单细胞数据缩放和PCA降维分析教学教程

单细胞数据缩放和PCA降维分析教学

OmicsTools下载简介

我开发了一款本地电脑无限使用的零代码生信数据分析作软图神器电脑软件OmicsTools，欢迎大家使用OmicsTools进行生物医学科研数据分析和作图，该软件件能让大家在不需要任何编程和代码编写的基础上，分析次数没有限制，可以无限使用，让您在自己的电脑上快速进行大量的生信分析和加速大家的科学研究。
在本地电脑无限使用无限分析作图的生信零代码一键分析电脑软件神器OmicsTools 软件在github上的zihaoxingstudy1/OmicsTools仓库 中，大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。
软件下载官方网址: https://github.com/zihaoxingstudy1/OmicsTools ，大家可以下载安装OmicsTools进行各种生信分析和可视化作图。

分析参数解释

nested_function:是否嵌套函数

run_file_path:使用多样本整合处理好的rds格式seurat对象

run_read_file:是否要读取文件

run_add__res__dir:是否要新建一个res_dir存储结果文件

run_add_save_file_prefix:是否要添加结果保存文件的前缀

提交

参数给定的默认值

nested_function: TRUE ;

run_file_path: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/3.intergration/scRNAseq_seurat_integrationed.rds

; run_read_file: FALSE ;

run_add__res__dir: FALSE ;

run_add_save_file_prefix: FALSE

运行窗口截图

运行中的显示信息

执行中，请稍后, 运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/3.intergration; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/3.intergration\scRNAseq_seurat_integrationed_last_final_run_res_log.csv

执行完成的显示信息

执行已完成,运行结果保存的目录位置为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/3.intergration; 分析结果日志保存的路径为: D:/omics_tools/demo_data/res_dir/renal_cancer/GSE159115/3.intergration\scRNAseq_seurat_integrationed_last_final_run_res_log.csv

运行结果展示

结果文件内容

选择合适的维度数

每个主成分的特征基因

PCA降维聚类展示

详细的视频教学教程讲解和运行参数及结果解读见下方的b站教学视频：

https://www.bilibili.com/video/BV1RZ421i77i/