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RSS订阅原创 Nature：基因组编辑工具CRISPR的进化史
CRISPR tool enables precise genome editing作者：Randall J. Platt基因组编辑的最终目标是能够对生命蓝图做出任何具体的改变。基因组编辑的“搜索-替换”方法使我们朝着这个宏伟目标迈出了一大步。构成生命蓝图的脱氧核糖核酸序列的变异对任何物种的适应性都是至关重要的，然而成千上万的脱氧核糖核酸变异被认为会导致疾病。经过几十年的遗传学和分子生物学...
2019-12-07 09:28:36
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原创 Nature：细菌增长和扩张的平衡机制
The balancing act of growth and expansion作者：HenryMattingly & Thierry Emonet细菌沿着化学引诱剂的梯度移动。两项研究发现，在营养丰富的环境中，细菌可以通过跟随无营养的引诱剂快速生长——但是扩张过快会使它们变得脆弱。细菌可以感知化学引诱物，并利用这些信息导航到资源或远离伤害——这一过程称为趋化性。但是为什么细菌追...
2019-12-05 10:06:47
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原创 Nature：阐明肿瘤代谢的脆弱性
Metabolic vulnerability intumours illuminated作者：Aparna D. Rao & Ralph J. DeBerardinis最近一个追踪分子已被用于分析小鼠体内的肿瘤，并根据其代谢特征对癌症进行分组。这些信息可能对确定如何治疗不同的恶性肿瘤有所启示。<更多精彩，可关注微信公众号：AIPuFuBio，和大型免费综合生物信息学资源和工...
2019-12-05 10:05:02
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原创 Nature: 发现一种可有效抗癌并刺激免疫体统的抑制剂
‘Undruggable’cancer protein targeted作者：Roy S. Herbst & JosephSchlessinger一种能够抑制导致癌症的KRAS突变蛋白并刺激免疫系统的小分子已经被发现。这种抑制剂是临床上第一种显示抗癌活性的抑制剂。KRAS基因的突变是人类癌症范围内肿瘤发展最常见的驱动因素。尽管如此，突变KRAS蛋白仍然是一个棘手的治疗目标。Cano...
2019-12-05 10:02:39
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原创 Nature：肠道微生物异常为何会导致肝病？
Microbial clues to a liver disease？作者：Martha R. J. Clokie酒精性肝炎是一种与高酒精摄入相关的肝病，治疗选择比较有限。对小鼠的研究表明，造成这种状况的微生物可以通过病毒治疗来解决。<更多精彩，可关注微信公众号：AIPuFuBio，和大型免费综合生物信息学资源和工具平台AIPuFu：www.aipufu.com>1984年...
2019-11-21 17:52:17
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原创 Nature：为什么免疫系统可产生多样性抗体和T细胞受体？
One ring to rule them all作者：FerencLivak & André Nussenzweig远处的DNA区域并置在一起，形成不同的免疫系统基因，编码抗体和T细胞受体。这两种类型的基因似乎都是依靠通过一个叫做凝聚蛋白的蛋白质环挤压DNA而形成。<更多精彩，可关注微信公众号：AIPuFuBio，和大型免费综合生物信息学资源和工具平台AIPuFu：www....
2019-11-21 17:49:00
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原创 Nature：肿瘤转移后的基因组特征
Genomes captured during tumour spread作者：Jillian F. Wise & Michael S. Lawrence更好地理解导致癌症扩散的基因变化至关重要。对转移性癌症全基因组序列的全面研究将有助于研究人员实现这一目标。图片来源（Peter et al. Nature, 2019）<更多精彩，可关注微信公众号：AIPuFuBio，...
2019-11-21 17:45:59
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原创 Nature | 生物体可以从头产生新基因
图片来源（Levy et al. Nature, 2019）“科学家们长期以来认为，进化修补旧基因时会出现新基因。事实证明，自然选择更具创造性。”--- ADAM LEVY<更多精彩，可关注微信公众号：AIPuFuBio，和大型免费综合生物信息学资源和工具平台AIPuFu：www.aipufu.com>在深冬，冰雪覆盖的北冰洋的水温会降到零度以下。天气冷得足以冷冻许多鱼，...
2019-11-21 17:43:00
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原创 如何解决个人基因组时代的数据隐私问题
个人基因组学的日益普及引起了人们对基因组数据隐私各种问题的关注。例如，一些个人基因组公司向制药公司出售数据，这种做法被发现缺乏透明度。快速增长的基因组数据库也引起了执法部门的兴趣，并有助于解决刑事案件。但这引起了批评，因为担心政府获取没有犯罪的个人基因组数据。对许多人来说，歧视的风险是最令人担忧的问题。在美国，《基因信息不歧视法》保护个人免受雇主和健康保险公司的歧视。然而，它不适用于人寿保险和残疾...
2019-11-07 20:45:20
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原创 DNA甲基化测序数据的分析流程及相关软件总结
目前检测DNA甲基化的方法众多，主要可以分为以下几类（如表1所示）：图片来源（凡时财等，中国科学: 生命科学，2015）<更多精彩，可关注微信公众号：AIPuFuBio，和大型免费综合生物信息学资源和工具平台AIPuFu：www.aipufu.com>其中，DNA甲基化芯片在过去由于价格便宜，成为之前主流的检测DNA甲基化方法，而甲基化芯片的处理流程和方法主要如下所示（表2...
2019-11-05 14:47:00
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原创 一文读懂：DNA甲基化的作用及各种高通量检测方法比较
DNA甲基化相关定义DNA甲基化一直以来都是表观遗传学领域研究的重点之一。DNA甲基化（Methylation）是指在DNA甲基转移酶（DNA methyltransferase, 缩写DNMT）的作用下，基因组DNA序列上CpG岛的二核苷酸5′端胞嘧啶转变为5′甲基胞嘧啶（5′ methylcytosine, 缩写5mC）。这种DNA修饰的方式并未改变基因的序列, 但能抑制某些基因的表达。在哺...
2019-10-31 08:34:09
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原创 Nature Methods | 新软件SAVER-X可对单细胞转录组学数据进行有效降噪
图片来源（Nature Methods）摘要单细胞转录组测序（single-cell RNA-seq, scRNA-seq）数据有高噪音和稀疏的特点。原文作者展示了跨数据集的迁移学习可显著提高数据的质量。通过将深度自动编码器与贝叶斯模型相结合，原文开发的SAVER-X软件可从不同实验室、不同条件和不同物种的数据中提取可迁移的基因关系，以对新的目标数据集进行降噪。<更多精彩，可关注...
2019-10-30 20:23:05
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原创 Science综述 | 用单细胞基因组学将人类细胞表型匹配到基因型
原文地址：https://science.sciencemag.org/content/365/6460/1401<更多精彩，可关注微信公众号：AIPuFuBio，和大型免费综合生物信息学资源和工具平台AIPuFu：www.aipufu.com>Mapping human cell phenotypes to genotypes with single-cell genomi...
2019-10-25 22:54:42
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原创 Science重磅 | 新技术Slide-seq能以高空间分辨率测量全基因组的表达情况
原文地址：https://science.sciencemag.org/content/363/6434/1463.full摘要细胞在组织中的空间位置强烈影响者它们的功能，然而，目前缺乏可高通量且全基因组范围内在单细胞水平对基因表达进行准确捕获的技术。原文作者开发了Slide-seq技术，这是一种将组织切片中的RNA转移到表面的方法，表面覆盖有已知位置的DNA条形码珠，通过测序可以推断出R...
2019-10-23 12:43:55
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原创 一文读懂长非编码RNA（lncRNA）的分类、功能及测序鉴定方法
RNA的重要调控功能发现历程（Rinn et al. Annu Rev Biochem, 2013）长非编码RNA，英文名为long noncoding RNAs，缩写为lncRNA，是指长度大于200 核苷酸的非编码RNA。LncRNA因具有非常重要的调控功能，且几乎参与到了各种生物学过程和通路，与各种疾病的发生发展紧密关联，从而成为过去几年和将来的研究热点和重点。对于人类基因组来说，产生...
2019-10-18 14:45:00
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原创 Nature | 新技术scSLAM-seq可在单细胞水平揭示转录动态变化的核心特征
原文地址：https://doi.org/10.1038/s41586-019-1369-yscSLAM-seq reveals core features of transcription dynamics in single cells摘要单细胞转录组测序（single-cell RNA-seq, scRNA-seq）强调了细胞间表达异质性在健康和疾病表型变异中的重要作用。然而，目...
2019-10-15 20:05:51
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原创 Science经典综述：转化基因组学和精准医学：从实验室走向临床
原文链接：https://science.sciencemag.org/content/365/6460/1409转化基因组学和精准医学：从实验室走向临床**摘要**：转化基因组学旨在把遗传学的研究发现转化应用于临床来改善人类健康。基因组学和相应分析技术的进步以及数字革命，使得其进一步成为可能。这些进展能让预后标记物的开发、量身定制的干预措施和预防性方法得以实现。我们正处于通过多基因风险...
2019-10-07 22:17:11
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原创 Circular RNA的产生机制、功能及RNA-seq数据鉴定方法
《推荐关注微信公众号：AIPuFuBio，和使用免费生物信息学资源和工具AIPuFu：http://www.aipufu.com》【Circular RNA的产生机制】Circular RNA，缩写为circRNA，中文名为环状RNA，属于非编码RNA，是近年的一个重要研究热点。CircRNA主要是通过backsplicing的方式产生，明显不同于线性RNA（linear RNA）经典的5′...
2019-10-02 22:01:15
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原创 一文搞懂基因融合（gene fusion）的定义、产生机制及鉴定方法
欢迎关注微信公众号：AIPuFuBio，和使用各种生物信息学资源和工具AIPuFu：www.aipufu.com。【基因融合的定义】基因融合（gene fusion）是指由于某种机制（如基因组变异）使得两个不同基因的部分序列或全部序列融合到一起，形成了一个新的基因。如下图所示：基因融合示意图（图片来源：https://www.tumorfusions.org/）一般来说，基因融合是指...
2019-10-01 14:26:06
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原创 经典：基因组测序数据从头拼接或组装算法的原理
欢迎关注微信公众号：AIPuFuBio，了解更多精彩基因组测序数据的拼接/组装 （图片来源：google）每一个物种的参考基因组序列（reference genome）的产生都要先通过测序的方法，获得基因组的测序读段（reads），然后再进行从头拼接或组装（英文名称为do novo genome assembly），最后还原测序物种的各条染色体的序列，即ATGC四种碱基的排列顺序。之所以...
2019-09-27 10:50:44
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原创 基于全基因组测序数据鉴定结构变异的四大类方法总结
不同类型的基因组变异示意图（图片来源：labspaces）上次给大家总结介绍了基因组单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism，SNP）的鉴定方法，今天给大家介绍结构变异（structural variations，SV）的种类及基于基因组测序数据的鉴定方法。因为结构变异是造成物种表型差异的一个重要原因，且与各类疾病，特别是癌症的发生、发展紧密相关，因此研...
2019-09-24 11:40:28
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原创 TCGA各种肿瘤数据的20多种不同玩法/挖掘方法
肿瘤基因组图谱 (The Cancer Genome Atlas，TCGA) 计划是由美国国家癌症研究院（National Cancer Institute，NCI）和美国国家人类基因组研究所（National Human Genome Research Institute，NHGRI）于2006年联合启动的项目，目前共计研究33种癌症类型。TCGA利用大规模测序为主的基因组分析技术，从基因组...
2019-09-21 20:37:21
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原创 基于基因组测序数据鉴定单碱基变异的方法总结
单核苷酸多态性，英文single nucleotide polymorphism，缩写为SNP，读音为Snip。SNP主要是指在基因组水平上引起的单个碱基的变异，其在群体中的发生频率不小于1%，包括单碱基的转换、颠换以及单碱基的插入和缺失等。多态性示意图（图片来源：genome news network）突变（mutation）和多态性（polymorphism）的主要区别在于：1）突变...
2019-09-21 10:39:07
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原创 单细胞转录组测序技术及各类数据分析方法总结
自从2009年**单细胞转录组测序（single-cell RNA-seq，scRNA-seq）**技术首次问世，至今已经有几十种不同的scRNA-seq技术相继被开发出来。在过去的十年里，单细胞转录组测序技术得到了蓬勃的发展，从而使得可在单细胞水平揭示全基因组范围内所有基因的表达情况，可以更精准的开展细胞间的表达异质性研究、鉴定新的细胞亚型、解析早期胚胎的发育等。单细胞测序流程(图片来源 ：...
2019-09-17 12:47:22
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原创 基因组测序、外显子测序和靶向测序有什么样的区别，如何选择？
自从第一代测序技术Sanger测序发明以来，使得人们可以不断在单碱基水平研究各物种的基因组序列。由于Sanger测序价格昂贵，测序通量低等劣势，2005年左右二代测序相继被开发出来，极大地降低了测序的价格和提升了测序的通量。现在测一个人的基因组序列，只需不到1000美元。测序可以在很多不同的层面开展，包括基因组层面、转录组层面、甲基化层面、免疫共沉淀测序等。今天我们重点讨论一下基因组层面的测序。...
2019-09-15 18:21:34
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原创 m6A甲基化及预测方法工具总结
DNA、RNA和蛋白三个层面的可逆修饰示意图（Fu et al. Nature Reviews Genetics, 2014）DNA和蛋白存在各种修饰，RNA也不例外，目前已知的RNA修饰已经超过上百种。RNA根据编码性可分为编码RNA（protein-coding RNA）和非编码RNA（noncoding RNA）两大类，这些RNA转录后会发生各种修饰，包括N6-腺苷酸甲基化（N6-me...
2019-09-14 08:59:02
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原创 单细胞转录组测序数据的可变剪接(alternative splicing)分析方法总结
可变剪接（alternative splicing）,在真核生物中是一种非常基本的生物学事件。即基因转录后，先产生初始RNA或称作RNA前体，然后再通过可变剪接方式，选择性的把不同的外显子进行重连，从而产生不同的剪接异构体（isoform）。这种方式，使得一个基因可产生多个不同的转录本，这些转录本分别在细胞/个体分化发育的不同阶段，在不同的组织中有各自特异的表达和功能，从而极大地丰富了编码RNA和...
2019-09-10 12:33:02
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原创 基于单细胞测序数据构建细胞状态转换轨迹(cell trajectory)方法总结
细胞状态转换轨迹构建示意图（Trapnell et al. Nature Biotechnology, 2014）在各种生物系统中，细胞都会展现出一系列的不同状态（如基因表达的动态变化等），这些状态（state）之间会按照一定的时间顺序转换。最典型的比如细胞的分化过程，从不成熟的细胞逐渐分化为成熟细胞。此外，细胞在受到外界刺激或扰动时，细胞内基因的表达也可能发生一系列的变化，从而呈现出一系列...
2019-09-08 17:29:15
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原创 单细胞测序数据的差异表达分析方法总结-single cell differential expression
无论是传统的多细胞转录组测序（bulk RNA-seq）还是单细胞转录组测序（scRNA-seq），差异表达分析（differential expression analysis）是比较两组不同样本基因表达异同的基本方法，可获得一组样本相对于另一组样本表达显著上调（up-regulated）和下调的基因（down-regulated），从而可进一步研究这些差异表达基因的功能，包括富集的通路（pat...
2019-09-07 09:55:06
11338
原创 单细胞测序数据的降维方法及细胞亚型鉴定聚类方法总结
细胞亚型的鉴定及分析（Stegle et al. NATURE REVIEWS | GENETICS, 2015）随着单细胞测序技术的发展，每个研究或实验中测定的细胞数量在显著增加。现在很多单细胞研究中，少则产生几百，多则产生几十万的细胞数量，甚至更多。其中，细胞亚型（cell subtype or cell subpopulations）的鉴定是单细胞测序技术一个非常重要的基础应用...
2019-09-05 09:37:10
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原创 如何把生物信息学数据资源和分析工具充分融合到生物和医学研究中？
目前，测序技术已基本取代芯片技术，广泛应用于各种生物学和医学领域。随着高通量测序技术的革新、各种组学、精准医学等领域的发展，近10年来产生的关于各种不同物种的多组学（基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、甲基化组、微生物组等）数据越来越多（大数据）。对这些海量大数据进行有效的生物信息学分析，可为相关的实验设计或药物研发等提供精准指导和充足的数据支撑。因为各种组学数据可以提供全基因组范围内所有基因的表达...
2019-08-31 22:20:53
1510
原创 单细胞转录组测序技术(single cell RNA-seq)及细胞分离技术分类汇总
在过去的十多年里，高通量测序技术被广泛应用于生物和医学的各种领域，极大促进了相关的研究和应用。其中转录组测序（RNA-seq）被广泛应用于测定和描绘各类物种的基因或转录本的表达情况。但传统的转录组测序技术（bulk RNA-seq）是基于群体细胞，每个样本包含成千上万个细胞，所以最终反映的是基因在群体细胞中平均表达水平，从而掩盖了不同细胞之间的表达异质性。近年来，单细胞转录组测序（single-c...
2019-08-31 17:04:06
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