LncBase:lncRNA与miRNA相互作用数据库

LncBase是一个收录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,提供实验证据支持和软件预测的交互数据。用户可检索两者间交互,并获取详细信息,包括基本资料、文献引用、互作区域等。适用于研究lncRNA-miRNA相互作用及组织特异性问题的筛选。

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有非常多的文献报导指出,lncRNA可以作为miRNA sponge, 从而与miRNA发生相互作用。LncBase是一个专门记录lncRNA与miRNA相互作用的数据库,最新版本为v2, 网址如下

http://carolina.imis.athena-innovation.gr/diana_tools/web/index.php?r=lncbasev2%2Findex

分成实验证据支持和软件预测两部分结果,示意如下

实验证据支持的相互作用数据,主要是从文献中整理得到的结果,包括了qPCR, northern blot, reporter assay, CLIP-seq等检测方法,软件预测是通过DIANA-microT这个软件来实现的。其中软件预测的lncRNA与miRNA相互作用数据是可以免费下载的,实验证据支持的数据需要向开发团队申请才可以。

以实验证据支持的相互作用数据为例,在检索框输入miRNA和lncRNA的名字,可以检索二者之间是否存在相互作用

检索结果示意如下

点击右边的下拉按钮,可

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