DockQ
是一款通过Fnat、LRMS和iRMS的结合,使用天然结构和预测结构来评估蛋白质-蛋白质对接模型的质量的工具。
在蛋白质对接研究中,研究者通常会生成多个对接模型。DockQ 能为每个模型提供一个质量分数,以此确定哪些模型与天然结构最为接近。例如,在预测蛋白质-蛋白质相互作用时,研究者可能使用不同的对接算法生成多个模型,借助 DockQ 就能筛选出质量较高的模型。
该工具开源地址:https://github.com/bjornwallner/DockQ/
文中用到的示例文件可以关注同名公众号,在后台回复"DockQ"自取。
1. 安装
①使用pip安装:
pip install DockQ
②安装最新版本(最新也就意味着存在bug的可能性更大)
git clone https://github.com/bjornwallner/DockQ/
cd DockQ
pip install .
2. 运行
安装完成后,DockQ 二进制文件将在环境变量中,可直接运行: