你想要的宏基因组-微生物组知识全在这(2025.3)

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宏基因组是当今世界科研最热门的研究领域之一，为加强微生物组、生物信息学、生物技术等前沿交流学科技术和成果的交流传播，推动全球华人微生物组领域发展，中国青年科研人员自2017年创立“宏基因组”公众号，联合海内外华人同行共同打造本领域技术及思想交流平台。

公众号每日推送，分享宏基因组领域最新成果、科研思路、实验和分析技术，目前分享3500+篇原创文章，17万+小伙伴在这里一起交流学习，累计阅读超6000万+。

公众号合作创办了宏基因组学、微生物组和生物信息高起点新刊“iMeta” ，由威立和华人科学家合作出版的开放获取期刊，主编由中科院微生物所刘双江研究员和荷兰格罗宁根大学傅静远教授共同担任。目标是发表前5%(IF>20)的高影响力论文，2024年影响因子23.8，位列微生物学科全球第二、研究类第一(iMeta创刊宣传片)。“iMetaOmics” 主编由中科院北生院赵方庆研究员和香港中文大学于君教授共同担任。目标是发表前20%(IF>10)的高影响力论文。此外还发起并完成了《微生物组实验手册》专著，由本领域352位同行参与编写的150余篇成果，免费开源且持续更新，详见125家单位联合完成《微生物组实验手册(Microbiome Protocol eBook)第1版》。

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• iMeta姊妹刊iMetaOmics电子版和印刷版ISSN申请获批

• iMeta姊妹刊iMetaOmics编委招募 (定位IF>10)

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• 121.个人电脑搭建微生物组分析平台(Win/Mac)

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• 212.样本量和测序深度的Alpha多样性稀释曲线

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• 222.Beta多样性限制性排序CPCoA/CCA/RDA/LDA

• 223.主成分分析PCA

• 231.菌群物种组成堆叠柱状图、弦图、词云

• 245.热图展示微生物组的物种和功能丰度或有无、距离矩阵

• 246.三元图的应用与绘图实战

• 251.全网最简单的网络图画法，小白福音包学包会

• 252.体现组间差异OTU模块的微生物网络图

• 341.基于高通量测序的微生物组研究技术简介

• 342.基于高通量技术的微生物组研究实验设计

• 343.微生物组研究写作的一般思路

• 西湖大学鞠峰组：环境宏病毒组学分析思路与常用工具

• 西湖大学鞠峰组：环境微生物的宏基因组学实例与新发现

• Windows10安装Linux子系统Ubuntu 20.04LTS，轻松使用生信软件，效率秒杀虚拟机

• 宏基因组领域杂志简介及最新影响因子

学术报告录播、PPT分享

• 齐碳 | 国产三代测序技术简介及市场应用（附视频）

• iMeta清华报告视频 | 刘永鑫-宏基因组数据分析和科学传播(1h)

• 75分钟入门微生物组数据分析和结果解读—刘永鑫(合肥，2021年6月23日)

• 青年生命科学论坛报告：扩增子和宏基因组数据分析与可视化流程—刘永鑫(北京210606)

• 宏基因组数据分析的机遇与挑战—刘永鑫(北京，2020年12月8日)

• 刘永鑫：20分钟讲解微生物组数据分析与可视化实战

• 南京袁军/文涛ISME：基于大数据整合准确预测土壤的枯萎病发生

• 北生院王金峰Gut：时序微生物组数据重现生物膜装配的动态过程 PPT+视频

• 西湖大学鞠峰：环境微生物宏基因组学(报告视频+PPT,11月23日)

• 2020年12月8日中科院刘永鑫报告：宏基因组数据分析的机遇与挑战

• 扩增子和宏基因组数据分析流程和可视化方案—刘永鑫(南京，2020年10月27日)

会议、专刊、招聘

培训会议

• 1月10-12日，单菌基因组组装、注释、遗传表征、分子分型、系统进化和传播溯源

• 2月19-21日，Xplorer Symposia摘要征集｜微生物组与化学、植物和医学的多学科交叉

• 2月21-23日，家系、肿瘤临床基因组/外显子组数据分析

• 3月21-23日，高级转录组分析和R语言数据可视化

• 3月28-30日，第二届全国基因组信息学大会

• 4月11-13日，微生物组-扩增子16S分析

• 5月11-13日，微生物组-宏基因组分析

专刊征稿

• Agronomy|3.9分JCR1区征稿/37天见刊-宏基因组解析农业微生物组专刊(刘永鑫/于鹏)

• 程旭/王蒙岑/袁梦婷/李建刚/熊武客座主编Frontiers根际微生物组专刊征稿(IF>6)

• JoVE微生物组专刊征稿，写方法拍视频教程发SCI

人才招聘

• 大鹏新区“鹏程计划”科技人才2024年度申报开启

• 香港大学公共卫生学院车有组招收全额奖学金博士生和研究助理

• 深圳基因组所刘永鑫组招聘博士后4名(3年100万+文章奖励+项目绩效)

• 深圳基因组所刘永鑫组诚聘科研助理(生物信息本科/微生物组相关硕士)

• 招聘｜ 深圳基因组所王鑫杰组诚聘博士后及2024年博士招生

• 深圳基因组所刘永鑫组诚聘副研究员

• 基因组所刘永鑫组招收客座研究生/海外联培博士(荷兰瓦大/澳州莫道克/比利时列日/爱尔兰都柏林)

• 基因组所食品科学中心贾耿介课题组诚聘博士后

• 生信人才，你的舞台——基因帮诚招英才！

• 南科大翟继先组招聘，博士生8万+，博后34万+

• 西奈山医学院房刚组招聘博后—宏基因组与表观基因组

• 林科院亚热带所袁志林组招聘博后—林木根际微生物

• 中山大学生科院骆观正教授课题组诚聘博士后及副研究员

广告合作

• 4 篇 NAR | 生物大数据时代，如何做好数据管理和再利用，发IF10+的数据库文章？

科研经验

• 导师：自己每天科研工作近10小时，都觉得不够。研究生们，每天科研工作不够5小时，拿什么去竞争？

• 用ChatGPT 帮我写段生物信息代码

• ChatGPT 给出的的代码不太完善，如何请他一步步改好？

• 代码看不懂？ChatGPT 帮你解释

• ChatGPT也有犯晕的时候

• 发表16篇Nature、14篇Science！这位顶尖学者告诉你论文十法

• PubMed插件：分区、影响因子和即时IF一目了然

• 我的博士之路（壮根美颜-康亚龙）：五年读博路，苦熬曙光明

• Nature ：读博之前应该知道的二十件事情

• 研究生如何走出“迷茫”？

• Science：“每周工作进展汇报”在博士培养中的作用

• 学术界职称与凡人修仙传等级对应关系

• 论文返修与校对的经验教训

• 如何制作高质量的图文摘要（Graphical Abstract）

• 谷歌学术上网和查文献、引用、作者和领域分析指南

• 研究生新生进入实验室后，如何成长？5点建议分享

• 张启发院士的肺腑之言，值得每一位硕士/博士细细品读！

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软件流程

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• Graphpad绘图初学 生物统计绘图进阶

• TBtools - 超过一万人在使用的生信小工具

• BIOM：生物观测矩阵——微生物组数据通用数据格式

• STAMP——微生物组间差异统计分析 简明教程 中文帮助文档

• FUNGuild：真菌功能注释

• 在线RaxML构建系统发育树

• MetaboAnalyst 4.0，代谢组学研究利器的升级

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• RepeatMasker：基因组重复序列注释

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• 一个细菌基因组完整分析脚本

• 结构方程模型（SEM）的理论和基本实现过程

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软件基础必学系列

• Linux命令screen—终端切换，工作环境保存，画面同步，防断网

• 玩转花式截图、录屏——FastStoneCapture使用指南

• Nature Method：Bioconda解决生物软件安装的烦恼

• Conda软件安装：虚拟环境、软件通道、加速solving、跨服务器迁移

• 软件安装不上，可能是网速慢！Conda/R/pip/brew等国内镜像大全

• 数据的质量控制软件——fastQC

• 整合QC质控结果的利器——MultiQC

• 极速的FASTQ文件质控+过滤+校正fastp

在线软件

• 越来越多杂志用webp存储图像，这个工具可以在线转成PNG

• 图片质量低怎么办？这个网站很不错！

• 推荐一个可能是最全的Venn图一站式绘制工具

• 高颜值免费在线SCI绘图工具增加上传功能

• 国家微生物科学数据中心推出免费一站式生物信息分析云平台

• 在线差异基因分析 (支持自动和指定批次校正)

• 微生物组数据库: 一站式环境基因组学数据云平台更新啦！

AI系列视频教程

• 1论文矢量图文字、线编辑

• 2论文图形编辑和排版

• 3排版后图形导出这样的Tiff/PNG

• 4显示网格移除剪切蒙版和背景

• 6直接选择工具删除白板

• 7魔棒工具批量操作

• 8几个快捷键

• 9图的放置和微调

• 10设置字体和微调

• 11调整对象大小

• 12批量变换同时选中的单个对象

• 13选中所有点

扩增子分析

• 价值130欧元的《微生物组分析Microbiome Analysis》2018版电子书

• 价值1143元的《R语言统计分析微生物组数据》系列图书

• 再读《数量生态学：R语言应用》

• 微生物组领域近十年最重要的8个软件或算法

扩增子教程

• 扩增子16S分析专题研讨论会——背景介绍

• 扩增子图表解读-理解文章思路

• 扩增子分析流程-把握分析细节

• 扩增子统计绘图-冲击高分文章

• 16S功能预测 0概述   1KO通路PICRUSt  2元素循环FAPROTAX  3表型bugbase 4KO通路Tax4Fun Tax4Fun2

• PICRUSt2：OTU/ASV等16S序列随意预测宏基因组，参考数据库增大10倍 NBT文章解读 软件使用 Bioinformatics | 凯斯西储大学张亮亮组发布PICRUSt2预测功能的分析和可视化R包ggpicrust2

• CHM：FishTaco将样本功能同对应的微生物联系起来，得到功能改变的驱动因子

• 水稻微生物组时间序列分析 1模式图与PCoA  2a相关分析 2b散点图拟合 3冲击图 4随机森林回归

• Nature Method：Rob Knight团队开发Striped UniFrac算法分析微生物组大数据

QIIME2教程(2023.7)

• NBT：QIIME 2可重复、交互式的微生物组分析平台

• 1简介和安装Introduction&Install

• 2插件工作流程概述Workflow

• 3老司机上路指南Experienced

• Genome Biology：人体各部位微生物组时间序列分析

• 4人体各部位微生物组分析Moving Pictures

• 5粪菌移植分析练习FMT

• Microbiome：粪菌移植改善自闭症

• 6沙漠土壤分析Atacama soil

• mSystems：干旱对土壤微生物组的影响

• 7帕金森小鼠教程Parkinson’s Mouse

• Cell：肠道菌群促进帕金森发生ParkinsonDisease

• 8差异丰度分析gneiss

• 9数据导入Importing data

• 10数据导出Exporting data

• 11元数据Metadata

• 12数据筛选Filtering data

• 13训练特征分类器Training feature classifiers

• 14数据评估和质控Evaluating and controlling

• 15样品分类和回归q2-sample-classifier

• 16纵向和成对样本比较q2-longitudinal

• 17鉴定和过滤嵌合体序列q2-vsearch

• 18序列双端合并read-joining

• 19使用q2-vsearch聚类OTUs

• 20实用程序Utilities

• 21进化树推断q2-phylogeny

• 22命令行界面q2cli

• 23图形界面q2studio

• 24Python命令行模式Artifact API

• 25可用和开发中插件AvailableFuturePlugins

• 26开发新插件DevelopingPlugin

• 27语义类型Semantic

• 28社区Community

• 29参考数据库DataResources

• 30补充资源SupplementaryResources

• 31名词Glossary

• 32如何写方法和引用Citing

易生信-扩增子教程

• 01-背景介绍

• 02-真菌引物选择

Webserver在线分析平台

• 这个Venn 网络很漂亮！3分钟带你绘制！

• NAR | 胡圣伟/倪伟/陈同-动物宏微生物组组成与功能综合数据库CRAMdb发布

• 微生物组网页工具MicrobiomeAnalyst  NAR原文  Nature子刊实验室指南 实操教程 NAR|MicrobiomeAnalyst 2

• NAR：港城大孙燕妮组开发宏基因组中识别质粒的工具

• NAR：gcMeta——全球微生物组数据存储和标准化分析平台

• NAR：rrnDB-16S拷贝数校正数据库

• METAGENassist帮你搞定宏基因组分析的图形需求

• SILVAngs:16S/18S在线分析1  2

• 微生物组数据库（http://egcloud.cib.cn）正式上线

• MetaCoMET——核心微生物组分析在线工具

相关软件和数据库教程

• 扩增子分析神器USEARCH 简介 v11新功能 v11命令大全 OTU表抽平otutab_rare 核心OTU鉴定otutab_core

• 制作RDP数据库的USEARCH版本用于扩增子物种注释

• 扩增子分析神器VSEARCH 分析流程 2.8.1中文帮助文档

• Nature Methods：快速准确的微生物来源追溯工具FEAST Phyloseq格式使用实战 原版代码实战

• SourceTracker—微生物来源分析

• LEfSe分析简介
  简化美化LEfSe分析结果图 LEFSe优化结果和配色版 视频教程

• DADA2中文教程v1.8

• 微生物扩增子数据库大全

• NAR：UNITE真菌鉴定ITS数据库

• MER： 基于ITS区域marker扩增真菌群落的准确性

• MIMOSA2： 基于微生物组和代谢组数据的整合分析

• 方差分解分析 (VPA)：定量不同环境因子对群落变化的解释比例

• FungalTraits: 超越FUNGuild的最新真菌表型数据库

• NBT | Rob Knight等发布Greengenes2实现扩增子和宏基因组结果一致

宏基因组分析

• 微生物组常用数据库国内备份站

高分文章和图书推荐

• 一文读懂宏基因组分析套路

• Springer发表第二版“宏基因组学”研究最新指导书

• Nature综述：2万字带你系统入门鸟枪法宏基因组实验和分析

• 1综述、MetaPhlAn2、Kraken、MetaMaps、HUMAnN2、MEGAHIT、MetaWRAP和宏表观组

• 2综述、metaSPAdes、IDBA-UD、MetaQuast、Prokka、metaProdigal

• 3宏基因组定量、功能注释和高级分析代码

软件评测和简介

• Cell：20种宏基因组学物种分类工具大比拼‘

• Nature子刊：刘洋彧、Rob Knight等评测不同宏基因组物种定量方法及其对结果的影响

• NBT：主流高通量测序仪在人/细菌/宏基因组测序评测结果发布，华大智造表现优异

• mSystems：鸟枪法宏基因组测序之外我们还能做什么

• 青岛能源所提出微生物组相似度新算法DMS

• 方法革新：8个宏基因组分析新工具

• MIntO：一个模块化的微生物宏基因组和宏转录组整合分析工具

教程系列

• 2016加拿大宏基因组分析教程

• 1简介-定义、方法和数据库

• 2扩增子-微生物群落多样性

• 3PICRUSt功能预测

• 4宏基因组物种组成和分箱

• 5宏基因组功能数据库与通路

• 6宏转录组流程和功能 BBI：Eran Elinav组综述在微生物组研究中使用宏转录组

• 7挖掘微生物组生物标记

• 4500元的微生物组培训资料

• 微生物组助手——最易学的扩增子、宏基因组分析流程

• GigaScience：ASaiM基于Galaxy微生物组分析框架

• 斯坦福大学统计系教授带你玩转微生物组分析

• 30余款宏基因组分析软件经验总结上 中 下

• 微生物组学数据分析工具综述 | 16S+宏基因组＋宏病毒组＋宏转录组

• Nature Protocols：整合宏基因组、代谢组和表型分析的的计算框架

有参分析Read-based

• MetaPhlAn2基于多标记基因的宏基因组物种组成定量 文章解读 软件使用

• HUMAnN2基于UniRef数据库的功能定量 1文章解读 2软件教程 3有参分析流程

• Kraken：使用精确比对的超快速宏基因组序列分类软件

• 宏基因组序列物种分类之kraken 1/2和Bracken的使用

• Kraken2：宏基因组快速物种注释神器

• 宏基因组注释和可视化神器MEGAN入门

无参Assembly-based

• 1背景知识-Shell入门与本地blast实战

• 2数据质控fastqc, Trimmomatic, MultiQC, khmer

• 3组装拼接MEGAHIT(多快好省)和评估quast

• MEGAHIT：通过简洁的de Bruijn图为超大型复杂宏基因组拼接的超快速单节点解决方案

• metaSPAdes：新型多功能宏基因组拼接工具

• IDBA-UD：组装非均匀覆盖度的宏基因组和单细胞数据

• MetaQuast：评估宏基因组拼接

• 4基因注释Prokka Prokka：快速原核基因组、宏基因组基因注释 Prodigal：原核基因识别和翻译起始位点鉴定  metaProdigal：宏基因组序列中的基因和翻译起始位点预测

• 5基于Kmer比较数据集sourmash

• 6不比对快速估计基因丰度Salmon Salmon不比对快速宏基因组基因定量

• 7bwa序列比对, samtools查看, bedtools丰度统计

• 8分箱宏基因组binning, MaxBin, MetaBin, VizBin

• 9组装assembly和分箱bin结果可视化—Anvi’o

• 10绘制圈图-Circos安装与使用

物种/功能注释数据库

• NAR：查询未培养病毒基因组的综合生态和进化框架IMG/VR v3

• NAR | IMG/VR v4：在广泛的功能、分类学和生态学元数据框架内的未培养病毒基因组扩展数据库

• Briefings in Bioinformatics：微生物基因组学和功能基因组学相关软件和数据库的研究进展

• Bioinformatics | 港城大孙燕妮组开发新型RNA病毒的序列检测工具VirBot

• WebMGA：超快的基因组序列聚类注释在线工具

物种注释

• TaxonKit：小巧、高效、实用的NCBI分类学数据命令行工具 JGG | TaxonKit：一款实用又高效的NCBI分类学数据工具包

eggNOG

• EggNOG功能注释数据库在线和本地使用 eggNOG 5数据库介绍

KEGG

• 他开发了基因界的百科全书，贡献却少有人知

• KEGG在线数据库使用攻略

• KEGG功能注释工具 KofamKOALA 安装与使用

• kofamscan：基于HMM模型注释KEGG通路

CAZy糖代谢

• NAR-2018-dbCAN2鉴定宏基因组CAZYome碳水化合物相关基因

CARD抗生素抗性/耐药基因

• Microbiome：城市海滩和污水中抗生素抗性组研究

antiSMASH

• NAR | antiSMASH 7.0：新的和改进的检测、调节、化学结构和可视化预测

• antiSMASH：微生物次生代谢物基因簇预测  

• NAR：antiSMASH数据库2—次级代谢物基因簇预测

• 抗生素抗性基因研究进展PPT分享

• 列举一些分析次级代谢物基因簇相关的数据库

• ARGfams: 一种适用于环境样本抗生素抗性基因快速注释与新基因发现的工具与数据库资源

分箱/MAG专题

• Nature子刊：宏基因组中挖掘原核基因组的分析流程

• Microbiome：宏基因组分箱流程MetaWRAP 简介 安装和数据库部署  实战和结果解读

• NBT：宏基因组”读云”10X建库+雅典娜算法组装获得微生物高质量基因组

• DAS工具: 利用去重、聚合和评分的策略从宏基因组中恢复基因组

• 一文读懂宏基因组binning

• GTDB：基因组分类数据库，物种注释和进化树构建工具GTDB-tk

• CheckM——细菌基因组/MAG完整性和污染率评估

• MaxBin2——高效的分箱工具

统计分析及可视化

• Krona绘制物种或功能组成圈图

• microbiomeViz：绘制lefse结果中Cladogram

• Nmeth：DEMIC——使用宏基因组数据预测细菌的生长速率

• curatedMD包挖掘宏基因组公共数据库

微生物基因组

• 一文搞定细菌基因组De Novo测序分析

• EZBioCloud：16S和原核基因组物种注释和新种鉴定

• drep：微生物基因组快速去冗余-文章解读+帮助文档+实战

• 微生物分类学研究利器：模式微生物基因组数据库

• Nature子刊：细菌和古菌从域到种的完整分类

• NAR：中科院微生物所发布全球模式微生物基因组测序计划进展

• NC：中科院微生物所陈义华组发现新颖的聚酮类化合物起始机制

• 微课堂：MUMmer——国家微生物科学数据中心云工具

• 中科院微生物所蔡磊课题组成功组装迄今最大的染色体水平真菌基因组

研究热点

基因组集

最新文章

• NM: 人的肠道古细菌基因组集

• NBT：涵盖20多万个基因组的人体肠道微生物参考基因组集

• NBT：5万个基因组和1.2万个新种的地球微生物基因组集

• NBT：牛瘤胃微生物组的4941个宏基因组组装基因组(MAG)

高分和功能挖掘

• Nature2019：人类肠道菌群的新蓝图

• Cell2019：15万人体微生物基因组！超大规模宏基因组研究揭示数千计人体微生物新物种

• Cell2019：Tara2.0基因表达的改变和群落的更替塑造了全球海洋宏转录组

• Cell子刊2019：人类微生物组参考基因集中的单体基因

培养组

• NC | 华大发布大规模人类肠道可培养细菌基因组图谱

• NBT：人类肠道培养细菌的1520个基因组

• NG：微生物如何适应植物的？ 细菌基因组适应植物的特征

历史经典

• NC2018：全球柑橘根际微生物组的结构和功能

• PNAS2016：土壤氮循环微生物功能特征的全球生物地理学

• NBT2014：人类微生物组千万基因的参考基因集

• Nature2010：基于宏基因组测序构建人类肠道微生物组参考基因集

三代测序专题

• Nat. Methods | 哈佛李恒组开发三代HiFi宏基因组组装软件—hifiasm-meta

• Nanopore R10.4.1全长 16s rRNA测序研究

• AS：中科院微生物所王军课题组建立靶向RNA的病原检测新方法mtNGS和mtTGS

• Nature 子刊：三代测序的DNA提取和宏基因组学分析

• NanoPlot：三代纳米孔测序数据质量评估

• NBT：宏基因组二、三代混合组装软件OPERA-MS文章解读 软件使用

• Nature方法 | 三代长读长宏基因组组装软件metaFlye

• Nature子刊：三代Nonopore测序数据耐药性分析软件NanoOK RT

• Nature子刊：使用MinION快速分析早产儿肠道菌群谱并鉴定抗生素抗性致病菌

• Nature子刊：三代Nanopore测序检测细菌和菌群多种DNA甲基化类型的新方法

• NBT封面：纳米孔宏基因组6小时识别下呼吸道病原体

• 纳米孔测序揭示冻土冻融对土壤微生物群落变化的影响

• 2019新型冠状病毒Nanopore测序标准操作流程

• Medicine in Microecology：微生物所王军组发表Nanopore三代测序人类肠道病毒组的方法

• 纳米孔宏基因组测序高分文章精选

• 面对万亿级测序市场，纳米孔测序技术何去何从？

癌症微生物组

• Cancer Cell | 罗格斯大学揭示肿瘤微生物组与胰腺癌细胞程序和免疫之间的联系

病毒组

• GigaScience | 港城大孙燕妮组-新型RNA病毒的宿主预测工具

• NAR | 深圳先进院马迎飞组发布底盘噬菌体的高通量制备方法

• NAR：vRhyme - 对宏基因组中的病毒基因组进行分选的生信工具

• Nature子刊：加州大学伯克利分校Banfield组发现某些淡水湖泊中的大噬菌体或能加速好氧甲烷氧化

• PhiSpy：在细菌基因组中识别噬菌体

• DBSCAN-SWA：一行命令找到溶源噬菌体

• 热点：3个故事概览突飞猛进的肠道病毒组研究

• Nature：梁冠翔等发现肠道病毒组在新生儿体内分段寄生的模式

• Cell子刊：人体肠道病毒组高度多样、稳定且个体特异

• QB：基于深度学习的病毒序列识别

• 病毒组研究的挑战-相关的新兴技术

• SCLS：巴斯德所崔杰组揭示海洋无脊椎动物RNA病毒的遗传多样

• eBioMedicine | 崔杰团队应用单细胞转录组技术强调了人内源性逆转录病毒在胆囊癌中的潜在功能

• eBioMedicine | 北大人民医院王辉组开展大队列纳米孔测序快速鉴定下呼吸道感染病原临床研究

• Front Microbiol | 广东药科原丽红/水科院南海所姜敬哲-RNA病毒最新分类标准的讨论

多组学

• Nature微生物 | 多组学的标准化方法揭示地球微生物组中微生物及代谢物的多样性

• Nature子刊 | 申小涛等基于微量血样多组学数据的精准健康监测

绝对定量

• 细菌绝对定量的方法总结

• 微生物绝对定量研究知多少

Linux与Shell

• XShell-易用的ssh访问服务器终端使用教程

• seqkit：序列梳理神器-统计、格式转换、长度筛选、质量值转换、翻译、反向互补、抽样、去重、滑窗、拆分等30项全能

• Linux命令中21个不太好搜索其含义的特殊符号你都知道吗？

• htop | Linux进程管理工具使用教程

• Linux下为什么ls直接就可以运行，而你的程序要写./dir1/dir2/bin/bwa才可以

• 这个为生信学习打造的开源Linux教程真香！

• 生信人值得拥有的编程模板-Shell

• 生信人值得拥有的编程模板-Perl

• 手把手教你生信分析平台搭建

• Windows轻松实现linux shell环境：gitforwindows 专题教程：这个40M的小工具助你在windows下处理数据如虎添翼

• 开启win10内置Linux子程序

• Docker的基本使用-Ubuntu18.04

• linux 极简统计分析工具 datamash

• csvtk：表格处理神器-美化、统计、头表、合并、转置、筛选、取样、去冗余 、分列、分类汇总和简单绘图

• 文件批量重命名的技术，你值得拥有

• 耗时很长的程序忘加nohup就运行了怎么办？

• 推荐2个命令快速在本地和服务器之间上传下载文件

R统计绘图

• 这个神奇的网站r-graph-gallery提供各种图的代码供您参考！

R语言基础

• R语言中这些你想知道含义又不知道怎么查的特殊符号

• 利用conda管理R包

• 图之典—可视化图表的词典

• 编程模板-R语言脚本写作：最简单的统计与绘图，包安装、命令行参数解析、文件读取、表格和矢量图输出

• R语言统计入门课程推荐——生物科学中的数据分析Data Analysis for the Life Sciences

• 数据可视化基本套路总结

• R图转成Word、PPT、Excel、HTML、Latex、矢量图等

• 你知道R中的赋值符号箭头<-和等号=的区别吗？

• 使用dplyr进行数据操作30例

• 交集intersect、并集union、找不同setdiff

• R包reshape2，轻松实现长、宽数据表格转换

• R最快且比dplyr最高效的大数据处理R包：tidyfst

• 字符串处理stringr包在微生物生态的应用基础

• 1数据类型（向量、数组、矩阵、 列表和数据框）

• 2读写数据所需的主要函数、与外部环境交互

• 3数据筛选——提取对象的子集

• 4向量、矩阵的数学运算

• 5控制结构

• 6函数及作用域

• 7认识循环函数lapply和sapply

• 8分解数据框split和查看对象str

• 9模拟—随机数、抽样、线性模型

ggplot2绘图基础

• ggplot2高效实用指南 (可视化脚本、工具、套路、配色)

• 超详细的pheatmap热图绘制教程(5000余字)

• ggplot2地理信息可视化 上 下

• 1初识ggplot2绘制几何对象

• 2图层的使用—基础、加标签、注释

• 3工具箱—误差线、加权数、展示数据分布

• 4语法基础

• 5通过图层构建图像

• 6标度、轴和图例

• 7定位-分面和坐标系

• 8主题设置、存储导出

• 9绘图需要的数据整理技术

• ggThemeAssist：鼠标调整ggplot2主题，不用再记这些代码啦！

• 不需要懂得编程，但却可以使用ggplot2画出论文级别的图？esquisse

• ggplot版本的华夫饼图吧

R语言统计绘图

• 使用aPCoA包实现校正协变量的主坐标分析（aPCoA）以排除混杂协变量的影响

• MBE：ggtreeExtra-用图层叠加方法绘制环形进化树

• 浅析R语言单因素方差分析中的多重比较

• 简单使用DESeq2/EdgeR做差异分析

• 物种丰度排序堆积柱形图及处理间各物种差异分析

• ggplot2版聚类树+物种丰度堆叠图

• R语言：快速生成许多差异明显的颜色

• 50个ggplot2可视化案例

• R语言大会：宏基因组数据分析和可视化套路总结

• 28个实用绘图包，总有几个适合你

• R语言学习笔记之热图绘制

• 获取pheatmap热图聚类后和标准化后的结果

• 聚类热图怎么按自己的意愿调整分支的顺序

• R做线性回归

• 绘图相关系数矩阵corrplot

• 相关矩阵可视化ggcorrplot

• 绘制交互式图形recharts

• 交互式可视化CanvasXpress

• 聚类分析factoextra

• LDA分析、作图及添加置信-ggord

• 解决散点图样品标签重叠ggrepel

• 添加P值或显著性标记ggpubr

• R语言一键批量完成差异统计和可视化

• Alpha多样性稀释曲线rarefraction curve

• 堆叠柱状图各成分连线画法：突出组间变化

• 冲击图展示组间时间序列变化ggalluvial

• 桑基图riverplot

• 分类堆叠柱状图顺序排列及其添加合适条块标签

• 浅析R语言非参数检验的多组比较及分面与分组的图形艺术

• 微生物环境因子分析ggvegan

• R包vegan的Mantel tests探索群落物种组成是否与环境相关

• 五彩进化树与热图更配ggtree

• 多元回归树分析mvpart

• 随机森林randomForest 分类Classification 回归Regression

• 加权基因共表达网络分析WGCNA

• SPIEC-EASI的微生物网络构建示例

• circlize包绘制circos-plot

• R语言搭建炫酷的线上博客系统

• 使用ComplexHeatmap包绘制个性化热图

• R包circlize：柱状图用腻了？试试好看的弦状图

• Science组合图表解读：相关corrplot+环境因子连线

• gganimate绘制动图观察连续变化数据

• Pathview包：整合表达谱数据可视化KEGG通路

• ggcor：相关系数矩阵Science级组合图表

• ggridges包：时间动态波涛汹涌图

• gg.gap：ggplot阶截断坐标轴的优秀完美解决方案 gg.gap绘制截断图

• 地图 世界 中国 省份

• 手把手重现Science的主图Maptree

• 基于R的混合线性模型的实现

• 普鲁克分析（Procrustes Analysis）评估物种-环境/功能关联度的一个示例

• R语言绘制带聚类树的堆叠柱形图

• R语言完美重现STAMP结果图

• 微生物群落基于KEGG预测功能的丰度分布图绘制

• 频率分布图和散点图SOP

• 路径分析图

微生物组R包

• 微生物组统计和可视化——phyloseq入门

• R包animalcules-一键式交互探索微生物组数据 Microbiome：animalcules-交互式微生物组分析和可视化的R包

• FEMS：微生物群落生态学数据挖掘的R包microeco

• microbiomeMarker：整合多种biomarker分析工具的R包

• EasyMicroPlot: 一种快速进行微生物下游分析的整合R包

网络

• 网络方法的发展及最新iDIRECT方法介绍

• 周集中团队Nature子刊中网络图布局的R语言可视化复现

• Science：组合图表绘制

• MetagenoNets：在线宏基因组网络分析实操教程 NAR文章解读

• 使用网络图展示Venn图集合及Cytoscape操作视频

• 网络图在R中的实现-igraph

• Gephi轻松绘制超美网络图

• 微生物网络构建：MENA, LSA, SparCC和CoNet  

• SparCC的微生物网络构建示例

• Cytoscape: MCODE包实现网络模块化分析 GIANT包分析网络的Z、P-score 制作带bar和pie节点的网络图

• 一文学会基于R的静态和动态网络绘制

• 网络分析概述之网络基础简介

实验设计与技术

• 一文讲透植物内生菌研究怎么做

• 环境DNA高通量测序问题及解决SOP (Part 1: From sample to data)

• Cell Reports：去除宿主和胞外DNA以提高微生物基因组得率（痰液样本）

• 环境样品中病毒的富集与检测方法

• 微生物组取样和DNA提取建议

• 微生物常见20种培养基配方

• 微生物组学研究的那些”奇葩“动物模型

• 样品生物学重复数据选择 1必要性  2需要多少重复？ 样本量确定

• 样品命名 注意事项 实例

• NBT：扩增子及其他测序的最小信息标准和测序规范(MIMARKS)

• NBT：未培养病毒基因组的最少信息标准（MIUViG）

• 扩增子引物选择 16S结构 16S单V4区是最佳选择? 引物评估

• 海洋可培养微生物的鉴定与分类

• 怎么取粪便样品

• 根际土Rhizosphere/Rhizoplane如何取

• Microbiome: 室温存储样本方法比较

• NBT：高通量测序16S及18S rRNA全长

• Microbiome：16S扩增子测序研究中定量变异和生物量影响

• Microbiome：扩增子检测环境样本单细胞真核生物和寄生虫的新方法

• Rob Knight: PCR不需要做三个平行再混合！

• DNA提取方法对浮游生物群落研究结果的影响

基础知识

• 有声专栏-宏基因组专业词汇—001宏基因组

• Nature综述：Microbiota, metagenome, microbiome傻傻分不清

• Microbiome：微生物组名词定义

• 群落生态学的 α-、β-、γ-多样性

• 16S测序，不知道OTU你就out了！

• 扩增子分析还聚OTU就真OUT了

• 主流非聚类方法dada2,deblur和unoise3介绍与比较

• 排序方法比较大全PCA、PCoA、NMDS、CCA

• Adonis和ANOSIM方法组间整体差异评估原理

• PCoA距离算法大全

• 读懂PCA和PCoA

• 二代测序数据统计分析中为什么是负二项分布？

• 宏基因组基础知识梳理

• 功能基因多样性研究概述

• 扩增子SCI套路 1群落结构差异 2组间差异 3总结

• 环境因子关联分析—CCA还是RDA

• P值背后那些事儿

• 轻松看懂机器学习十大常用算法

• 一文读懂随机森林在微生态中的应用

• 你想知道的ROC曲线

• 相关分析：Spearman、Kendall和Pearson

• 学习全基因组测序数据分析 1测序技术 2fasta&fastq

• 一文读懂Nanopore测序技术的发展及应用

• 小麦的一生矢量图收藏贴-从种子的萌发到完熟

文献解读

*作者解读(由论文作者亲自讲述文章结果和背后的故事)。

国刊之光

• NSR | 全球气候变暖背景下微生物源碳储量的下降及其未来预测

• mLife | 清华郭雪等气候变暖重塑草地土壤微生物群落的季节动态变化

• Fundamental Research：根系分泌物通过调控土壤微生物影响碳周转的机理

• STTT | 蒋建东/曹雪涛/王琰-口服黄连素c通过肠道菌群改善帕金森症状

• SBIO | 西农韦革宏组-大豆土壤细菌门间负向互作影响群落的动态变化和功能

• GPB：GAPIT 3全基因组关联分析与预测软件最新版发布

• JIPB：白洋组综述根系微生物组群落构建及其对植物适应性的贡献

Nature

• Nature | 宿主代谢平衡微生物对胆汁酸信号的调节

• Nature | Tom J Battin组-冰川补给溪流中细菌微生物组的多样性和生物地理学

• Nature | 美国河流微生物基因组数据库（GROWdb）

• Nature：华大联合山大等揭示全球海洋微生物基因资源利用潜力，助力生物技术与生物医药发展

• Nature | 刘俊杰/白洋/陈春来合作发现Pro-CRISPR系统增强细菌免疫(免疫增效子)

• Nature: 一种基于宏基因组序列空间生成无参考的蛋白质家族的计算方法

• Nature | 耶鲁大学医学院Palm教授等通过宿主-微生物互作组揭示了广泛的跨界联系

• Nature｜肠道和口腔微生物组在人与人间传播的研究

• Nature | 全球海洋微生物组的生物合成潜力

• Nature | 朱轩/陈福和/袁国勇等证实冠状病毒利用宿主半胱天冬酶-6 促进复制

• Nature | 菌群社交：肠道微生物暴露了你的朋友圈？

• Nature | 奇病毒（Mirusviruses）将疱疹病毒与巨型病毒联系起来

• Nature：环境因素塑造了荷兰人的肠道微生物组

• Nature：肺部微生物组调节大脑自身免疫

• Nature | 江西农大黄路生/陈从英等揭示猪血型基因调控肠道菌群的机制

• Nature | 植物与病原菌“军备竞赛”的“化学装备” 何祖华研究组在水稻广谱抗病的免疫代谢机制上取得重大进展

• Nature：深大李猛组揭示阿斯加德古菌新门(悟空古菌)及其与真核生物的关系

• Nature：承磊/李猛等发现产甲烷古菌的碳代谢新途径

• Nature | 原核生物基因的生物地理学研究

• Nature：分离到一种位于原核生物-真核生物“交界”的古菌

• Nature：复杂菌群空间分布研究

• Nature：Jeff Dangl团队揭示贪噬菌属在微生物组中维持根的生长

• Nature：Rob Knight团队发现血液和组织微生物组可诊断癌症

• Nature：何胜洋和辛秀芳组发表植物叶际微生物组稳态机制*

• Nature：李海等揭示肠道菌群参与塑造B淋巴细胞抗原受体组库

• Nature：人类胎盘应该真的是无菌的

• Nature：中科院先进院发现空间扩展生境定殖的进化稳定性策略

• 10篇Nature专题报导人类微生物组计划2(iHMP)成果及展望

• Nature：iHMP之“微生物组与炎症性肠病”

• Nature：iHMP之“微生物组与前驱糖尿病”

• Nature：人体菌群研究的25个里程碑

• Nature：首个肠道微生物对药物代谢影响的系统性研究

• Nature：TEDDY计划中幼儿肠道微生物组随时间的发育

• Nature: 来自细菌的通告——群体感知效应

• Nature：皮肤微生物群-宿主相互作用

• Nature：真菌由肠道入侵胰腺定植富集Malassezia菌

• Nature：肠道菌如何影响大脑，帮助消除恐惧相关的行为

• Nature：微生物的胆汁酸代谢物调节宿主肠道特异Treg细胞的稳态

• Nature专题：肠道菌群研究的现在和未来

• Nature：在人类肠道营菌群中发现获得性细菌防御基因

• Nature：依靠锰的氧化实现细菌的化能自养生长

• Nature综述：肠道菌群与结直肠癌的研究进展

• Nature分享：如何写好高被引综述论文？

Scinece

• Science | 细菌单细胞空间转录组学技术助力菌群研究

• Science | 海洋藻类的固氮细胞器

• Science | 婴儿肠道微生物组在各种生活方式中的强烈变化

• Science | 微生物群落的多样性通过营养阻断来抵抗病原体

• Science | 来自旧石器时代中期和晚期古DNA样本中重建微生物基因组中的天然产物

• Science | 利用微生物识别癌症的里程碑式研究被指存在“重大错误”

• Science | 再野化植物微生物组——作物祖先微生物群可能为提高可持续的粮食生产提供了一种方法

• Science｜改变微生物群落可以增强树木对气候变化的耐受性

• Science | 红树林中发现的巨型细菌挑战传统无核膜观念

• Science | 郑文山等发布微生物组单细胞测序新技术Microbe-seq(王军/戴磊/晁彦杰点评)

• Science：纽约西奈山医学院房刚组定量分析真核生物DNA 6mA解析细菌污染的影响

• Science观点：不同细菌物种间极少合作—合理利用细菌间普遍存在的竞争关系来替代抗生素

• Science：产前母体感染促进后代的组织特异性免疫和炎症

• Science：无氧世界的古菌氨氧化

• Science：豆科植物如何建造“固氮工厂”？Murray组在根瘤共生机制取得重要进展

• Science：中科院微生物所向华/李明组揭示护卫CRISPR-Cas的全新毒素-抗毒素RNA系统

• Science：拟南芥三萜化合物特异调控根系微生物组* 专家点评

• Sciences：用膳食纤维”钓”出15株缓解糖尿病的细菌！*

• Science综述：利用根际微生物组提高作物抗旱和产量

• Science：肠道菌群又添一大功能，揭示你的真实年龄

• Science：亚硝酸盐氧化细菌在黑暗海洋中的主要作用

• Science：又一明星菌群可以调控肠道免疫？

• Science：固氮（The nitrogen fix）

• Science：比较基因组揭示银边鱼应对捕鱼行为的表型进化机制

• Science评论|只需加一种菌，番茄不仅抗盐胁迫还提高65%产量！

• Science：微生物组“淘金热”，从人体中发现新型抗菌剂

• Science：病原菌激活植物内生菌群的抑病功能

• Science：综述肠道菌群如何影响社交行为

• Science: 微生物组是宿主新兴表型的来源

• Science：充满铵盐的环境依然发生固氮

• Science：基于微生物条形码系统的高分辨率物源追踪技术

• Science：英国Castrillo组揭示微生物群与根内皮的协调支持植物营养平衡！

• Science综述：人类与微生物共进退

• Science：植物和微生物的新途径：与共生微生物和病原微生物的相互作用驱动植物进化！

• Science：大数据揭示野生动物肠道菌群的多样性与功能景观

• Science：全球旱地放牧和生态系统服务

Cell

• Cell | 李福勇等揭示非工业化饮食对心血管代谢的益处与肠道微生物群调节有关

• Cell | Ran Blekhman组-整合16.8 万个样本揭示人类肠道微生物组的全球模式

• Cell | Robert D. Burk团队-青少年和年轻女性的宫颈阴道微生物组与沙眼衣原体的自然史

• Cell | Peer Bork组-发现粪便微生物负荷是肠道微生物组变异的主要决定因素和疾病关联的混杂因素

• 《细胞》期刊50周年纪念特刊：微生物的未来

• Cell | 基于肠道微生物群的生态拓扑结构对癌症免疫治疗结果进行定制评分

• Cell | 来自2500份食品宏基因组的数据揭示了未被探索的微生物多样性及其与人类微生物组的联系

• Cell：迄今最大的人类肠道真菌参考基因组目录

• Cell | 高精度分析药物、微生物组和癌症患者死亡率之间的相关性

• Cell | 超深度宏基因组！复原消失的肠道微生物

• Cell | 斯坦福大学实现对复杂肠道微生物组的设计、构建和体内强化

• Cell | 斯坦福大学揭示菌株去除对肠道微生物组代谢输出和相互作用的影响

• Cell | 膳食糖诱导的微生物失调破坏免疫介导的代谢综合征保护

• Cell：清华程功组揭示皮肤菌群的一种气味挥发物促进黄病毒感染宿主吸引蚊虫

• Cell综述：人类微生物组研究中的单细胞方法

• Cell丨一图读懂西湖实验室蔡尚团队揭示乳腺癌“胞内菌”在肿瘤转移定植中作用

• Cell：康奈尔大学郭春君组开发针对非模式肠道细菌的基因编辑工具

• Cell：人体肠道菌群的长期遗传稳定性和个体特异性

• Cell：蜱虫基因组和宏基因组数据

• Cell：一种用基因流定义微生物种群的反向生态学方法 PopCOGenT简介

• Cell：浙大张兴/朱永群组揭示细菌鞭毛马达结构、组装与扭矩传输机制

• Cell：中科院遗传发育所周俭民受邀综述植物免疫激活及信号传导的最新进展

• Cell：土传遗产

• Cell：植物根系如何允许有益微生物定植的

• Cell综述：人类肠道菌群-从关联到调控

• Cell ：根部微生物跨界的互作促进拟南芥生存

• Cell：小基因开启微生物组研究新领域——大规模鉴定微生物基因组编码的小蛋白质

• Cell：绝对异养型生物改造成完全自养型生物

• Cell二连发 | 广东CDC/耶鲁大学利用纳米孔测序揭示中/美新冠病毒基因组流行病学传播规律

Nature综述

• Nature综述 | 食源性细菌病原体:基于基因组的方法应对复杂和不断变化的世界中持续出现和新出现的威胁

• Nat Rev Microbiol | 深大周之超等综述微生物硫代谢的多样性及生态

• Nature Reviews Microbiology | 健康和呼吸系统疾病中的肠道-呼吸道微生物组轴

• Nature Reviews Microbiology | 早期地球环境与微生物生命的共同进化

• Nature综述 | Aayushi Uberoi等综述受损伤口愈合和感染的微生物机制

• Nature综述 | 饮食与肠道微生物群之间的相互作用：对健康和疾病的影响

• Nat. Rev. Microbiol. | 中山大学左涛组阐述肠道噬菌体与宿主免疫

• Nat. Rev. Microbiol. | 朱永官院士等综述土壤塑料际

• Nat. Rev. Bioeng. | 中山大学左涛组详述肠道微生态工程化改造

• Nature综述 | 肠道菌群在心脏代谢性疾病预防与治疗中的应用潜力

• Nature综述 | Jack Gilbert组-室内微生物组与人体健康

• Nature综述 | Neha Pagidipati组-促进心脏代谢健康的饮食模式

• Nature Food | 浙江大学构建叶际微生物组精准设计策略，促进粮食可持续生产

• Nature综述：农业生态系统中的土壤结构和微生物组功能

• Nature综述：微生物群落形成过程中的优先效应

• Nature综述：梁冠翔等总结近20年人类病毒组学的发展

• Nature综述：一文揭秘土壤微生物的生死过程如何影响生物地球化学

• Nature综述：从土壤到临床-微生物次级代谢产物对抗生素耐受性和耐药性的影响

• NRM：肠道微生物在人类代谢健康与疾病中的作用

• 束文圣和黄立南Nature综述极端环境中的微生物多样性

• NRM：人类微生物培养及培养组学

• NRM: 蓝藻水华的形成机理及防治动态

• NRM: 拥抱未知-解析土壤微生物组的复杂性

• NRM: 追“根”溯源：植物根际的微生物生态

• NRM 关键物种对于微生物菌群结构和功能的驱动作用

• NRM：多年冻土的微生物组

• NRM：种内多样性：解释微生物组中的菌株

• Nature综述: 给医生的菌群分析指南上 下

• NRM：微生物的社交网络 - 营养缺陷型如何塑造复杂群落

• NRM：提高作物产量？农作物微生物组是关键

• NRM：未培养微生物的新兴培养技术

• NRM：微生物的衰老与寿命

• NRM：预测生物学：微生物复杂性的解析、模拟与应用

• Nature综述: 微生物与气候变化

• Nature综述：噬菌体的百年研究

• NRGH：优先效应在生命早期肠道微生物组形成中的作用

• NRG：临床宏基因组学的应用与挑战

• NRM：微生物沿着寄生-共生连续体进化和转变！

• NRM：宏基因组测序研究耐药基因的方法和资源

• NRM：菌根共生的独特性和共性

• NRM：如何获得理想的微生物组

• NRM：工程微生物组的通用原则和最佳实践

• NRG：关于RNA-seq，你想知道的都在这

• NRG：宏基因组测序研究耐药基因的方法和资源

• NRM：植物与微生物组的相互作用：从群落装配到植物健康上 下

Nature子刊

• Nature Microbiology | Harris Wang组-SAMPL-seq揭示了人类肠道微生物组中的微米级空间枢纽

• Nature Microbiology | ESKAPE病原体在体外对新研发的抗生素迅速产生耐药性

• Nature Microbiology | 肠道菌群衍生的六酰化脂多糖增强癌症免疫治疗反应

• Nature Microbiology | 西兰花芽提取物及基线肠道菌群对糖尿病前期空腹血糖的影响：一项随机、安慰剂对照试验

• Nature Microbiology | 揭示婴儿早期肠道微生物组中的噬菌体-细菌纵向动态

• Nature Microbiology | Segata组-两万人的纯素食、素食和杂食饮食的肠道微生物的特征及相关的健康结果

• Nature Microbiology | 朱升龙/陈永泉/梁鑫淼等-游离脂肪酸受体4通过肠道菌群调节饮食糖偏好

• Nature Microbiology | 代谢重组：微生物适应温度变化的关键机制

• Nature Microbiology | Grégoire Michoud组-绘制冰川融水多界微生物组的宏基因组多样性图谱

• Nature Food丨西农韦革宏团队-农田下层土壤微生物群落及其功能对环境变化的抵抗力低于表层土壤

• Nature Microbiology | John C. Alverdy组-肠杆菌素抑制芳香烃受体促进小鼠细菌性败血症

• Nature Microbiology | 深大周之超等-揭示淡水湖泊病毒20年生态与进化的演变

• Nature Microbiology | Eric Franzosa组-利用 WAAFLE 对人类微生物组横向基因转移进行分析

• Nature Microbiology | Sonnenburg组-宏基因组免疫球蛋白测序揭示健康人体肠道微生物菌株的IgA包被

• Nat Aging丨国家老年中心Pl赵超教授团队揭示菌群来源的苯丙氨酸代谢物苯乙酰谷氨酰胺驱动宿主衰老，为菌群抗衰提供理论基础

• Nature Microbiology | 重庆医科大学尹琦联合剑桥大学团队解析肠杆菌科细菌肠道定植和丰度相关的全球生态学模式

• Nat Med∣周宏伟院长团队研究 首次揭示肝性脑病的“幕后黑手”

• Nature Ecology & Evolution | 复杂群落中的生态入侵行为：预测入侵成功与生态影响的新视角

• Nature Biotechnology：反向基因组学对未培养细菌的定向分离与培养

• 《Nature Microbiology》| 双歧杆菌如何成为早期健康的关键

• Nature Microbiology | 中国海洋大学张晓华团队发现新型DMSP合成酶

• Nature Microbiology | 加州大学伯克利分校Banfield团队发现新型甲烷氧化古菌染色体外元件

• Nature Microbiology | 大型语言模型改进原核病毒蛋白质注释

• Nature子刊 | 朱永官院士团队:单细胞技术揭示土壤中活性解磷菌获进展

• Nature Medicine | 翟冰课题组等发现真菌异质性耐药导致突破性血流感染

• Nature Microbiology | 浙大王蒙岑等发现叶际共生菌重塑水稻抗病性的化学信号

• Nature Aging | 解密人类衰老的分子密码：非线性变化带来的新发现

• Nature Microbiology | 山大刘双江团队等合作揭示肠道共生菌转化胆酸新功能和调控宿主糖脂代谢新机制

• Nature Microbiology | 中国海洋大学张晓华团队揭示多种海洋细菌中广泛存在的新型甲基转移酶

• Nature Microbiology | 粪便中的口腔细菌丰度增加与肠道微生物减少及患者的治疗结果相关

• Nature Microbiology | 宿主来源的有机酸使蜜蜂共生体Snodgrassella alvi能够在肠道定植

• Nature Microbiology｜Libusha Kelly组通过大语言模型改善病毒蛋白注释

• Nature Microbiology | 陈林兴/Banfield新工具提升宏基因组拼接病毒基因组质量

• Nature Microbiology | 多国科学家联合破译全球氨氧化微生物氮源调控新机制

• Nature Microbiology｜Libusha Kelly组通过大语言模型改善病毒蛋白注释

• Nature Food | 南京土壤所梁玉婷组揭示酸铝胁迫下促进作物生长的微生物策略

• Nature Food | 机器学习和宏基因组学揭示了中国多个养鸡场和屠宰场共同的抗菌素耐药特征

• Nature Food | 南农蒋建东组揭示植物有益细菌的全球分布格局及未来变化(完整版)

• Nautre Methods | CheckM2基于机器学习快速、可扩展和准确地评估微生物基因组质量

• Nature Methods | 单样本与多样本宏基因组分箱的比较揭示了广泛存在的隐藏性污染

• Nature Methods | 加州理工开发高宿主宏基因组样本的微生物富集方法

• Nature Computational Science | 中国农科院基因组所贾耿介组利用电子病历构建人类疾病空间

• Nat Med | 王璋/林立丰/关伟杰/孙九峰揭示环境污染暴露通过呼吸道菌群紊乱影响呼吸健康指标

• Nature Biotechnology | 自动化和机器学习的高通量微生物培养组学分离微生物组

• Nature Microbiol | 南农张瑞福组揭示植物益生菌根际定殖中互作模式

• Nature Microbiology | 密集的深海热液垫层中病毒与跨越远缘微生物域的宿主相互作用

• Nature Microbiology | 浙江大学王蒙岑等发现微生物组调控植物抗病防御新机制

• Nature Microbiology | 大规模研究发现了肠道中与咖啡摄入密切相关的一种细菌

• Nature Microbiology | 重建人类肠道宏基因组中的宿主信息

• Nature子刊 | 褚海燕组-土壤生物多样性与城市绿地生态系统功能(朱永官/韦革宏点评)

• Nature子刊 | 内农大张和平团队新突破—高分辨率下的人类肠道微生物组 全文解读

• NBT | gutSMASH预测人类肠道微生物的专门初级代谢途径

• Nature Microbiology｜益生菌的菌株特异性影响驱动早产儿肠道微生物组的发展

• Nature Medicine | 傅静远/陈连民评估肠道菌群、饮食及遗传对人体代谢的重要性(王军/郑钜圣点评）

• NBT封面：水稻NRT1.1B基因调控根系微生物组参与氮利用*

• Nature Microbiology | 陈云/白洋/虞云龙等鉴定高效抗小麦赤霉病菌株及其作用机制

• Nature Microbiology | 王璋/陈荣昌/周宏伟-慢阻肺病呼吸道菌群-宿主互作机制

• Nature Microbiology | SeqCode：基于序列数据描述的原核生物命名规则

• Nature Protocols：细菌培养组方法-高通量分离培养和鉴定根系细菌

• Nature protocols｜中科院动物所金坚石组发布菌群单细菌高通量鉴定和绝对定量方法流程

• Nature Microbiology | 山羊粪便的绿色秘密

• NBT | 刘勇勤/骆迎峰等发布冰川微生物组的基因组和基因集

• Nature子刊 | 地下水固碳速率与寡营养海洋系统固碳速率相近

• Nature Microbiology | 枯草芽孢杆菌生物膜促进甜瓜生长并抗病

• Nature Microbiology | 可感染阿斯加德古菌的六种深海沉积物中的病毒基因组

• Nature子刊 | 绘制植物叶际菌群互作图谱以建立基因型表型关系

• Nature子刊 | 周集中团队揭示长期气候变暖导致草地土壤微生物多样性降低

• Nature方法 | CAMI2宏基因组分析方法评估

• NBT：王军等用AI在肠道超高效“挖”抗菌肽

• Nature子刊：宏基因组组装基因组实现谱系解析

• Nature子刊：来自人类肠道菌群的189,680种DNA病毒基因组集

• NBT：南农沈其荣、韦中团队：番茄细菌性青枯病的噬菌体联合疗法(附视频)*

• NBT：王运浩、区健辉等综述纳米孔测序技术

• Nature子刊 | 翟冰等造血干细胞移植中的肠道真菌菌群动态变化与临床结果分析(招聘博后、助研)

• NBT: 利用全长转录组多重阵列测序技术检测RNA同源异构体

• NBT封面：纳米孔基因组测序快速临床诊断细菌性下呼吸道感染

• NBT：MaPS-seq测序方法揭示肠道微生物空间分布

• NBT：线虫的工程细菌共生体提高对西方玉米根虫的生防潜力

• NBT：利用血液代谢组预测肠道微生物组的多样性

• NBT：Rob Knight团队发表微生物组数据降维新方法

• NBT：利用细胞甘油三酯存储提高链霉菌中聚酮类化合物的效价

• NBT：改进宏基因组的分箱和组装的新方法

• Nature Methods：中大骆观正组在RNA修饰方法学领域取得重要进展

• Nature Geoscience：到底谁才是限制非共生固氮的幕后主使*

• Nature Medicine：iHMP之“微生物组与早产”

• Nature Medicine：婴儿生命早期肠道病毒组和细菌组的动态

• NEE：不想当化学家的物理学家不是好的生物学家

• NEE综述：微生物系统的功能与功能冗余

• Nature Microbiology：加州大学Banfield组揭示CPR细菌和DPANN古菌多样性及与低温TEM下宿主互作关系

• Nature Microbiology：房刚组揭示细菌表观遗传调节艰难梭菌孢子形成*

• Nature Microbiology：视频解读！铁载体：作物根际稀缺资源保卫战的“秘密武器”

• Nature Microbiology：微生物组数据系统发育分析的方法

• Nature Microbiology：全球污水处理厂细菌群落揭秘！

• Nature Microbiology：王四宝组揭示按蚊肠道共生菌抗疟的分子机制

• Nature Microbiology综述：古菌的多样性、生态功能和进化史

• [Nature Microbiology：古菌基因组的标准化物种分类方法

• Nature Climate Change：周集中团队揭示气候变暖增强了微生物网络的复杂性与稳定性

• Nature Plants：植物根系微生物组中共生细菌的宿主偏好性

• Nature Plants: 可持续农业生态系统中的核心微生物组

• Nature Plants：英属哥伦比亚大学揭示植物塑造根际微生物组新机制

• Nature子刊：Sundaresan组-水稻长期干旱之后持续性的扰乱微生物组构成(宋毅点评)

• Nature Plants：根系微生物可以远程提高植物应对地上部环境胁迫的能力

• Nature Plants: 中科院微生物所郭惠珊研究组揭示土传病原菌逃避寄主免疫的新机制

• Nature Plants：华中农大Kenichi Tsuda组利用植物体内原位细菌转录及蛋白组学鉴定寄主免疫攻击的病原菌蛋白

• Nature Plants：中德合作发现玉米根系与根际有益微生物互惠关键生物学机制

• Nature Plants：浙大王蒙岑组揭示水稻种子内生菌抗病新功能

• Nature Plants：河南大学王学路团队揭示大豆与根瘤菌匹配性的进化及其分子机制

• Nature Protocols：何胜阳组建立拟南芥微生物组研究的标准化生长体系！

• Nature Food综述：墨尔本大学贺纪正组综述土著作物微生物组对可持续农业的潜力！

• NEE：微生物系统中的功能与功能冗余

• Nature Methods | 长读长宏基因组测序助力构建完整的微生物生命之树

• Nature Microbiology | 帝国理工Smith等高通量表征了细菌对复杂化学污染物的响应

Nautre Communications

• NC | 李轩组首次构建具有真核核小体的大肠杆菌

• NC | 浙大蒋超组合作揭示ICU患者下呼吸道微生物基因组功能动态及其在感染防控中的潜在应用

• NC | 梁玉婷组揭示冬季土壤增温通过加速有机质分解导致作物生物量碳损失

• NC｜南科大宋毅组揭示根毛发育调控因子塑造抗旱微生物组的遗传和生态学机制

• NC｜南京土壤所梁玉婷组揭示基于交叉喂养的微生物铝耐受性机制

• NC｜北京大学吴晓磊教授与聂勇副研究员揭示油藏病毒的全球多样性及生态功能

• NC | 中科院先进院马迎飞组回复Nayfach等质疑病毒预测不准确

• NC | Nayfach等质疑病毒预测不准确导致人类肠道古菌病毒的多样性被高估

• NC｜上海交大张宇组发表高静水压力影响深渊沉积物中微生物氮代谢的最新研究成果

• NC | 俄亥俄州立于忠堂组系统性揭示瘤胃生态系统中的病毒暗物质

• NC | 中大与云南地方病所-蝙蝠病毒共感染、跨物种传播及潜在人兽共患病毒溢出风险

• NC | 中科院先进院戴磊组开发SEER-FISH成像技术解析微生物组空间结构

• Nat. Commun | 中国海洋大学张伟鹏组揭示海洋生物被膜群落硫氧化主要菌群及其作用机制

• NC | 中科院深圳先进院马迎飞组揭示人肠道古菌病毒多样性

• NC | 中科院蔡磊组揭示跨界合成菌群增强番茄对镰刀枯萎病抗病能力

• NC | 哈佛医学院刘洋彧组MAG解析人微生物组在COVID-19中的作用

• NC | 中国农大草业学院杨高文组揭示发现多因子干扰会降低土壤微生物多样性的积极效应

• NC | 董西洋等在深海冷泉沉积物发现大量固氮微生物(视频解读)

• NC | 西湖大学陶亮组-TMPRSS2“助攻”病毒感染并介导索氏梭菌出血毒素的宿主入侵

• NC | 肠道细胞和乳酸菌共同作用来防止念珠菌感染

• NC | 程蜀琳/陈洛南/张晨虹-运动干预脂肪肝的改善与肠道菌群网络的联系

• NC：港大张彤团队-基于组学的耐药基因风险评估框架

• Nat Commun | 中科院微生物所高程等在微生物功能格局研究中取得进展

• NC：中国药科郝海平和郑啸发现饮食-微生物互作缓解肠损伤

• NC：遗传发育所Speakman组-棕色脂肪是无菌小鼠改善血糖的关键

• NC：宏基因组联合宏蛋白组分析揭示土壤微生物降解多酚

• NC：中科院动物所王关红等综述基因技术防控蚊媒疾病

• NC：王金锋等揭示阴道菌群异位对子宫健康的影响

• NC：中农徐凌/UC伯克利Coleman-Derr-植物与根际微生物在干旱下的互作机制(招博后)

• NC：噬菌体中无机硫辅助代谢基因的生态学研究

• NC：海大张晓华团队发现马里亚纳海沟微生物抵抗高压的新机制

• NC：菌物组构建—-随机性v.确定性、干旱胁迫、宿主筛选、统一动态(郭良栋、杨军点评)*

• NC：南农沈其荣、张瑞福团队揭示多样性激发的确定性细菌装配过程限制群落功能

• NC：你觉得你吃的是草，其实你还是吃的土(遗传发育所朱峰)

• NC：恢复菌群多样性或能降低耐药性

• NC：蜜蜂肠道微生物的多样性

• NC：应对干旱 细菌崩了 真菌依然很稳（纯网络分析发Nature子刊）

• NC：南土所贾仲君组-稻田甲烷氧化的微生物机制

• NC：沈阳生态所揭示病原真菌和昆虫对温带森林木本植物物种共存的重要作用

• NC：机器学习方法扩展了anti-CRISPR蛋白家族的所有成员

• NC：免疫组库高通量分析工具：IGoR——更精确剖析免疫组库

• NC：微生物所科学家建成小鼠肠道微生物资源库

• NC：南农团队解码并重构微生物群体感应系统

• NC：全球变化因子对土壤微生物多样性和功能的影响

• NC：电缆细菌减少水稻种植土壤中的甲烷排放

• NC：三代测序重构菌株水平宏基因组序列的计算框架iGDA

• NC：刘威/潘玉峰等发现肠道微生物可以影响果蝇的攻击行为

npj期刊

• npj biofilms microbiomes | 南京林业大学樊奔组发现细菌磷素平衡新型调控分子

• npj | 中山大学李文均组利用基于培养组的宏基因组学策略揭示荒漠特殊生境微生物暗物质资源

• npj | 宁波大学张德民团队揭示对虾生物絮团养殖系统细菌群落的调控机制

• npj | 王德华/张学英等揭示荒漠啮齿动物通过“菌群-肠-肾”轴耐受高盐的机制

• png | 华南师大王璋、广东省中医院黄清春、黄闰月等揭示痛风患者肠道菌群特征

• npj |细菌群落的整体涌现特性诱导了拟南芥的干旱抗性

Science和Advance系列

• Advanced Science | 西农姚义清组报道一步式联产氢气与甲烷策略

• Science Advances | 南方医院整形外科王高峰组揭示皮肤共生微生物促进毛囊再生

• SA：植物所杨元合组揭示矿物保护和微生物属性对冻土碳动态的关键调控作用

• SA | 天昊Accu16S细菌绝对定量技术助力发现“肠-骨轴”调控股骨头坏死机制

• Science子刊: 长期杀虫剂诱导选择下的宿主基因组与微生物组的共适应

• SA：南农沈其荣团队Science子刊揭示番茄早期微生物组功能决定成年健康*

• SA: 类配对分析法揭示孤独症患者肠道菌群解毒功能受损

• Adv. Intell. Syst. | 青岛大学发表基于深度学习和宿主信息嵌入的微生物组多标签疾病检测研究

• AS：西湖郑钜圣/鞠峰-人类肠道中特定耐药基因累积可能导致糖尿病风险上升

• AS | 中大丁涛/田国宝等揭示口腔菌群的差异化输入塑造了与健康状况相关的两种肺型

• Adv Sci | 华中农大陈振夏组揭示结直肠癌性别差异的潜在原因

• AS | 浙大马斌组利用全球尺度的宏基因组学追踪土壤中携带ARG的病原体

• Science Advances｜上海交大王风平团队揭示深古菌与早期地球协同演化历史

为什么Science子刊这么少，因为杂志和文章量最小，比Nature子刊少1个数量级。

Cell子刊

• Cell Host＆Microbe | 乔杰/庞艳莉-肠道真菌塔宾曲霉通过次级代谢物促进多囊卵巢综合征

• Cell Genomics | 从中国分离的肠道微生物基因组阐明了益生菌和心脏代谢效应

• Cell Host & Microbe | 翟齐啸/张家超/黄适-揭示肠道细菌帮助缓解便秘的机制

• Cell Host & Microbe | 普通拟杆菌影响艰难梭菌的生长动态和进化适应性

• Cell Host & Microbe | 人工智能在微生物组研究中的应用：现状与展望

• Cell子刊 | 郑浩组揭示肠道菌群调节脂肪酸代谢增强蜜蜂奖励学习

• Cell Host & Microbe | 郭春君团队系统探究肠道微生物的氨基酸代谢及其对宿主氨基酸水平和血糖耐受的影响

• Cell子刊 | 周欣/申小涛等揭示多部位微生物的长期稳定性及与宿主在多组学层面的互作

• Cell子刊 | 杜塞尔多夫大学Frommer组发现糖转运蛋白介导了拟南芥根部微生物群落纵向定植

• Cell Host & Microbe | 单个叶际微生物群落调控遗传调控网络以促进叶片生长

• Cell Host & Microbe | 中山大学左涛组阐述药物使用后肠道微生态在造血干细胞移植疗效中的作用

• Cell Host & Microbe | 王璋揭示呼吸道菌群紊乱促进慢性阻塞性肺疾病肺功能下降的分子机制

• Cell Host & Microbe | 陈孝平/张必翔/杨祥良/刘智/陈卫华揭示长双歧杆菌促进肝癌病人术后肝功能恢复

• Cell子刊 | 马迎飞/戴磊-噬菌体培养组解析肠道暗物质(童贻刚/崔杰/郭春君点评)

• Cell子刊 | 南方医科大学龚神海/陈鹏/赵晓山/曾振华发现肠道细菌代谢物可缓解对乙酰氨基酚过量引起药物性肝损伤

• Cell子刊：清华梁冠翔组综述人类病毒组从起源到成熟的过程以及相应的调控机制

• Cell子刊：源自微生物群的醋酸盐能够在健康和疾病期间促进大脑先天免疫系统的代谢适应性

• Cell Host | 张群业/王哲/张澄-肠道微生物群失调加重腹主动脉瘤

• Cell子刊：粘上你-细菌生长素介导的植物根部细菌定殖

• CHM：中科院遗传发育所周俭民组发现特异靶向病原菌致病力的植物天然产物并阐明作用机制*

• CHM：微生物来源的细菌素靶向宿主抗早期断奶仔猪腹泻研究

• CHM综述：口腔微生物群的部位特点：微米级生境与生态位

• CHM综述-建立因果关系：合成菌群在植物菌群研究中的机会

• CHM：根瘤菌微生物群落的模块化特征及其与共生根瘤菌的进化关系

• CHM：成年同卵双胞胎的病毒组多样性与肠道微生物组多样性相关

• CHM：中山大学李剑峰组揭示植物利用细菌获得真菌抗性

• CM：发现60%的非酒精性脂肪肝与肠道菌有关，携带者体内酒精可达健康人4-6倍

• CM:北大姜长涛组发现HIF-2α通过肠道菌群调控脂肪产热

• Cell Metab | 刘星吟组揭示肠道微生物及其代谢物吲哚-3-乳酸抗肿瘤免疫的新机制

• TiMM微生物组学研究的突破与瓶颈

Cell Reports

• Cell Reports | 浙大蒋超组合作揭示多种族生殖道微生物组的进化动态

• Cell Reports：中大骆观正+上科大季泉江-CRISPR引导的细菌靶向遗传筛选系统

• Cell Reports：中科院动物所魏辅文组解析大熊猫肠道菌群季节性变化的功能

• Cell Reports | 北大吴晓磊/聂勇组代谢分工微生物群落的组装机制

Gut

• Gut | 陈卫华/赵兴明团队揭示质子泵抑制剂的使用显著促进细菌从口腔到肠道的传播及其致病风险

• Gut | 华科宁康组利用迁移学习克服区域效应实现微生物特征的跨区域疾病诊断(视频)

• Gut | 中国药科大学周伟等团队在肠道菌群驱动风湿性关节炎机制研究和中药干预方面取得新进展

• Gut：刘星吟/王益超/曹爱华等揭示孤独症患儿肠道菌群发育轨迹图谱(赵方庆点评)

• Gut：粪便病毒组移植减轻2型糖尿病和肥胖症模型小鼠的相关症状

• Gut：人体最初的微生物起源与生殖健康* 孕期健康对孩子至关重要

• Gut：人体口腔菌群的稳定性和动态变化规律* 科普：口腔微生物“你的大能量，超乎我想象”

• Gut-2018-早期肝癌肠道生物标志物鉴定

• Gut Microbes | 陈钢/王怡/杨金奂/何其宽/多生态位表征的特征性菌群作为肝癌患者诊断的生物标志物

• Gut Microbes | 成都中医药范刚等肠道病毒组的改变与II型糖尿病和糖尿病肾病相关

PNAS

• PNAS | 南土所梁玉婷-降低估算土壤微生物源碳的不确定性

• PNAS ｜ 中科院南土所褚海燕组新视角揭示全球土壤生物共存模式

• PNAS | 中国农大周欣团队发现蜜蜂通过调用免疫系统来维持宿主特异的肠道菌

• PNAS | 博·巴克·约根森（Bo Barker Jørgensen）简介

• PNAS | 物种入侵改变了二十年淡水时间序列的微生物群落物候特征

• PNAS | 朱永官院士团队单细胞拉曼结合靶向宏基因组揭示土壤活性抗生素耐药组

• PNAS: 干旱延缓高粱根系微生物组的建成并富集革兰氏阳性菌

• PNAS：人类皮肤微生物的独特性和哺乳动物的系统发育共生现象

• PNAS：问微生物群落演替之随机性与确定性过程-谁主沉浮

Microbiome

• Microbiome | 彭静静组揭示稻田纳米塑料污染促进甲烷排放Methanocella作为主要贡献者

• Microbiome | 胡圣伟/李猛/倪伟等揭示胃肠道巨型噬菌体独立的NAD+合成和利用系统

• Microbiome | 山东大学张正、李越中团队量化多糖降解原核生物群落的功能冗余

• Microbiome | 伯明翰大学Schaik组评测病毒识别工具

• Microbiome丨杭州师范大学沈晨佳课题组揭示环境胁迫下红豆杉内生真菌种群和宿主次生代谢之间的作用机制

• Microbiome | 中国农科院植保所刘文德团队揭示核心微生物菌群通过诱导宿主代谢提升玉米抗病能力

• Microbiome | 基因组所张江/湖北大学张凤娟揭示菌群在植物抵御害虫中的作用

• Microbiome | 西北农林姚义清组揭示温驱生物质产氢机制

• Microbiome | 俄亥俄州立大学于忠堂实验室系统性揭示瘤胃病毒如何影响微生物分化与动物宿主性状

• Microbiome | 德国马普所Werner团队揭示被低估的稻田厌氧产甲烷途径！

• Microbiome | 意大利国家研究院Stefano教授揭示摄入益生菌对母婴分离诱导的焦虑和抑郁的影响

• Microbiome | 烟台大学张燕英团队揭示海水养殖对鳗草根际沉积物和海水微生物组的影响

• Microbiome | 华中农大赵述淼组揭示江汉鸡肠道微生物群物种和功能组成并分离得到益生菌

• Microbiome | 西北农林科技大学姚军虎团队解析青年奶山羊结肠微生态失调的潜在机制

• Microbiome | 华中科大陈卫华等构建URPC助力反刍动物胃肠道噬菌体综合研究

• Microbiome | 北京大学谢曙光团队揭示磺胺甲恶唑生物强化去除策略和微生物机制

• Microbiome | 江西农大瞿明仁/李艳娇组揭示应激过渡期新进牛瘤胃微生物与机体互作动态变化规律

• Microbiome | 宁波大学张德民/郭海朋组揭示凡纳滨对虾抗弧菌病的微生态学机制

• Microbiome | 海洋所在深海偏顶蛤甲烷氧化共生菌环境适应性进化研究获新进展

• Microbiome | 西北农大揭示瘤胃关键菌和微生物代谢组对成年奶山羊泌乳性能的长期影响

• Microbiome | 刘庆友/陈卫华构建山羊肠道微生物基因组目录

• Microbiome | 复旦大学赵兴明组揭示人类四种真菌“肠型”结构

• Microbiome | 深圳大学高等研究院李猛团队利用二代三代宏基因组测序技术解析红树林微生物代谢潜力

• Microbiome | 香港城市大学孙燕妮组发表高分辨率细菌菌株识别工具

• Microbiome | 山东大学与马普所揭示不同大型藻类共有附生细菌类群

• Microbiome | 西农揭示高脂饮食扰乱外周色氨酸-犬尿氨酸代谢稳态的机制

• Microbiome | 中大丁涛组揭示人体常见呼吸道病毒感染塑造的口咽菌群特征

• Microbiome | 北大吴晓磊/聂勇组：人工神经网络预测活性污泥微生物群落组成

• Microbiome | 西农韦革宏揭示根际细菌对甘草化感作用的响应及解毒作用

• Microbiome | 微生物所陈义华/深圳湾唐啸宇-人类相关的细菌为适应环境而采用不寻常的途径合成3-乙酰化的四聚物

• Microbiome | 西农韦革宏团队揭示植物驯化塑造小麦根际微生物组组装和代谢功能

• Microbiome | 中科院/农科院/浙大解析微生物介导的植物气生根黏液固氮功能及稳态维持机制

• Microbiome | 吉林大学付云贺组揭示“瘤胃/肠道源性乳腺炎”的新机制

• Microbiome | 中国农科院王加启/赵圣国：构建微球原位培养方法实现牛瘤胃重要尿素分解菌分离

• Microbiome | 水科院南海所姜敬哲团队揭示滤食性牡蛎体内巨大的病毒多样性

• Microbiome | 石河子大学胡圣伟教授团队揭示马肠道微生物组组成及其功能

• Microbiome | 海洋三所邵宗泽组揭示深海热液区病毒多样性及其与宿主相互作用

• Microbiome | 吉林大学付云贺组揭示“肠源性乳腺炎”的新机制

• Microbiome | 农业微生物资源团队揭示水稻种子内生核心微生物组垂直传播机制

• Microbiome | 周之超等开发基于微生物基因组的功能分析软件METABOLIC(视频)

• Mirobiome | 广东省科学院土壤所孙蔚旻团队：固氮内生菌可以提高中国芒草的生态适应性

• Microbiome：沈其荣院士团队揭示土传枯萎病发病根际微生物群落形成机制

• Microbiome | 黄海所陈松林院士/华科宁康等-肠道菌群在龙利鱼(半滑舌鳎)抗弧菌病性状形成中的机制

• Microbiome | 印遇龙院士团队尹佳组在猪益生菌研究领域取得重要成果

• Microbiome | 东北农大石宝明/孟庆维等揭示宿主-微生物互作介导猪肠炎免疫

• Microbiome | 中国农科院王加启+赵圣国：宏基因组指导未培养微生物分离培养的机遇与挑战

• Microbiome：污水处理厂的微型真核肠道寄生虫：多样性、活性和去除

• Microbiome：香港理工李向东组-医院源可吸入耐药基因与宿主群落、临床关联和环境风险

• Microbiome：中科院微生物所蔡磊组揭示病害影响植物微生物组群落构建与功能适应

• Microbiome：西农韦革宏团队简化合成菌群通过激活ISR防治黄芪根腐病

• Microbiome：人类肠道和病原菌的可移动抗性组驱动环境中抗生素抗性增长

• Microbiome：海南大学张家超、Rob Knight等揭示益生菌在宿主肠道内适应性进化规律

• Microbiome：城环所杨军组-小幅盐度变化改变了城市水库微型真核浮游生物群落的构建过程和网络稳定性

• Microbiome：浙大马忠华团队-生防细菌抑制病原真菌新机制

• Microbiome：微生物所刘双江组建立人肠道微生物资源库（hGMB）

• Microbiome | 中科院张惠明团队揭示RNA介导的DNA甲基化影响植物根部微生物群落

• Microbiome：南土所梁玉婷组-稻田土壤产甲烷菌的共存模式

• Microbiome: 乡村环境微生物组成及功能基因或对呼吸道及过敏疾病具有保护性

• Microbiome：中国人群宿主遗传、肠道菌群与复杂疾病的关系

• Microbiome：地球上有多大比例的原核生物已经被测序了基因组？

• Microbiome: 微生物组的定义重新审视:旧概念和新挑战

• Microbiome：Kraken2进行16S物种注释又快又准，秒杀QIIME2

• Microbiome：捕食性细菌新类群-慢生单胞菌目细菌独特的生境适应性

• Microbiome：微生物群落在深海热液硫化烟囱体由活跃转换为非活跃状态过程中的演替模式

• Microbiome：华中农大谢卡斌组利用CRISPR系统减少16S rRNA基因测序宿主污染*

• Microbiome：南土所孙波组揭示间作重塑根际微生物组并促进生长的机制

• Microbiome：南京农大团队在粘细菌捕食的生态学功能方面取得重要进展

• Microbiome：中外合作揭示微生物群落降解复杂微生物聚合物的酶(视频导读)

• Microbiome：环境过滤驱动农田生态系统土壤古菌独特的空间分布*

• Microbiome：土壤微生物驱动退耕还林系统土壤剖面的养分循环*

• Microbiome：40年施肥处理后固氮菌及氮固定受抑制 新闻稿:南土所褚海燕组揭示长期施肥抑制根际微生物固氮的作用机制*

• Microbiome：根系分泌物驱动土壤记忆抵御植物病原菌*

• Microbiome：马铃薯疮痂病与土壤微生物组关系新进展*

• Microbiome：所谓的“富集培养”获得的微生物真的都是被“富集”出来的吗？*

• Microbiome：鸡肠道微生物宏基因集(张和平、魏泓、秦楠点评)*

• Microbiome：应用多维宏组学方法协同揭示复杂细菌群落对目标底物代谢的菌间相互关*

• Microbiome：利用Nanopore高通量测序技术解析污水处理体系可移动抗性基因组*

• Microbiome：随机过程主导亚热带河流微型真核浮游生物群落构建*

• Microbiome：扩增子16S分析苏铁类植物微生物组*

• Microbiome：韦中组揭示根际原生动物群落是决定植物健康的关键因素*

• Microbiome：野生哺乳动物的皮肤和肠道微生物对核污染的反应

• Microbiome：微生物在植物世代之间的旅程

• Microbiome：南农张瑞福团队揭示放牧引起草原微生物组变化驱动土壤有机碳的转化和生产力的提升

• Microbiome：中科院遗传发育所揭示植物发育和氮肥共同作用下的小麦根系微生物组

• Microbiome：土壤微生物群落对有机和无机土壤改良剂和细菌入侵的恢复力

• Microbiome：NGLess语言实现快速可重复分析宏基因组的流程NG-meta-profiler

• Microbiome：首个地球微生物“社会关系”网络在浙大绘制！

• Microbiome：再论扩增子功能预测分析(Picrust)的效果

• Microbiome：使用16S rRNA基因数据集实现种水平的分类

• Microbime：微生物组学领域的标准制定

• Microbiome：稻种的驯化在生态进化上塑造水稻种子的细菌与真菌群落

• Microbiome：长江中浮游和底栖硅藻的生物地理模式

• Microbiome：生态中心张丽梅组-植物发育时期驱动玉米微生物组生态角色的分化

• Microbiome：宏基因组揭示冻土带、温带草原和热带土壤抗性的特征

• Microbiome | 宁波大学陈剑平院士团队等共同揭示小麦根际招募有益菌群激活小麦抗性抵御病毒侵染

ISME

• ISME | 中科院版纳园庞志强/徐鹏提出植物根系分泌物-功能微生物组互作研究的新模型

• ISME | 矿山修复新视角——微生物介导的硫氧化耦联砷还原过程

• ISME | 哥本哈根大学Hansen组揭示小麦叶际细菌中存在大量活性和功能未知的原噬菌体

• ISME | 朱作斌/王亮等发现肠道微生物的遗传变异参与宿主的寿命、睡眠和运动等功能的调控

• ISME | 噬菌体介导的裂解强力促进氨基酸营养缺陷型细菌的生长

• ISME | 南农大胡锋教授团队揭示苯并[a]芘胁迫影响蚯蚓肠道病毒组生态适应策略机制

• ISME | 西湖鞠峰组-污水处理厂中粘细菌的活跃捕食特性和多样性与全球分布规律

• ISME | 西农韦革宏团队在沙漠“肥岛”微生物群落的环境适应策略研究中取得重要进展

• 解密根际有益菌VOCs消减土壤青枯菌生物障碍的生存-致病权衡机制

• ISME Comm | 机器学习和深度学习在微生物组研究中的应用

• ISME | 西农姜雨/牧医所黄火清等发布肠道原虫基因组集，颠覆百年认知

• ISME：表层蓝藻下沉至1000米深海固氮

• ISME | 浙大黄健华/陈学新等揭示寄生蜂调控寄主营养代谢的新机制

• ISME | 拟南芥次生代谢物调控微生物组介导的线虫入侵

• ISME | 沈其荣团队韦中组-土壤生物障碍发生的根际微生物组诊断

• ISME | 热液微生物群落揭示了喷口区的生物地理学和嗜热性的进化历史

• ISME | 沈其荣团队在有机肥驱动原生生物与芽孢杆菌互作防控土传病害取得进展

• ISME：林科院袁志林等-冷杉优势真菌共生发育的基因家族趋同演化及平衡选择机制

• ISME：胡锋/朱永官等揭示土壤噬菌体-宿主菌协同应对有机氯农药胁迫机制

• ISME：南农张瑞福组揭示芽孢杆菌通过代谢互作刺激常驻根际微生物促进植物生长！

• ISME：南农韦中等消减土壤青枯菌生物障碍新策略

• ISME：微生物网络构建与分析面临的挑战

• ISME：土壤微生物对硫的短期及长期利用的决定因素-基于13C,15N,14C和35S多同位素标记结果

• ISME：西农沈锡辉+韦革宏+王瑶揭示细菌铁获取和外膜囊泡招募新机制

• ISME：根系招募特异型菌群增强植物对盐胁迫的抗性

• ISME：中国林科院亚林所袁志林组揭示盐碱地根系深色有隔内生真菌种群基因岛的正向选择机制

• ISME：南土所梁玉婷组-不同气候条件下微生物代谢及残体介导施肥对土壤有机碳的影响

• ISME：中大李文均组在放线菌生命暗物质的生态功能与进化上取得进展

• ISME：昆士兰大学郭建华组-人造甜味剂会促进细菌耐药性的传播

• ISME：多组学揭示低氧环境下的汞甲基化细菌

• ISME：中科院微生物所揭示细菌利用光能新机制！

• ISME: 中科院南京土壤所褚海燕组揭示关键菌群的生物多样性决定作物产量

• ISME: 北大吴晓磊组发现囊泡为细菌利用环境血红素提供全新途径

• ISME：南农沈其荣团队基于大数据准确预测土壤的枯萎病发生 纯生信发ISME

• ISME: 近海沉积物中古菌群落的时空动态：群落构建机制和共现关系

• ISME：海洋氨氧化古菌的营养能量策略决定其生物地理学分布格局(秦玮组招聘博士/博后)

• ISME：中科院动物所张知彬组揭示肠道微生物介导了降雨变化对布氏田鼠种群的上行效应*

• ISME：群落构建过程的平衡介导农田土壤微生物群落物种共存*

• ISME：污水厂抗性组受细菌组成和基因交换驱动且出水中抗性表达活跃*

• ISME：城环所杨军组揭示水库蓝藻影响真核浮游生物的群落演替和物种共存*

• ISME：宿主性别可以决定肠道微生物对寄生虫感染的响应*

• ISME：整合分析揭示塑料圈微生物组的全球多样性

• ISME：二型糖尿病患者中与牙周炎相关的龈下菌群

• ISME：华中农大李霞组发现大豆根际微生物组变化与根瘤菌共生效率的关系

• ISME：病原菌介导植物根际有益微生物群落组装

• ISME：菌根真菌菌丝分泌物中的果糖作为信号激发解磷细菌活化植酸

• ISME：微生物生态学中的挑战：建立对于群落功能与动态的预测性认识

• ISME：高手开杠-‘1%的微生物可培养’到底为哪般？

• ISME：相关分析在微生物生态学中的应用与误用

• ISME：沈农栾军波组揭示水平转移基因的功能

• ISME：二氧化碳和氮水平对植物根表菌群和功能的影响

• ISME：比较基因组学揭示蓝藻进化和生境适应性特征

• ISME Commun: 华中农业大学在菌群收敛机制方面取得新进展

• ISME Comm | COVID-19疫情期间和之后河流浮游生物群落的干扰和恢复

Genome Biology/Research

• Genome Biology | 南洋理工章安妮组开发新的序列比对生信工具

• Genome Research | 俄亥俄州立于忠堂组-结合深度学习与蛋白质数据库系统探究反刍动物真核微生物

• GB：香港城市大学孙燕妮组发表高准确度病毒株识别工具VirStrain

• GB：赵方庆组揭示生命早期肠道菌群演变规律及决定因素

• GB：MITRE利用微生物组时间序列数据推断与宿主状态变化相关的特征

• GB：徐健/王师/黄适合作开发微生物组测序新方法2bRAD-M

• Genome Research | 上海市免疫学研究所陈磊团队开发空间宏转录组测序技术

• GR | 南科大夏雨组-纳米孔选择性测序富集微生物组中稀有/未知基因组

Cell Research

• Cell Research封面 | 刘志华组揭示肠道菌群可促进胰岛素的分泌*

• Cell Research：华农解析水虻基因组图谱和肠道微生物组降解规律

Protein & Cell

• Protein & Cell | 王永成/樊龙江开发微生物组单细胞转录组测序技术

• Protein & Cell | 中国农科院基因组所刘永鑫组综述微生物组研究的过去、现在和未来

• Protein Cell | 骆观正/梁普平/何川-CROss-seq技术系统鉴定多个CRISPR工具的脱靶效应

• Protein & Cell：心血管疾病中的肠道微生物及其潜在的治疗应用

• PC：肠道菌群及其代谢物在代谢性疾病中的作用

• PC: 陈峰等纵论口腔菌群何以影响全身*

• PC: 对菌群影响药效和毒性的全面总结*

Molecular Plant/New Phyto/Plant Comm

• Molecular Plant | 沈其荣院士团队根际合生元生物靶向调控产品研发取得新突破

• MP | 东农吴凤芝/南农韦中-根系分泌物介导的植物种间互作塑造了根际微生物组抑病力

• MP: 王二涛组及合作者揭示丛枝菌根共生与根瘤共生的协同进化机制*

• MP综述：植物-微生物互作的系统生物学

• MP：微生物跨界平衡维持植物健康

• MP：中科院微生物所郭惠珊组和中科院上海植物逆境中心段成国组合作揭示油菜生长与免疫动态调节的新机制

• New Phytologist：沈其荣团队袁军组破译真菌性病原菌入侵下抑病土壤的形成机制

• New Phytologist | 中科院南土所孙波/梁玉婷组揭示促进低肥力土壤中作物生长的微生物策略

• New Phytologist: 中科院南京土壤所孙波/梁玉婷组揭示地下微生物和地上植物空间周转率的耦合关系

• New Phyto | 沈其荣团队李荣等解析生物有机肥培育抑病土壤的根际菌群抵御病原菌入侵的机制

• New Phytologist | 中农冯固组揭示菌丝际核心微生物组帮助AM真菌矿化有机磷

• New Phytologist | 中国科学院微生物所高程组合作揭示青藏高原草甸退化对丛枝菌根共生的影响

• Plant Cell Environ.: 山东农大解志红课题组揭示土壤磷水平决定农田菌群功能

• Plant Com：绝对定量检测宿主微生物组的HA-QAP技术简介* 全文解读

GPB/BiB/Bioinformatics

• GPB：农业生产活动对水体微生态的重要影响

• GPB：菊粉改善糖脂代谢紊乱作用的机制

• GPB：葛根芩连汤调节肠道菌群治疗糖尿病的关键活性成分鉴定及机制研究

• GPB: MicroPhenoDB量化关联宏基因组与病原微生物、核心基因和人类疾病表型

• BiB | 浙大蒋超组开发面向多组及纵向实验设计的各类组学数据的功能富集新方法

• BiB | 珠江医院周宏伟/方臻成等开发基于语言模型的宏基因组益生菌挖掘算法

• BiB：王秀杰/裴小兵合作开发单细胞组学细胞标记基因鉴定算法COSG

• BiB | 姜敬哲/原丽红/孙燕妮团队合作开发可用于病毒快速分类生信工具

• BiB: 电子科大邹权组构建基于肠道菌群平衡的疾病预测模型及微生物生物标志物发掘平台

• BiB | 农科院深圳基因组所王怡雯组提出一种去除微生物组数据中批次效应的多元算法框架

• Brief Bioinformatics ｜ 艾冬梅/夏立等综述识别生物时间序列中的局部关联：算法、统计显著性和应用

• Bioinformatics：吉林大学刘富组-深度学习从宏基因组序列中识别短病毒序列Virtifier

• Bioinformatics | 沈伟/胡鹏/任红团队开发兼顾原核生物和病毒的宏基因组物种组成分析软件KMCP

• Bioinformatics & BIB｜港城大孙燕妮组用于识别和分析宏基因组数据中噬菌体序列的网站

• BiB | 浙大蒋超组开发iPhylo平台推动生物与化学分类学的整合分析

环境

• Water Research | 宁波大学张化俊/张德民组揭示含氯消毒剂消毒海水后原核群落的恢复机制

• EST | 武冬等-空气中病原菌的群落优势确保耐药基因的赋存特征

• 中南大学郭朝晖/徐锐团队ES&T内封面:矿区水系沉积物中由光电子协助的微生物砷酸盐还原新机制

• Global Change Biology | 增温下微生物温度敏感性调控土壤有机碳分解

MDPI

• Agronomy | 西农林雁冰组生物菌剂联合玉米轮作减少向日葵列当寄生

Current Opinion系列

• COM：重组菌群体系在根系微生物组研究中应用*

• COM：下一代微生物组技术在作物生产中的应用——局限性以及基于知识的解决方案的需求

• COM：病原体之外-微生物组与植物免疫系统的相互作用

• COM：根系-土壤-微生物互作

• COB：自然界的循环利用-厌氧微生物群落推动着自然生物质的降解

• COPB：Current综述：中农宋春旭等为植物有益微生物组构建一个美好家园

Communications Biology

Nature出版社新开源期刊，目标是承接Nature Communications拒稿的优秀文章。今年获首个影响因子，预计2-3年后将稳定在8分左右(Nature Communicates和Scientific Reports的平均水平)。

• CB: 浙工大钱海丰组等发现浮丝藻水华促进抗性基因传播转移

• CB：南土所梁玉婷组-细菌群落的高稳定性和代谢能力促进了土壤中易分解碳的快速减少

• CB：中国农大胡永飞组构建整合的鸡肠道微生物组的参考基因和基因组集

中国科学

• SCLS：水稻微生物组时间序列分析*

• SCLS：拟南芥二半萜类化合物调控根系微生物组*

• SCLS | 沈其荣团队袁军组-土壤植物系统影响植食者肠道微生物组成及取食偏好

• SCLS | 朱永官院士等-噬菌体技术阻抑抗生素耐药风险隐匿大流行

• SCLS：微生物所方荣祥/张莉莉团队开发植物内生细菌特异16S引物

• SCLS | 谢黎炜团队发现丁酸-Mct1是肠道菌群调控骨骼肌干细胞稳态的关键通路

• 从“微生物组”到“微生物群系”: microbiome 译名变化背后应是研究思路与手段的彻底变革

• 中国科学：植物免疫研究与抗病虫绿色防控：进展、机遇与挑战

• 科学通报：合成微生物群落的构建与应用

• Science Bulletin：崔杰组发表了深浅海软甲纲动物比较病毒组学分析成果

• Science Bulletin | 肠道菌群与冠心病研究最新进展

食品

• Trends in Food Science & Technology | 华科宁康组综述微生物资源与发酵食品研究的新视角

• Advanced Scienc封面 | 姚彦坡研究员/李培武院士/朱永官院士综述曲霉毒素—主要的食品污染物

• 微生物所蔡磊等利用微生物组技术成功开展大豆原产地溯源与病原真菌检疫筛查

综述

• JAFC封面 | 沈其荣院士团队综述调控根际微生物组保障植物健康

• Trends in Plant Science | 植物微生物群失调与安娜-卡列尼娜原则

• Trends Plant Sci | 朱永官院士等综述植物叶片的生物固氮作用

• Trends Microbiol | 王关红团队综述宿主-微生物相互作用研究中的无菌和限菌技术

• TiM | 韩国中央大学贾保磊等综述肠道微生物组介导的胆固醇水平降低的机制

• Annual Review丨中科院王二涛组发表有关菌根共生综述

• TiG: 王关红和Jackson Champer综述共生菌和基因驱动技术防控蚊媒疾病

• TiP：湖大于峰组综述病原体分泌的宿主模拟物在植物病害发展中的新作用！

• 刘双江：微生物对经济社会发展的影响研究

• 近9分的生信杂志发了一篇Venn图工具大比拼

• 微生物组学大数据：如何挖掘与利用？

• TM综述：低微生物量微生物组研究中的污染：问题和建议

• 南土所褚海燕组综述微生物组学的技术和方法及其应用

• TM：微生物稀有生物圈群落装配过程

• Trends Microbiol | 华南农业大学发表小肽调控植物-根际微生物互作综述

• TM：rDNA拷贝数的种内变化影响微生物群落分析吗?

• TM: 微生物入侵：过程、模式与机制

• TiM：清华杨云锋-微生物功能性状的新兴模式

• BA：根际微生物组提高植物耐盐性的研究进展*

• FEMS综述: 如何从微生物网络中的“毛线球”理出头绪

• TEE综述：植物—土壤反馈(PSF)：自然和农业科学间的桥梁

• MER：系统了解宏组学实验与分析

• 淡水：21世纪的分子微生物生态学

• ARM：植物微生物组的生态学与进化

• Ecology&Evolution|微生物功能多样性从概念到应用

• BA综述：微生物群落的生物技术潜力及应用

其他

• JGG｜中国农业大学王金锋团队综述饮食调控下肠道病毒组响应与反馈模式

• Metabolic Engineering ｜ 代谢工程改造共生菌以靶向肠道递送丁酸并解析宿主-微生物的互作机制

• Diabetes | 仝小林、朱怀球合作团队运用微生物组学及多组学技术系统阐释二型糖尿病中医证候

• Molecular Ecology | 中科院南土所梁玉婷等揭示细菌和真菌的多空间尺度结构和功能特征影响碳矿化

• mBio | 美国约翰霍普金斯大学Steven团队揭示重大数据分析错误导致癌症微生物组研究结果无效及Nature撤稿

刘永鑫组合作文章

• GigaScience | 基因组所刘永鑫组-短读长宏基因组数据的去宿主污染软件评估

• iMeta | 刘永鑫/陈同/李国梁/陈实富/文涛-EasyMetagenome: 用户友好且灵活的宏基因组测序数据分析流程

• iMeta | 高颜值高被引绘图网站ImageGP 2.0在线发表

• 生物技术通报 | 刘永鑫组综述微生物组分析方法与功能挖掘

• Cell Reports Methods | 中科院农资中心李小方组-宏组学蛋白自然多样性注释软件DeepMetagenome

• JGG｜中国农科院基因组所刘永鑫团队综述纳米孔测序技术进展

• iMeta | 李地艳/刘永鑫/毛如荣揭示阴道微生物群影响不孕症女性体外受精的妊娠结局

• iMeta | 最全可视化韦恩图和集合图工具EVenn使用手册

• iMeta | 基因组所刘永鑫组联合全球95家单位合作倡议发起微生物组实验手册第二版

• iMeta | 浙江省农业科学院李有贵团队揭示桑黄多酚抗结肠炎肠道分子机制

• iMeta | 李雪萌/刘永鑫-评述开源软件USEARCH 12

• Agronomy | 李德军/刘永鑫综述澳洲坚果衰退病管理策略

• iMeta编辑部和湘湖实验室联合发表ChatGPT与生成式AI的高效使用方法和使用规范

• iMeta | 基因组所刘永鑫组与微科盟合作开发宏组学数据在线分析平台

• iMetaOmics | 基因组所刘永鑫组-易扩增子(EasyAmplicon)：用户友好的扩增子测序数据分析指南

• iMetaOmics | 刘永鑫/陈同-用于食物微生物组成和时间序列研究的微生物组数据库FoodMicroDB

• Theranostics | 西农赵善廷/西医柴学军揭示杜仲多糖改善高脂饮食小鼠认知障碍的作用机制

• PBJ | 湘湖实验室姚燕来团队综述益生菌在调控植物生长与防御权衡中的作用

• NC | 北大深圳余珂组BASALT–可利用二代及三代数据的宏基因组分箱及精炼工具

• Horticulture Research | 安徽农业大学植物病原细菌学团队在猕猴桃微生物组与溃疡病抗性方面取得新进

宏基因组推荐

• 1月10-12日，单菌基因组组装、注释、遗传表征、分子分型、系统进化和传播溯源

• 2月21-23日，家系、肿瘤临床基因组/外显子组数据分析

• 3月21-23日，高级转录组分析和R语言数据可视化

• 3月28-30日，第二届全国基因组信息学大会

• 4月11-13日，微生物组-扩增子16S分析

• 5月11-13日，微生物组-宏基因组分析

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