项目文章 | Plant Cell &转录因子ChIP-seq助力解析瓜类果实长度相关的调控新机制

随着测序成本的不断降低，重测序分析得到的性状关联SNP，如何开展研究，这篇文章很值得参考。

近日，中国农业大学园艺学院张小兰教授团队联合河北科技师范学院闫立英教授和东北农业大学辛明研究员在The Plant Cell杂志在线发表题为Single nucleotide polymorphisms in SEPALLATA 2 underlie fruit length variation in cucurbits的研究论文，通过GWAS分析，基因定位，RNA-seq、ChIP-seq、EMSA等技术解析了MADS-box家族转录因子SEPALLATA 2 (SEP2) 调控葫芦科作物果实长度变异的分子机制。爱基百客为本文提供了ChIP-seq技术服务。

研究背景

大多数必需基因对植物生长发育有着多效作用，关键基因的完全破坏通常伴随着严重的生长和发育缺陷，对于基因编码区和非编码区的单核苷酸多态性（SNP）和InDels等细微变化有望打破上述限制。因此，通过鉴定和控制特定有利性状的关键基因的SNP对于作物育种具有重要意义。

SEPALLATA (SEP)属于MADS-box家族转录因子，E类基因，通过与异四聚体形式的ABC 类蛋白相互作用来控制花器官特性（A类基因：单独作用时控制萼片的发育，在与B类基因共同作用时控制花瓣的发育。A类基因的突变会影响萼片和花瓣。B类基因：在与A类基因共同作用时决定花瓣的发育，在与C类基因共同作用时决定雄蕊的发育。B类基因的突变影响花瓣和雄蕊。C类基因：单独作用时控制心皮的发育，在与B类基因共同作用时控制雄蕊的发育。C类基因的突变影响心皮和雄蕊。E类基因：在花器官发育中起着重要作用，与A、B和C类基因形成四聚体，作为“花四聚体模型”的粘合剂。E类基因的表达对于花分生组织的确定性以及花器官特征属性的决定至关重要）。

在花的ABC类基因的基础上，后来研究者提出了ABCDE模型，其中E类基因的发现补充了ABC模型，解释了更多花器官发育的现象。例如，在拟南芥中，SEPALLATA（SEP）基因作为E类基因，与其他类别的MADS-box基因协同作用，共同决定花器官的发育。E类基因在花原基发育过程中的表达模式存在差异，可能与花器官的多样性有关）。SEP在花卉发育中的功能已被证明在不同物种之间有着广泛保守性。然而，迄今为止，尚未有报道SEPs基因的自然变异。

黄瓜(Cucumis sativus)、甜瓜(Cucumis melo)、西瓜(Citrullus lanatus) 和南瓜(Cucurbita spp.) 等葫芦科植物果实大小变化巨大。黄瓜作为一种世界各地均有种植的代表性葫芦类蔬菜作物，其果实长度调控已经有一定深入研究，目前已鉴定出调节黄瓜的果实大小14个相关QTL。其中，仅克隆了3个QTL（FS1.2、FS2.1、FS5.2）候选基因，还有很多基因有待探究。本研究中作者在E类基因CsSEP2 中发现了两个特异性调控黄瓜果实长度的SNP，并进一步探究CsSEP2的SNP变化通过直接抑制黄瓜中的CsCRC转录，导致果实长度变化。此外，在CmSEP2上发现了一个7638G/A的SNP，它通过甜瓜中保守的SEP2-CRC模块来调节果实长度。

研究路线

研究结果

01  CsSEP2单位点的自然变异调节黄瓜果实长度

为了鉴定调控黄瓜果实伸长相关基因，作者收集了全球191个黄瓜种质进行了全基因组关联研究 (GWAS)，其中包括10个印度(IND)黄瓜种（一个野生种和9个IND地方品种）、5种半野生西双版纳品种（XIS）、113个栽培东亚品种（EA）和63种栽培欧亚品种（EU）。这些种质成熟时的果实长度从5~100厘米不等（图1A）。黄瓜GWAS分析显示4号染色体上的10kb连锁不平衡（LD）模块中存在SNPA/T（chr4_7886522，P=8.1×10-7）与果实长度显著相关（图1B-C）。该区间中有一个CsaV3_4G010090基因，属于SEP1/2亚家族，命名为CsS