5分+肿瘤预后模型生信分析如何做？单细胞分析+干湿结合

今天给同学们分享一篇单细胞分析+干湿结合的生信文章“Tumor-associated endothelial cell prognostic risk model and tumor immune environment modulation in liver cancer based on single-cell and bulk RNA sequencing: Experimental verification”，这篇文章于2023年9月9日发表在Int Immunopharmacol 期刊上，影响因子为5.3。

全球肝癌发病率正逐渐上升 。乙型病毒感染、丙型病毒感染和非酒精性肝炎已被确定为肝癌的主要危险因素。肝癌肿瘤微环境具有极强的异质性，包含基质细胞、各种免疫细胞和分化程度不同的肿瘤细胞。这一特点决定了肝癌患者从临床治疗中获益有限。

1.肝癌中肿瘤相关内皮细胞标记基因的鉴定

在对 GSE189903 中的单细胞测序数据进行质量控制后，39,092 个细胞和 20,543 个基因可用于下一步分析。共选择了 3000 个高变异基因进行 PCA 降维。降维结果经聚类后共得到 29 个细胞簇。经过 SingleR 软件注释和查阅以前的文献，16 个细胞群被注释为 TEC。通过 Wilcoxon-Mann-Whitney 检验，87 个细胞被认定为标记基因（图 1）。