1、简介
Loupe Browser是⼀款10xGenomics开发的交互式桌⾯应⽤程序，⽤于探索10x单细胞数据,可以用来找出感兴趣的细胞、找出显著差异表达的基因、鉴定细胞类型、探索细胞亚类和数据共享。缺点是Loupe Browser不支持进阶分析，需要更多个性化分析的零代码操作可参考：一文学会零代码单细胞分析
软件下载地址：https://www.10xgenomics.com/software
2、使用演示
2.1 导入数据
自行分析时导入的是cloupe.cloupe文件，这里用自带的AML数据(所以别问我要测试数据啦)进行演示：
进入软件分析后，界面主要由5个面板组成：
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左边可以选择不同的聚类方法
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上方split view可以进行拆分
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上方Projection type可以选择t-SNE或者UMAP
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上方右边分别是拖动模式（手形）、套索工具和笔刷都是用于选取细胞，橡皮是擦除选错的细胞
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右上方的导出可以导出图片
2.2 差异分析
这个数据由AML、Normal1、Normal2组成，现根据样本ID进行差异分析。
点击Run differential ecpression:
出现的3个选项：
a.To entire dataset:
为全选模式，即使只选择了3个样本中的2个，也会默认分析3个(所有)样本。
b.Between selected cluster(s) themselves：
局部模式，分析选中的样本。
c.Across multiple samples：
在不同样本之间对同一个分组进行这个样本间的一个差异比较，必须多样本才能使用。
分析结果如下，可以点击export进行导出，导出时可选择基因数量：
2.3 选择目的基因的两种方式（细胞注释）
a. 利用Features进行选择目的基因
例如搜索MS4A1
保存的时候可以对选出的细胞和分组进行命名：
在Clusters中得到了一个新的分组celltype：
对于一些错误的细胞（蓝框），可以用橡皮擦进行去除：
b. 直接导入基因表格
需要提前准备好基因列表，内容格式如下（.csv）：
从Features-Create a new feature list上传基因列表：
上传后：
2.4 重新聚类
a.先在Clusters选中想要重新聚类的组别，例如这里选择Patient，再点击Reanalyze
b．会跳出新的分析页面，右边显示的是总的、剔除的和选中的细胞数，点击Next
c．UMI阈值设置，根据样本自行调整，点击Next
d.基因表达阈值设置，点击Next
e.设置线粒体UMI，选择参考基因是根据样本种类，人源或鼠源的则选择对应的，点击Next：
f.可以选择降维方式，t-SNE和UMAP，命名后点击Recluster，注意：PCA、t-SNE、UMAP的参数值可以在蓝色字体的Adjust reanalyze parameters (for advanced users)下去调整。
g.得到重新聚类的结果后即可以对其进行差异基因分析和细胞注释等
认真学完下面的内容，3~10分的SCI理应是囊中之物(当然也不要真的去水文章)
单细胞系列教程目录
单细胞数据分析系列教程：
B站视频，先看一遍视频再去看推送操作，建议至少看三遍：
https://www.bilibili.com/video/BV1S44y1b76Z/
本公众号单细胞相关资料都可以在这里订阅：
单细胞测序基础数据分析保姆级教程，代码部分整理在往期推送之中：
手把手教你做单细胞测序数据分析|5.细胞类型注释，从入门到入土
单细胞图片改造计划：
SCENIC转录因子分析：
SCENIC单细胞转录因子预测|5.step1+step2构建共表达网络与regulon
SCENIC单细胞转录因子预测|6.Step3 利用AUCell对Regulon评分
SCENIC单细胞转录因子预测|7.Step4 二元矩阵的计算与可视化
SCENIC单细胞转录因子预测|8.Step5 regulon聚类、分群、降维
上游fastq文件处理：
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：cellranger
单细胞分析的最上游——处理Fastq文件：dropseqRunner
Cellranger报错：Unable to distinguish between [SC5P-R2, SC3Pv2] ...
细胞通讯
B站连续播放起来比较方便：
https://www.bilibili.com/video/BV1Ab4y1W7qx?p=1
往期推送
拟时序分析
B站连续播放起来比较方便：
https://www.bilibili.com/video/BV1br4y1x7Hf?p=1
往期推送
单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》5.初识monocle3
单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》6.monocle3的降维、分群、聚类
单细胞测序数据进阶分析—《拟时序分析》7.monocle3的拟时序分析
scFAST系列
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给你安排一个懂生信的工具人（十）：不学编程 零代码完成单细胞测序数据分析：Loupe Browser
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