conda安装samtools包出错

最新推荐文章于 2024-03-11 15:36:22 发布
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本文讲述了博主在使用conda安装samtools时遇到的libcurl版本不匹配问题，通过更新curl和重新安装解决了samtools的帮助命令无法执行的问题。过程包括conda uninstall, update和install步骤，以及最后成功的samtools --help输出。

摘要生成于 C知道 ，由 DeepSeek-R1 满血版支持， 前往体验 >

运行命令conda install -y samtools，显示
The following NEW packages will be INSTALLED:
curl anaconda/pkgs/free/osx-64::curl-7.30.0-2
samtools anaconda/cloud/bioconda/osx-64::samtools-1.4.1-0

sambamba包安装成功，在终端输入samtools --help出错了
dyld: Library not loaded: @rpath/libcurl.4.dylib
Referenced from: /Users/username/miniconda3/envs/atac/bin/samtools
Reason: Incompatible library version: samtools requires version 9.0.0 or later, but libcurl.4.dylib provides version 8.0.0
zsh: abort samtools

发现是libcurl.4.dylib的问题，查看了下curl的已有版本，发现安装过程中下载的curl包版本略低，运行
conda uninstall samtools
conda update curl
conda install samtools

这时samtools包就安装好了，输入samtools --help没问题了，界面如下：
Program: samtools (Tools for alignments in the SAM format)
Version: 1.4.1 (using htslib 1.4.1)

Usage: samtools [options]

Commands:
– Indexing
dict create a sequence dictionary file
faidx index/extract FASTA
index index alignment

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