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原创 本公众号最新的单细胞推文目录
本公众号最新的单细胞推文目录：分析单细胞分析实录(1): 认识Cell Hashing单细胞分析实录(2): 使用Cell Ranger得到表达矩阵单细胞分析实录(3): Cell Hashing数据拆分单细胞分析实录(4): doublet检测单细胞分析实录(5): Seurat标准流程单细胞分析实录(6): 去除批次效应/整合数据单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释SingleR如何使用自定义的参考集单细胞分析实录(8): 展示marker基因的4种图形（一）单细胞分
2021-12-21 11:24:21
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原创 【单细胞高级绘图】近期代码更新
绘图代码交流群已经成立半年多了，群里的氛围，还算是不错的。通常群里的提问我都会尽量回答；大家对代码有啥建议，我也会优化。针对高级绘图系列中，大家讨论得比较多的几个代码近期进行了更新。
2023-06-21 20:00:00
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原创 【TOP生物信息】基于Scanpy的单细胞数据质控、聚类、标注
「写在前面」Python作为一种高级编程语言，被广泛用于单细胞数据分析，有着以下的优势：「大量的生物信息学库：」 Python拥有大量的生物信息学库，如scikit-learn、scanpy[1]等，可以用于单细胞数据的预处理、聚类、可视化等。「可扩展性：」 Python的开放性和可扩展性使得它可以轻松集成其他的工具和库，例如Jupyter Notebook、PyTorch等，为单细胞研究提供了更多的分析工具和资源。
2023-06-18 18:00:00
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原创 【TOP生物信息】使用R包Symphony自动注释细胞类型
Symphony 最早发表于 2021 年 Nature Communications 杂志上的一篇文章，文章题目为"Efficient and precise single-cell reference atlas mapping with Symphony"。发表该文章的曾于 2019 年在 Nature Methods 杂志上发表单细胞数据整合算法Harmony。
2023-06-04 19:22:17
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原创 【TOP生物信息】使用Seurat包自带的方法进行单细胞类型注释
本次推文带来其中一种方法的演示，来自大家已经非常熟悉的Seurat包所自带的单细胞注释方法，该方法首次于2018年发表在Nature Biotechnology，题为《Integrating single-cell transcriptomic data across different conditions, technologies, and species》。
2023-05-28 20:00:00
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原创 【TOP生物信息】CNS图表复现，单细胞marker基因展示的另一种方式——蜂巢图
Sten Linnarsson大神的单细胞绘图堪称极致美学，在这里，小编选择了发表在nature上展示marker基因的绘图进行复现。
2023-05-21 14:30:46
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原创 【TOP生物信息】使用SingleR注释细胞类型
SingleR最早发表在2019年Nature Immunology杂志的一篇文章上，文章题目为"Reference-based analysis of lung single-cell sequencing reveals a transitional profibrotic macrophage"。截止至2023年3月10日，引用量已经达到了947。SingleR的基本原理是利用已知类型细胞的基因表达谱和单个细胞的基因表达谱的相关性进行细胞类型鉴定。
2023-05-13 20:05:41
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原创 答读者问(8)：如何批量查询marker基因(对应的蛋白)会不会在膜上表达？
做实验的朋友们对这个问题应该是很感兴趣的，因为涉及到后续能不能实验验证
2023-02-12 22:49:06
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原创 文献(8): 单细胞和空间分析揭示FAP+成纤维细胞和SPP1+巨噬细胞在结直肠癌中的相互作用
结直肠癌 (CRC) 是第三大最常见的恶性肿瘤（仅次于肺癌和乳腺癌），每年在全世界造成约 800,000 人死亡
2023-02-07 17:58:59
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原创 推荐几个细胞注释网站
细胞注释是单细胞分析中很关键的环节，初期会比较痛苦，做多了才会悟出一些规律。我公众号早期写过几篇细胞注释相关的帖子：单细胞分析实录(7): 差异表达分析/细胞类型注释SingleR如何使用自定义的参考集除了写代码，我其实也用过三个不错的网站去辅助单细胞数据的注释，自己用了很长时间，觉得确实不错，所以想推荐给大家。不包含CellMarker，主要是我个人觉得它不好用，经常输入一个marker，会出来好几种细胞类型，让人很难选择（也可能是我的用错了？）。比如我输入一个CPA3，它会显示：如果不
2022-11-09 13:00:20
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原创 【单细胞高级绘图】10.KEGG富集结果的圆圈图
本次教程的figure仍然是读者求助的图，算得上是kegg富集图的新流派。据我的调查，该图应该是基迪奥云平台首创(https://www.omicshare.com/tools/Home/Soft/enrich_circle)，之后公众号小白鱼的生统笔记进行了复现(仿一个网图，使用circlize包绘制圈图可视化基因集富集分析结果)。最开始也是跟着上述的帖子学习，之后自己对代码进行了改写，重新安排图形的布局，使之（在我看来）更有意义。另一个改动是增加了kegg pathway的注释信息，我在之前的帖子中
2022-09-12 17:12:09
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原创 【单细胞高级绘图】08.细胞通讯_两组比较_气泡图
细胞通讯分析，我很早之前就写过，当时详细介绍了CellPhoneDB的原理、实操、可视化。单细胞分析实录(18): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (上篇)单细胞分析实录(19): 基于CellPhoneDB的细胞通讯分析及可视化 (下篇)今天说的这个问题还是很常见的：「在进行细胞通讯分析之后，如何比较两组的受配体对的差异？」 如果你的数据包含两个以上的组别，大概率是要做这个事情的。CellPhoneDB这个软件很简单(这也是用得多的原因)，在几组数据分别运行之后，是不能直接比较的
2022-08-30 20:28:13
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原创 【空间转录组】MIA分析
之前讲过一篇空间转录组的文献，里面首次提出了Multimodal intersection analysis(MIA)的空间转录组分析思路。讲解视频在B站MIA分析可以用来评估空间上某个region或者cluster中富集的细胞类型。需要单细胞和空间转录组两种组学数据，数据最好配对。MIA原理上图是示例图，一个region是否富含某一种细胞类型，看的是一个region高表达的基因和一个celltype高表达的基因是不是有足够多的重叠。原理不算难，跟常规的「差异基因」做「富集分析」原理是一样的，详细
2022-08-12 22:41:53
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原创 【单细胞高级绘图】07.KEGG富集结果展示
这一节画的图是比较新的，图中我用红色箭头标出的是pathway一级注释信息(big annotation，自己想的，非专有名词)，纵轴花花绿绿的标注是pathway的二级注释(small annotation)。「如何获取注释」算一个难点，我上一讲也已经讲过：KEGG通路的从属/注释信息如何获取。整个图反映的是有多少基因落到了对应的分类里面。「辩证地看」，整张图都是pathway注释，没有具体的pathway名称，跟平常做的富集分析很不一样。把图里面的二级注释换成具体的pathway会更好。另外，这个.
2022-07-25 19:11:21
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原创 KEGG通路的从属/注释信息如何获取
❝富集分析经常做，之前只知道GO term有从上到下的层次关系，今天才知道KEGG pathway也有类似的分层关系。❞起因是我准备更新一下自己的kegg富集结果展示图，之前一直画的这种图，略显朴素了。正好搜到了这张图，还挺好看的（主要是配色很清新）https://doi.org/10.1016/j.phymed.2021.153714这张图并不难（等有空把代码整理出来发给大家），可是这个「kegg pathway annotation」我真没见过呀！去官网看了看，能找到，但没法下载http
2022-07-25 19:09:56
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原创 答读者问(7)：关于doublet
之前在公粽号发布了几个问题，接下来我会依次给出我的想法，仅供参考。有不同意见的话，欢迎给我发邮件讨论：[email protected]问题❝怎么去doublet？挑选出某一大类做小类降维聚类的时候，有人仍然会检查一下各种大类marker的表达情况，这一步是否有必要？❞1最有效的方法还是从上游入手，控制细胞数以及优化测序之前的流程。2不过分析数据的人只能从分析的角度来看了。一般我会「先用软件预测」，可以参考我之前写的一篇帖子：单细胞分析实录(4): doublet检测。这里引
2022-07-08 21:31:53
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原创 【空间&单细胞组学】第2期：联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态，并完善了CMS分型
这次的文献分享，dy讲解的文献标题为：联合单细胞和bulk转录组鉴定了结直肠癌中两种上皮肿瘤细胞状态，并完善了CMS分型。(Single-cell and bulk transcriptome sequencing identifies two epithelial tumor cell states and refines the consensus molecular classification of colorectal cancer)我读第2遍的时候，才有点懂这篇文章的创新点，其实就是构思了.
2022-07-08 21:30:46
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原创 【空间&单细胞组学】第2期：乳腺癌患者经anti-PD1治疗后，肿瘤内变化的单细胞图谱
这周的文献分享，jw给大家讲解了一篇和治疗相关的单细胞文献，内容为：乳腺癌患者经过anti-PD1治疗后，肿瘤内变化的单细胞图谱。视频已同步到B站：讲解很细致，大家可以移步B站学习。下文结合jw的讲解和原文内容，简单介绍一下背景前期相关研究已经表明，乳腺癌患者接受免疫治疗后，整体上可以得到一定缓解和延长生存。尽管如此，还是有一部分人没有响应。是否有一些潜在机制或者标志物可以预测治疗响应，显得十分重要，这也是这篇文章的目的。PD1、PD-L1、淋巴细胞浸润、TMB等等这些都是已知的标志物，此外.
2022-07-08 21:30:11
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原创 【空间&单细胞组学】第1期：单细胞结合空间转录组研究PDAC肿瘤微环境
❝6.19那天我在公粽号发布了创建「空间&单细胞组学文献学习小组」的帖子，同时出了几个思考题。因为人数有所控制，最终的小组成员只确定了9位，还有十多位联系我的朋友，没有赶上这次的班车，向你们「表示歉意」。以后如果有其他小组，我会再通知大家。学习小组的教程、视频等等以后都会在「公粽号发布」，大家可以关注一下。❞上周日，小组进行了第1期分享，由TOP菌和Jeffery主讲，分别介绍了：2020年单细胞结合空间转录组研究PDAC肿瘤微环境的论文science最新发表的单细胞空间代谢组学技术本篇
2022-06-28 11:48:39
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原创 【代码更新】01.marker展示_聚类和热图组合
之前写了4篇单细胞绘图的进阶代码，反响还不错，每篇都有三四五百人领取代码：01.marker展示_聚类和热图组合02.marker展示_堆叠小提琴图03.两组比较_差异基因数目展示04.两组比较_差异基因展示有一两位读者跟我提了一些小建议（在此表示感谢），比如：代码01加上基因名称（原来没有基因名，因为我设想用AI加会更方便）代码02调整出图的方向（原来为了得到横向的图，需要在pdf阅读器中手动旋转90度）这是代码01更新后的图，还是用的ggplot2及其拓展包打造，没有用pheatm
2022-05-30 11:14:48
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原创 05.两组比较_基因集分数添加显著性
今天的图较简单，在展示基因表达以及基因集分数时，较为常见。图中横轴表示细胞类型，并且根据不同组别分开；纵轴表示通路打分。类似的图，之前出过视频教程，样式比上图更多变。B站收藏量也挺高，破千了：跟着Cell Research学单细胞分析：箱型图、小提琴图、误差棒，总有一款适合你获取代码这个系列都会采取限时公开的方式共享代码，24小时内是免费的。超过这个时间如何获取，后台回复2022A可知（可能需要你动动小手转发一下）。代码是从count开始的，即使完全不懂单细胞，也能把图画出来，比较友好，希望对大.
2022-05-30 11:14:15
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原创 04.两组比较_差异基因展示
上一节介绍了两组比较中如何展示差异基因数目，这一节的内容更进了一步，我造了一种图，可以用来表示具体的差异基因。想象一下你的单细胞数据同时包含对照组和实验组，在做完前期的基础分析之后，得到了A B C D等共享的亚群，现在你想知道在A亚群中，实验组和对照组比较有哪些差异基因。类似的场景也可以是你的数据有多个肿瘤患者，每个病人都有配对的原发灶、转移灶，现在想每个病人单独看看原发、转移的差异基因。怎么想到这个图的说到差异基因，火山图大家一定都画过，但是如果有多个亚群、多个病人，那么多张火山图又显得冗.
2022-05-05 10:58:14
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原创 03.两组比较_差异基因数目展示
接下来两节会介绍两种比较新的图形，可能大多数做单细胞分析的小伙伴没有见过。今天讲的这种图形是用来展示差异基因数目的，比如你的单细胞数据同时包含对照组和实验组，在做完前期的基础分析之后，得到了A B C D等共享的亚群，现在你想知道在A亚群中，实验组和对照组比较有哪些差异基因，差异基因数目是多少。下面这种图就很适合用来展示差异基因数目：这张图是这么看的：左侧图是Arep组相对于Brep组高表达的基因，每一列是一个亚群，每一行是一个基因；基因又分为两个panel，下层panel是unique基因，即.
2022-05-05 10:53:01
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原创 02.marker展示_堆叠小提琴图
整理了一些旧代码，颜值还不错。我的公粽号有获取方式，除了提供代码，还会提供原始count数据，跟着代码一步一步运行，可以熟悉单细胞转录组基本分析的流程。我也会加入一些自己实际分析中的技巧，希望大家能喜欢这个系列。竖直方向的水平方向的这种图我用很多种方法都画过，目前所采用的代码最灵活...
2022-04-27 21:42:59
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原创 01.marker展示_聚类和热图组合
整理了一些旧代码，颜值还不错。我的公粽号有获取方式，除了提供代码，还会提供原始count数据，跟着代码一步一步运行，可以熟悉单细胞转录组基本分析的流程。我也会加入一些自己实际分析中的技巧，希望大家能喜欢这个系列。这张图分上中下三部分，最上面是各个细胞亚群的层次聚类关系，中间用点的大小来表示亚群细胞数量，最下面是marker基因的表达热图，后面抽空再修改一下，把一些重要基因的label标上去...
2022-04-27 21:40:04
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原创 文献(7): 在非小细胞肺癌中，浆细胞signature可用于PD-L1免疫治疗的响应预测
到今天为止，几乎所有的肿瘤类型都已经发表了对应的单细胞图谱。肿瘤单细胞转录组还有必要做吗？还能做出新意吗？今天分享的这篇文献给出了答案：和免疫治疗结合是不错的点。除了文献整体思路可借鉴程度高，在分析层面也有很值得参考的细节(比如找亚群特异基因、单细胞结合bulk转录组)，我会在下文重点标注。这篇文献最近发表于cancer cell上面，文献标题：Intratumoral plasma cells predict outcomes to PD-L1 blockade in non-small cell.
2022-03-18 19:24:56
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原创 Cerebro：一个好用的单细胞数据展示shiny工具
常见的单细胞转录组图形基本都包含，用起来也比较方便，很适合不擅长生信分析的人来做数据探索。对于做分析的人来讲，这样一个网页工具也降低了和非分析合作者的沟通成本。该工具2019年发表在Bioinformatics，文献标题"Cerebro: interactive visualization of scRNA-seq data".具体来讲，Cerebro的功能主要包括：交互式降维结果展示差异基因展示通路富集分析结果展示基因和基因集评分的展示拟时序分析结果展示，用的Monocle2导出图片.
2022-03-02 19:51:04
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原创 跟着Cell Research学单细胞分析：箱型图、小提琴图、误差棒，总有一款适合你
联系转录组特征和表型特征是非常常见的操作，这次的视频，我以文献中一个小图为例，讲解了在均值比较中常见的箱型图、小提琴图，以及几种变形。视频已经上传B站，这是链接：跟着Cell Research学单细胞分析：箱型图、小提琴图、误差棒，总有一款适合你_哔哩哔哩_bilibili视频中涉及到的知识点包括：分组箱型图/小提琴图/条形图/误差棒均值比较，p值计算，在图形中添加p值小提琴图组合箱型图小提琴图组合竖直线段添加阴影效果相关代码可以在我公粽号后台回复20220112获取1. 文献原图
2022-01-12 17:26:20
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原创 跟着Cell Research学单细胞分析：以小提琴图、热图为例
最终可以得到这样的图：跟风写个标题，原视频在B站，搜标题即可看到（UP主：TOP菌）。如果你对视频中的内容有不清楚/不认同的地方，欢迎在评论区留言讨论。涉及到的知识点包括且不限于：小提琴图，添加均值标记，拼图ggplot2绘制聚类热图，数据框长宽转换单细胞分析如何使用特定的基因聚类使用每个cluster的均值画热图，分组统计...
2021-12-29 16:17:23
1830
原创 单细胞转录组绘图视频教程
我在B站发布了“单细胞转录组绘图”系列视频教程，一共分了9集，共计57分钟，适合入门single cell和想进阶的小伙伴。1. 数据预处理and肿瘤样本去不去批次（这个图是没有去批次的）2. tsne或者umap降维图的一般画法3. 左下角的坐标轴怎么画其实是用线段代替了坐标轴4. 散点图加等高线加二维密度图nature那篇的绘图还有个大圆圈，最后把它俩组合起来就可以了，后期全靠AI5. 计算基因集分数_投影图6. 热图展示marker基因7. 气泡图展示marker基因
2021-11-15 14:12:09
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