LncBase:lncRNA与miRNA相互作用数据库

最新推荐文章于 2024-04-17 12:05:06 发布
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LncBase是一个收录lncRNA与miRNA相互作用的数据库，提供实验证据支持和软件预测的交互数据。用户可检索两者间交互，并获取详细信息，包括基本资料、文献引用、互作区域等。适用于研究lncRNA-miRNA相互作用及组织特异性问题的筛选。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

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有非常多的文献报导指出，lncRNA可以作为miRNA sponge， 从而与miRNA发生相互作用。LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库，最新版本为v2, 网址如下

http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex

分成实验证据支持和软件预测两部分结果，示意如下

实验证据支持的相互作用数据，主要是从文献中整理得到的结果，包括了qPCR, northern blot, reporter assay, CLIP-seq等检测方法，软件预测是通过DIANA-microT这个软件来实现的。其中软件预测的lncRNA与miRNA相互作用数据是可以免费下载的，实验证据支持的数据需要向开发团队申请才可以。

以实验证据支持的相互作用数据为例，在检索框输入miRNA和lncRNA的名字，可以检索二者之间是否存在相互作用

检索结果示意如下

点击右边的下拉按钮，可

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lncＲNA- related database Noncoding ＲNA       http:/ /biobases. ibch.poznan．pl/ncＲNA/  fＲNAdb                    http:/ /www． ncrna．org/frnadb/  NＲED                      http:/ /jsm- research. imb.
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starbase 数据库使用 （miRNA预测LncRNA）
sjdaisy的博客
03-24 1万+
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写在前面 说来惭愧，感觉读到研究生，说来说去张口闭口也就是TCGA、GEO、ARRAYEXPRESS、GTEX数据库，感觉还不如一些临床医生自学生物信息学的，平常都没去探索一些新的数据库，这边做个记录.黑色部分代表我查到的简介，而红色部分则表示我的个人看法 GEO数据库 GEO数据库全称GENE EXPRESSION OMNIBUS，是由美国国立生物技术信息中心NCBI创建并维护的基因表达数据库。它收录了世界各国研究机构提交的高通量基因表达数据，目前已经发表的论文中涉及到的基因表达检测的数据可以通过这个数据
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利用R代码从UCSC XENA下载mRNA, lncRNA, miRNA表达数据并匹配临床信息
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