生物信息百Jia软件（十四）：velvet

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通哥点评

velvet是最早的用于二代测序的序列拼接工具，拼接效果还可以，不过我觉得不如SOAPdenovo效果好。其实也不只是觉得，也测试过很多数据，SOAPdenovo可以构建更多的scaffold序列，也就是序列的完整性更好，velvet局部准确性更高，其实也很难具体说谁更好，经常是多个工具都试一遍，然后看结果之间的差别，如果所有软件结果都可以，那么拼接的准确性就很不错。

一、功能分类：
序列拼接软件

二、软件官网：
http://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/

三、软件介绍:
velvet是比较早也比较有名的短序列拼接软件，最早发布的版本是在2007年，由欧洲分子生物学中心EBI发布。对后面的序列拼接软件产生了很大的影响。例如illumina的basespace系统，集成的就是velvet软件。它的原理和其他短序列拼接软件如SOAPdenovo和Abyss都差不多，都是基于kmer的序列拼接工具。velvet使用起来也并不难。

四、下载安装：
wget https://www.ebi.ac.uk/~zerbino/velvet/velvet_1.2.10.tgz
tar -zxvf velvet_1.2.10.tgz
cd velvet_1.2.10