转录组——火山图（vocano plot）

最新推荐文章于 2024-10-12 12:26:23 发布

wt12138

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文章标签： python 数据可视化 javascript 可视化机器学习

本文链接：https://blog.csdn.net/wt141643/article/details/110424854

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本文介绍如何利用Python进行转录组数据分析，并通过matplotlib库创建火山图，展示差异表达基因的显著性。内容涉及数据预处理、统计测试以及可视化技巧，帮助理解基因表达的变化情况。

摘要由CSDN通过智能技术生成

##############################
# 2020/11/12 处理差异分析结果，ggplot绘制火山图
##############################
library(tidyverse)
# 导入差异分析数据
gene_info <- read.csv(file = "zd_gene_info.csv")
names(gene_info) <- c("gene_id","Swissprot_ID","Gene_symbol","Function")
data <- read.csv(file = "../muscle/res",
                 header = T,
                 sep = "\t" )
de_result <- left_join(data, gene_info, by = c("id" = "gene_id"))


names(data) <- c("id","base","log2FoldChange","if","sta","pvalue","padj") # 重命名列名
data_plot <- select(de_result , id , log2FoldChange, pvalue, padj,Swissprot_ID,Gene_symbol,Function) %>% 
  mutate(FC = 2**log2FoldChange,
         direction = if_else( padj > 0.05, 'ns',