项目文章 | 一套转录因子ChIP-seq数据，2篇一区SCI？快来瞅瞅

2023年和近期，北京大学深圳医院/江西中医药大学研究团队以一套“FoxO3a的ChIP-seq数据”发表两篇一区SCI文章（顺便一提，爱基百客为研究提供ChIP-seq技术支持）。“Energy stress modulation of AMPK/FoxO3 signaling inhibits mitochondriaassociated ferroptosis”研究发现FoxO3a激活剂三氟拉嗪（TFP）（一种经FDA批准的抗精神病药物），可以通过AMPK/FoxO3a/HIF-1α/SLC7A11信号通路和线粒体依赖机制减少大鼠铁死亡相关的缺血—再灌注损伤。

另外一篇研究“Microglial forkhead box O3a deficiency attenuates LPS-induced neuro-inflammation and depressive-like behaviour through regulating the expression of peroxisome proliferator-activated receptor-γ”揭示了FOXO3a在微胶质细胞中对PPAR-γ的调控作用，并阐明了其在神经炎症和抑郁症发展中的潜在机制，为开发新的抗抑郁治疗策略提供了科学依据。

如何用一套ChIP-seq数据发2篇文章，关键在于2篇文章锁定的FOXO3a的下游靶基因和通路是完全不一样的。

下面小编带大家来看看这2篇文章具体都是怎么做的。

「 论文一 」

Energy stress modulation of AMPK/FoxO3 signaling inhibits mitochondria-associated ferroptosis

本文的研究思路集中在探讨AMPK/FoxO3a信号通路在能量应激条件下对线粒体相关性铁死亡（ferroptosis）的调控作用。以下是详细的研究步骤和思路：

01.能量应激与铁死亡的关系：

首先，研究者探讨了能量应激（如葡萄糖缺乏）如何影响铁死亡，特别是在癌细胞和缺血性疾病的背景下。

图1.能量应激抑制铁死亡

02.AMPK/FoxO3a信号通路的角色：

研究了AMPK（AMP激活蛋白激酶）/FoxO3a信号通路在维持能量稳态中的作用，以及它在调控线粒体功能和铁死亡中的潜在作用。

图2.能量应激部分通过 AMPK/FoxO3a 信号通路抑制铁死亡

03.体外实验：

- 使用不同浓度的erastin或RSL3处理细胞，观察在正常和葡萄糖剥夺条件下对铁死亡的影响。

- 通过CCK-8试剂盒测量细胞活性，使用Western blot分析检测GPX4和SLC7A11等铁死亡相关蛋白的表达。

图3.葡萄糖耗竭诱导的 FoxO3a 活化调节抗氧化酶的表达

04.线粒体功能与铁死亡：

研究线粒体形态和功能在铁死亡中的作用，以及能量应激如何通过FoxO3a调节线粒体基因表达和线粒体活性。

图4 .能量应激抑制erastin诱导的线粒体功能障碍

05.FoxO3a的调控作用：

通过敲低或过表达FoxO3a，研究其对抗氧化酶表达、线粒体活性和铁死亡敏感性的影响。

图5 .能量应激通过诱导FoxO3a抑制线粒体基因表达

06.药物干预实验：

研究了FDA批准的抗精神病药物三氟拉哌齐（trifluoperazine, TFP）作为FoxO3a激动剂，对大鼠脑缺血/再灌注（CIR）损伤的保护作用，以及其通过AMPK/FoxO3a/HIF-1α信号通路和线粒体依赖机制发挥作用的机制。其中，利用ChIP-seq技术确定FoxO3a转录因子在基因组中的结合位点，特别是它在线粒体相关基因的调控区域的结合情况。

图6. TFP通过AMPK/FoxO3a/Hif1α通路对大鼠CIR损伤发挥保护作用

07.体内实验：

通过大鼠短暂性大脑中动脉闭塞（MCAO）模型，评估TFP对CIR诱导的神经损伤的保护效果。

图7.TFP恢复大鼠短暂性局灶性脑缺血中的氧化应激和铁变化

图8.TFP通过线粒体相关的铁死亡途径减轻CIR损伤

基于实验结果，得出结论，即AMPK/FoxO3a信号通路的激活通过线粒体依赖机制抑制铁死亡，并且TFP通过调节AMPK/FoxO3a/HIF-1α/SLC7A11信号通路和线粒体活性，减少了与铁死亡相关的脑缺血/再灌注损伤。

整体来看，本文的研究思路是通过一系列体外和体内实验，系统地研究了AMPK/FoxO3a信号通路在能量应激条件下对铁死亡的调控机制，并探索了TFP作为潜在的神经保护剂的作用。

「 论文二 」

Microglial forkhead box O3a deficiency attenuates LPS-induced neuro-inflammation and depressive-like behaviour through regulating the expression of peroxisome proliferator-activated receptor-γ

本文的研究思路可以概括为以下几个步骤：

01.研究背景与假设提出：

抑郁症与微胶质细胞的激活和神经炎症密切相关。研究者假设微胶质细胞中的FOXO3a/PPAR-γ信号通路可能在抑郁症的发展中起重要作用。

02.体外实验研究：

使用LPS刺激BV-2细胞（一种微胶质细胞株）来模拟微胶质细胞的激活状态。通过转染特定siRNA来抑制FOXO3a的表达，观察对微胶质细胞炎症反应的影响。通过过表达FOXO3a来增强其在微胶质细胞中的作用，并观察其对细胞极化的影响。

图9.脂多糖（LPS）诱导小胶质细胞中FOXO3a上调和PPAR-γ下调

图10.FOXO3a可调节脂多糖（LPS）诱导的小胶质细胞极化表型

03.体内实验研究：

利用基因敲除技术在小鼠模型中特异性敲除微胶质细胞的FOXO3a，构建FOXO3a条件性敲除小鼠模型。通过LPS诱导产生抑郁样行为，观察FOXO3a缺失对小鼠行为学、神经炎症反应以及PPAR-γ表达的影响。

图11.小胶质细胞中FOXO3a的缺乏阻止了脂多糖（LPS）诱导的小鼠抑郁样行为

图12. 小胶质细胞中 FOX03a的敲除引起过氧化物酶体增殖物激活受体y(PPAR-y)的增加，并改善脂多糖(LPS)处理的小鼠海马中NLRP3 的过度表达。

04.分子机制探索：

利用ChIP-seq技术确定FOXO3a是否直接与PPAR-γ的启动子区域结合，并评估其对PPAR-γ转录活性的影响。通过双荧光素酶报告基因分析来确认FOXO3a与PPAR-γ之间的相互作用

图13. FOX03a的去乙酰化和极化通过抑制过氧化物酶体增殖物激活受体y(PPAR-)在小胶质细胞中的表达来调节脂多糖(LPS)诱导的神经炎症

05.药理学干预实验：

使用PPAR-γ的药理学抑制剂GW9662来处理FOXO3a缺失的小鼠，以确定PPAR-γ在FOXO3a缺失引起的抗抑郁效应中的作用。对小鼠进行了一系列行为学测试，包括强迫游泳测试（FST）、尾悬挂测试（TST）、糖水偏好测试（SPT）和开放场测试（OFT），以评估LPS诱导的抑郁样行为和焦虑行为。

图14.过氧化物酶体增殖物激活受体y(PPAR-y)受体阻滯剂GW 9662促进小胶质FOX03a缺陷小鼠中脂毒素(LP)诱导的小胶质细胞激活和抑郁样行为

对实验数据进行统计分析，以确定FOXO3a的调节作用和PPAR-γ信号通路在微胶质细胞极化及抑郁症中的重要性。根据实验结果，得出结论：FOXO3a通过调控PPAR-γ的表达来影响小胶质细胞的极化状态，进而影响神经炎症和抑郁症状的发展。并提出未来研究的可能方向，如FOXO3a/PPAR-γ轴作为抑郁症治疗的新靶点。

通过这一系列的研究步骤，本文揭示了FOXO3a在微胶质细胞中对PPAR-γ的调控作用，并阐明了其在神经炎症和抑郁症发展中的潜在机制，为开发新的抗抑郁治疗策略提供了科学依据。

「  总  结  」

ChIP-seq技术为我们提供了深入探索基因调控网络的强大工具。然而，面对海量的测序结果，很多研究者可能会将注意力集中在特定的靶基因或通路上，而忽视了其他潜在的重要信息。这两篇SCI论文的发表，为我们提供了一个宝贵的启示：即使是同一套ChIP-seq数据，通过不同的视角和分析策略，也能够揭示出不同的科学问题。有数据的老师也可以尝试二次分析现有的ChIP-seq结果，说不定能找到新的突破点哦~

·  爱基百客王牌产品ChIP-seq简介 · 

· ChIP-seq相关介绍 ·

ChIP-seq技术将染色质免疫共沉淀和二代测序技术结合，是研究体内蛋白质与DNA相互作用的有力工具，可用于组蛋白修饰、RNA聚合酶、转录因子和辅因子以及G4链体（G4）等方面的研究，技术成熟稳定。爱基百客ChIP-seq可提供：

• ChIP-seq测序分析

Peak分析: Peak注释和分布分析，Peak关联基因的GO、KEGG的注释和富集分析， 转录因子和Motif分析等。

多样本差异分析：差异 Peak 分布情况统计，差异 Peak 关联基因GO、KEGG 功能注释与富集，转录因子预测，Motif 预测等。

·  后续验证

01 ChIP-qPCR

分析组蛋白修饰/转录因子与染色质区域的结合情况，揭示染色质状态和基因表达调控之间的关系，真实反映结合特性。

02 EMSA

基于DNA-蛋白质复合体在聚丙烯酰胺凝胶电泳（PAGE）中的迁移率不同，检测活化的与DNA结合的蛋白转录或调节因子。

03 双荧光素酶报告实验

检测转录因子与靶启动子的特异结合。

• ChIP-seq+转录组关联分析

ChIP-seq和转录组关联分析可以做以下2个方面的研究：

1、DNA结合蛋白和基因表达调控：通过ChIP-seq技术可以确定DNA结合蛋白（如转录因子）的结合位点，然后与转录组数据结合分析，可以获得转录因子直接调控的靶基因，为全面理解转录因子调控功能提供依据。

2、组蛋白修饰和基因表达：ChIP-seq可以用于鉴定组蛋白修饰的位点，结合转录组数据可以了解这些修饰对基因表达的影响。

·  爱基百客ChIP-seq三大优势

优势一：项目经验丰富，研究物种200＋种，累计实验2000余次。全面覆盖医口和农口等不同样本，不惧特殊样本（如脂肪组织、高淀粉组织和真菌类），抗体经验也极其丰富（多种组蛋白修饰、转录因子、标签抗体以及p300和RNApol II等均有涉及）；

优势二：提供前期实验设计、测序、分析以及后期验证（ChIP-qPCR、EMSA）一站式服务；

优势三：项目文章多次发表于Science、Cancer Cell、Nature Plants、Nature Metabolism以及Plant Cell等期刊。