新年新气象——植物、动物和微生物转录组项目文章三连发

项目文章一：代谢组与转录组相结合，揭示了红豆杉果实三种不同颜色形成的机制。

中南林业科技大学文亚峰教授团队1月23日在《Frontiers in Plant Science》发表题为Metabolome integrated with transcriptome reveals the mechanism of three different color formations in Taxus mairei arils文章，其利用转录组和代谢组解析红豆杉(Taxus mairei)不同发育阶段红(RTM)、黄(YTM)和紫(PTM)果实的基因表达和代谢产物，为红豆杉资源的分子育种提供数据参考。

研究背景   

红豆杉(Taxus mairei),是一种重要的药用植物，其果实具有丰富的生物活性成分，包括类黄酮类化合物和花青素。这些化合物对红豆杉果实的颜色起着重要的作用，并且与其药用价值密切相关。然而，目前对红豆杉果实颜色形成机制的研究还比较有限。因此，本研究旨在通过将转录组学和代谢组学相结合的方法，揭示红豆杉果实中三种不同颜色形成的机制。通过分析红豆杉果实中的代谢物和基因表达谱，研究人员希望找到与颜色形成相关的关键代谢途径和基因调控网络。这项研究的结果将有助于深入了解红豆杉果实颜色形成的分子机制，为红豆杉的栽培和利用提供科学依据。此外，这些研究成果还有助于揭示其他植物中颜色形成的机制，对于植物遗传改良和药用植物的开发具有重要意义。

研究方法及路线  

01 样品收集和处理：

收集了三种不同颜色的红豆杉果实样品，分别是红色果实（RTM）、黄色果实（YTM）和紫色果实（PTM）。对样品进行RNA提取和代谢物提取。

02 代谢组学分析：

使用质谱仪对提取的代谢物进行分析，得到代谢物的谱图数据。确定差异积累的黄酮类化合物（DAFs）。

03 转录组学分析：

三种不同颜色的果实样品（RTM、YTM和PTM）、三个发育阶段（FA、B和R）各组三个重复共27个样本进行RNA-seq测序。选择14个差异表达基因进行qRT-PCR验证。

04 联合分析ÿ