2022.11.15【bug笔记】|Error in FASTQ file at line 55: Line expected to start with ‘+‘, but found ‘G‘

今天协助销售处理客户一个分析问题，感觉很多人都会遇到，在这里记录一下。

项目场景：

从测序公司下载测序原始数据，使用Trim galore进行质控分析。

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问题描述

执行脚本

trim-galore -j 1 -e 0.1 -q 20 -O 1 --trim-n -a CTGTCTCTTATA /home/projects/SRHgroup/projects/Janine_HLAC_KIR/data/rna/fastq/raw_files/18134XR-XXX_RNA_R1.fastq.gz

程序未正确执行，得到18134XR-XXX_RNA_R1.fastq.gz_trimming_report.txt 质控报告，报告内得到如下报错：

cutadapt: error: Error in FASTQ file at line 5516903: Line expected to start with '+', but found 'G'

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原因分析：

报错翻译为某一行不是按照标准的fastq格式，本来应该是"+“，却识别成"G”

这里，"+"应该表示的是fq格式的第三行，识别到"G"可能是第二行reads序列行或者第四行碱基质量表示。说到底就是格式错误，但背后原因应该是文件损坏，造成rawdata的压缩文件缺失。

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解决方案：

核对文件是否损坏：
1.检查文件大小与下载路径的文件大小是否一致；
2.如果公司提供md5文件，可使用md5sum -c md5.txt命令检查数据完整性。

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