基因组组装hifiasm（三代 PacBio Hifi）-step2

Xsisikk

已于 2024-01-20 16:18:01 修改

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分类专栏：基因组组装文章标签： linux 服务器

于 2023-03-29 17:21:02 首次发布

本文链接：https://blog.csdn.net/weixin_58269397/article/details/129841157

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文章讲述了基于K-mer分析的杂合率判断，当杂合率等于或大于0.6%时进行分型。使用hifiasm工具处理数据，生成未分型和部分分型的contig文件，分别通过awk命令从gfa格式文件中提取contig信息，形成haplotype1和haplotype2的序列数据。

摘要由CSDN通过智能技术生成

根据K-mer分析

杂合率＜0.6%，不需要分型

杂合率＞或=0.6%，需要分型

A 得到未分型的数据

/media/aa/DATA/JJH/software/hifiasm/hifiasm --primary -o assembly -t 10 /media/aa/DATA/SZQ2/bj/my/genome/5.1210/01cleandata/m64164_221227_152233.hifi_reads.bam.fasta.gz 2> assembly.log

提取contig

awk '/^S/{print ">"$2;print $3}' /media/aa/DATA/SZQ2/bj/my/genome/5.1210/02hifiasm_primary/assembly.p_ctg.gfa > assembly.p_ctg.fa

B 得到分型的数据

/media/aa/DATA/JJH/software/hifiasm/hifiasm -o assembly -t 10 /media/aa/DATA/SZQ2/bj/my/genome/5.1210/01cleandata/m64164_221227_152233.hifi_reads.bam.fasta.gz 2> assembly.log

得到

prefix.bp.hap1.p_ctg.gfa: haplotype1的部分分型的contig graph
prefix.bp.hap2.p_ctg.gfa: haplotype2的部分分型的contig graph

提取contig

# hap1
$ awk '/^S/{print ">"$2;print $3}' /media/aa/DATA/SZQ2/bj/my/genome/5.1210/02hifiasm/assembly.bp.hap1.p_ctg.gfa > assembly.hap1.p_ctg.fa
# hap1
$ awk '/^S/{print ">"$2;print $3}' /media/aa/DATA/SZQ2/bj/my/genome/5.1210/02hifiasm/assembly.bp.hap2.p_ctg.gfa > assembly.hap2.p_ctg.fa