nanopore测序技术专题（二）：一些典型应用

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前面一篇推文我们介绍了nanopore测序技术的一些显著优势，简单来说就是长读长、高产出、便携、实时、易用、直接。基于这些特点，在基因组或者转录组分析中可以有很多的应用，这次我们列举一些nanopore测序技术的一些典型应用。

大基因组拼接
nanopore最显著特点就是读长长。长读长对于大基因组的拼接将会产生立竿见影的效果。在以往基于短片段的基因组拼接中，由于一些动植物基因组本身具有多倍体，高度重复，高度杂合的特性，导致基因组拼接是一项异常艰难的工作，有些植物甚至复杂到利用短片段根本无法完成拼接工作，例如基因组大小高达152Gb的重楼百合 (Paris japonica)，还有10倍体的择捉草莓 (Fragaria turupensis)等。虽然后来有了大片段文库，BAC文库，optical mapping光学图谱，Hi-C，bionano等辅助技术，但依然无法从根本上解决大型基因组拼接的问题。而nanopore测序技术将从根本上改变大型基因组拼接技术难题，根据百迈克公司公开发布的数据来看。利用三代测序可以极大的提高基因组的完整性contig数目减少，N50长度可以达到M级别，同时配合多轮纠错机制，拼接的准确性也非常高。

表1 百迈克公司发布部分物种nanopore数据拼接情况

细菌完成图
由于细菌基因组比较小，通常小于10M，大部分是一条染色体，并且由于细菌基因组通常重复序列不多，利用nanopore的