2020.9.17丨Nanopore测序介绍

最新推荐文章于 2023-08-20 18:17:35 发布
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  • 昨天晚上参加了贝纳基因的线上产品介绍会，主要介绍了Nanopore和公司两大特色产品，DirectRNA和isoform-全长cDNA，主讲人讲得比较快，PPT也不能拷贝，因此只能粗略搭了个框架，要想看更详细的Nanopore与PB的差异，可以看PB&ONT比较概览。
  • Nanopore测序介绍
    • 发展历程
      • 4个产品
      • MinION
      • GridION
      • PromethION
    • 技术原理
      • DNA通过纳米孔形成电信号，五个碱基为一组信号，通过电流变化，对波形图进行校正，对已知序列进行比对
    • 产品线
      • DNA产品
        • 动植物基因组
        • 细菌完成图
        • 宏基因组
      • RNA产品
        • Direct RNA
        • isoform-全长cDNA
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nanopore测序技术专题（五）：建库测序
xxxie_的博客
11-15 9370
WX众号：基因学苑 Q群：32798724 更多精彩内容等你发掘！ 所谓建库测序就是对测序的DNA进行一些处理，是一个“格式化”的过程，需要将DNA处理成固定的模式才可以。例如需要给原始的DNA加上A碱基，接头，测序引物，index或者barcode标签等。建库测序是DNA测序过程中非常重要的一个环节，可以说直接影响到测序质量，建库效果不好，测序质量不可能好。 DNA提取 纳米孔可以测序DNA本身...
nanopore测序技术专题（一）：为什么要选择nanopore测序？
xxxie_的博客
11-15 2130
为什么要选择nanopore测序技术，这是因为nanopore测序技术具有一些无与伦比的优势，可以解决很多技术难题。主要包括，超长读长，DNA/RNA直接测序，真正的实时性，无需对测序设备的资金投入，可扩展性：便携式或台式测序仪，10 分钟文库制备，高保真度，对大基因组的高数据量测序（引用自nanopore官方网站：https://nanoporetech.com/）。下面我们具体来介绍一下。 w...
三代测序~~~Nanopore
最新发布
wangprince2017
08-20 573
三代测序~~~Nanopore 转载2020-07-09 17:20:56 标签：三代测序技术nanopore 6.3 Nanopore测序 6.3.1发展历程 化学原理：单链DNA分子穿过蛋白质纳米孔，碱基依次被纳米孔旁边的酶切断，游离碱基穿过纳米孔的时候造成特征性的电位变化，相关信号由半导体器件采集。不同碱基电位变化的图式不同，由此可以识别碱基。主要厂商：Oxford Nanopore公司。 Nanopore技术从提出原理到走上市场，所耗时间漫长。其发展历程大致如下： 201...
Nanopore测序技术
wangprince2017
12-25 4606
Nanopore测序技术 Shaoqian_Ma已关注 0.1142020.04.14 10:59:30字数 2,727阅读 360 纳米孔测序解析新型冠状病毒全基因组 本文的参考视频为：https://www.bilibili.com/video/BV13T4y15727?p=9 简介 官网：https://nanoporetech.com/ 优势如下： Direct sequencing of native DNA/RNA, or samples that have been ampl
图解三代测序（Nanopore）
Baimoc
02-03 3万+
一、测序原理 先介绍 Nanopore 测序中的几位主角： Reader ：在自然界中，有一种可以嵌入到细胞膜中作为离子或分子通道的跨膜蛋白，具有天然的蛋白纳米孔。经过人为基因工程修饰后，得到的就是 Nanopore 测序所需的 Reader 蛋白。 Membrane：Reader 蛋白会被嵌入到高电阻率的 Membrane （人工合成的多聚物膜），膜两侧是离子溶液，在两侧加不同的电位，离子就会在孔中流动，形成电流。 Motor：在 Nanopore 文库构建时，需要在接头上连接一种动力蛋白，用于将DN
从实验室走向大众，一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用
wangprince2017
02-16 2821
从实验室走向大众，一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用 关键词/Nanopore测序技术 文/基因慧 随着基因测序技术不断突破，二代测序的发展也将基因检测成本大幅降低。理想的测序方法,是对原始DNA模板进行直接、准确的测序，消除PCR扩增带来的偏差，保留重要的碱基修饰信息，并且测序序列长度(读长)不受限制，从而能够检测大型的结构变异和解析含有高度重复DNA片段的区域。纳米孔测序技术的出现，不仅提供快速实时答案，同时还具备高数据产出。同时，其便携式和规模上的可扩展性给未来测序技术应用带来无限..
【无标题】单分子纳米孔测序技术及其应用研究进展
wangprince2017
04-24 1482
单分子纳米孔测序技术及其应用研究进展 曹影1,李伟2,褚鑫3,吴珂1,刘海舟1 ,刘翟1,4 摘要：测序技术在通量和成本方面有了较大的改进，以单分子纳米孔测序技术为代表的第三代测序技术更是以其超长读长、实时检测和可以直接检测碱基甲基化修饰等优势在医学及生命科学等领域作出了较大贡献。文中就单分子纳米孔测序技术的原理进行了简要描述，并对其在临床、动物、植物、细菌及病毒等领域的应用和其未来的发展方向进行了讨论。 关键词：纳米孔测序技术临床研究动物基因组...
Nanopore测序
wangprince2017
11-02 2769
目前Nanopore卖点主要是两个角度：第一是Nanopore的读长长，某些情况下能够达到单条上M，但是这种情况可遇而不可求，很多时候只存在于宣传册上。另一个则是Nanpore便宜，这样就能够保证测序深度，从而提高组装质量。 但是Nanopore也有一个劣势，那就是它的错误谱(error profile)和PacBio不一样，并非随机，而是主要集中在homopolymer。因此PacBio在纠错...
nanopore测序技术专题（二）：一些典型应用
xxxie_的博客
11-15 2732
WX众号：基因学苑 Q群：32798724 更多精彩内容等你发掘！ 前面一篇推文我们介绍了nanopore测序技术的一些显著优势，简单来说就是长读长、高产出、便携、实时、易用、直接。基于这些特点，在基因组或者转录组分析中可以有很多的应用，这次我们列举一些nanopore测序技术的一些典型应用。 大基因组拼接 nanopore最显著特点就是读长长。长读长对于大基因组的拼接将会产生立竿见影的效果。在以...
全面解读第四代基因测序技术Oxford Nanopore--转载
weixin_34354945的博客
09-08 6817
纳米孔测序技术（又称第四代测序技术）是最近几年兴起的新一代测序技术。目前测序长度可以达到150kb。这项技术开始于90年代，经历了三个主要的技术革新：一、单分子DNA从纳米孔通过；二、纳米孔上的酶对于测序分子在单核苷酸精度的控制；三、单核苷酸的测序精度控制。目前市场上广泛接受的纳米孔测序平台是Oxford Nanopore Technologies（ONT）公司的MinION纳米孔测序仪。它的特点...
Medicine in Microecology：Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
10-16 5753
应用Nanopore三代测序技术解析人类肠道病毒组Profiling of Human Gut Virome with Oxford Nanopore TechnologyMedicin...
2020.8.26丨Nanopore甲基化测序产品概述
08-26 2310
一、Nanopore甲基化 基本概念 甲基化属于表观遗传 遗传学： 基于基因序列改变所致基因表达水平变化，如基因突变、基因杂合丢失和微卫星（SSR） 等 表观遗传学： 指基于非基因序列改变所致基因表达水平变化，如DNA甲基化和染色质构象变化等 表观遗传现象：DNA甲基化（去甲基化）、基因组印记、休眠转座子激活、母体效应、基因沉默、核仁显性、RNA编辑等 表观遗传学的常见机制 DNA 甲基化：化学修饰的一种形式，能在不改变DNA序列的前提下，改变遗传表现； l 组蛋白修饰
PacBio和NanoPore两种三代测序仪的比较
热门推荐
ncyujijian的博客
08-09 4万+
可以这么说，目前在长度长的三代测序领域内，基本上是PacBio和Nanopore的天下。二者测序技术各有千秋，我就来谈一点浅薄的认识。 首先，介绍一下二者的测序原理。 PacBio采用SMRT测序技术，名称取自single molecule real time sequencing，即单分子实时测序。 上图为PacBio的核心测序原理，基本上包括以下几个要点： 制造出一个ZMW孔（Zero-Mode Waveguides），一个光学物理概念。大白话说，就是在这个孔底部照射激光，这些光不会穿透小孔。这样每
三代测序原理与数据文件简介（SMRT+Nanopore）
一生雾梦
12-03 2万+
本文主要介绍了三代测序的两种主要方式，Pacbio公司的SMRT测序和Oxford公司的Nanopore测序。从2009年的两篇原始文献开始，介绍了两种测序的基本原理，以及错误的主要来源，并简要的介绍了下机文件的格式。
Nature子刊：三代Nanopore测序检测细菌和菌群多种DNA甲基化类型的新方法
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
04-11 2839
人类基因组中最广泛的 DNA 甲基化为5-methylcytosine (5mC)，而细菌中有三种常见的 DNA 甲基化: N6-methyladenie (6mA), N4-methyl...
Oxford Nanopore碱基识别（basecalling）软件性能大比拼
wangprince2017
10-05 6053
Oxford Nanopore碱基识别（basecalling）软件性能大比拼 作者:Xiaofei 时间:2019-04-21 分类:论文解读 阅读: 1785 次 评论: 0 本论文除了评测了ONT开发的4个basecaller以及1个第三方的basecaller以外，还对不同方法的自训练模型进行了较为系统的评估，是目前最详细的对Nanopore碱基识别软件（basecaller）的横向评测的研究，非常值得仔细阅读。文章于今年2月在预印本在线期刊bio...
Nature子刊：三代Nonopore测序数据耐药性分析软件NanoOK RT
刘永鑫的博客——宏基因组公众号
11-19 1384
前言 前期，我们解读了Nature Microbiology的关于快速分析肠道菌群耐药性的论文。【文献解读】Nature ...
linux重启gpu_基于GPU的NanoPore三代测序的basecalling
weixin_36255898的博客
01-30 1898
Nanopore作为三代测序的代表之一，虽然其错误率非常让人蛋疼，但是价格相对亲民(一万的测序仪不香么)且具有实时测序实时分析的特点，对于不具有大型测序仪测序条件的地方有其独有的优势。Nanopore测序检测的是通过微孔的若干个碱基的电压变化信号(测序原理请自行了解)。因此，为了获得每个碱基的具体组成(即basecalling)，需要解析电信号，涉及到机器学习等方面的算法应用...
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