRNA基因组..
分享miRNA和lncRNA靶向预测网站——miRcode，lncRNABase，starbase，RegRNA2.0
weixin_46500027的博客
04-12 2万+
lncRNA能够将miRNA吸附过来，相当于竞争性结合，不让miRNA对mRNA发挥作用，因此形成了lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络，简称ceRNA。 在做生信分析时，我们通过数据库筛选了一些调控自己靶基因mRNA的lncRNA，可以使用很多网站预测lncRNA结合的miRNA。 先前向大家简单介绍过预测lncRNA和miRNA的方法: 如何批量预测lncRNA靶向的miRNA？_Lijingxian教你学生信的博客-CSDN博客_lncrna预测mirnalncRNA能够将miRNA吸附
生物信息学常用数据库
wish_to_top的博客
07-08 1万+
写在前面 说来惭愧，感觉读到研究生，说来说去张口闭口也就是TCGA、GEO、ARRAYEXPRESS、GTEX数据库，感觉还不如一些临床医生自学生物信息学的，平常都没去探索一些新的数据库，这边做个记录.黑色部分代表我查到的简介，而红色部分则表示我的个人看法 GEO数据库 GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，目前已经发表的论文中涉及到的基因表达检测的数据可以通过这个数据
如何批量预测lncRNA靶向的miRNA？
weixin_46500027的博客
03-17 9876
lncRNA能够将miRNA吸附过来，相当于竞争性结合，不让miRNA对mRNA发挥作用，因此形成了lncRNA-miRNA-mRNA的调控网络，简称ceRNA。 在做生信分析时，我们通过数据库筛选了一些调控自己靶基因mRNA的lncRNA，可以使用很多网站预测lncRNA结合的miRNA。 那么问题来了，大部分网站通常都是输入一个lncRNA，预测与其结合miRNA。如果我们筛选到了几十个甚至几百个lncRNA，如何批量预测lncRNA靶向的miRNA。 我向大家推荐一个网站：mircode。
利用R代码从UCSC XENA下载mRNA, lncRNA, miRNA表达数据并匹配临床信息
悟道西方
03-11 1万+
UCSC xena 数据库可以下载TCGA、TARGET等数据，非常便捷，下载后的数据需要用R进行一些处理：一. 表达数据的ID转换，并识别对照组（Normal）和肿瘤组（Tumor）；...
最新ncRNA数据库大全（含TCGA、ceRNA、exosome等）
热门推荐
ypfzhao
01-04 2万+
一、TCGA相关数据库 数据库名 网址 备注 TCGA-GDC https://portal.gdc.cancer.gov/ TCGA官网 GEPIA http://gepia.cancer-pku.cn/ 北大Zhang lab-Zefang Ta...
数据挖掘肿瘤预测_2020年最新非肿瘤miRNA干湿结合生信套路和相关数据库全总结，一看就会（强烈建议收藏）...
weixin_30158793的博客
12-30 2072
一直以来都传言肿瘤的生信文章容易发，但对非肿瘤来说就很不友好。各位小伙伴们，你们觉得是这样的吗？其实非肿瘤有利有弊。弊端是数据集少且无临床数据可扒；利处是我们可以把肿瘤生信文章的套路运用到非肿瘤领域中实现降维打击。今天分享一篇2020年5月发表在 PeerJ 上的纯生信文章，IF为2.353。查了一下期刊，影响因子还在上升。首先我们来看看题目The biomarkers of key miRNAs...
筛选数据库_lncRNA数据库——Lnc2Cancer v2.0
weixin_26720271的博客
01-14 899
随着新热点的出现，lncRNA在肿瘤中的研究看上去没那么火了，但2019年发文量却再创新高，达到了3252篇。相信正在做lncRNA的同学依然还有很多，在这个过程中如果你有这些需求：想知道这个lncRNA有没有人做过？这个lncRNA在哪些肿瘤里被研究过？在细胞或组织中被验证过？关于这个lncRNA有没有测序数据？这个lncRNA有哪些表型？关于lncRNA和表型有哪些实验可以进行？这个数据库就能...
2020.8.28丨转录组、全转录组产品概述和应用方向
08-28 3631
知识点梳理 转录调控是基因表达调控的一种重要方式 转录水平调控 翻译水平调控 翻译后水平调控 转录调控测序研究热点 RNA分类 转录组研究 概念 转录组（transcriptome）： 特定组织或细胞在某一发育阶段或功能状态下转录出来的所有RNA的集合，包括 mRNA和ncRNA，从整体水平研究基因功能和基因结构，揭示特定生物学过程的分子机理。 转录组测序（RNA-seq）： 通过第二代高通量测序技术进行
ceRNA调控机制简介
庐州月光的博客
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欢迎关注”生信修炼手册”!ceRNA全称competing endogenouse RNA, 中文叫做竞争性內源RNA。和ncRNA等概念不同，ceRNA并不是代表某种特定类型的RNA,...
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