这个软件是目前为止今年安装的遇到bug最多的软件,所以记录一下安装过程
参考过的的经验帖
https://github.com/nservant/HiC-Pro
https://www.modb.pro/db/401433
https://blog.csdn.net/weixin_43551076/article/details/112197321
#下载解压
wget https://github.com/nservant/HiC-Pro/archive/refs/tags/v3.1.0.tar.gz
tar -zxvf v3.1.0.tar.gz
#进入文件夹下conda创建环境
#这个是查看conda info --envs得到的
#/home/y/miniconda3/envs/
conda env create -f environment.yml -p /home/y/miniconda3/envs/
conda activate /home/y/miniconda3/envs/
#安装需要的包
conda install -y samtools bowtie2
#不一定是这个这个R版本,指定R版本安装的会比较快
conda install -c conda-forge r-base=4.1.2
conda install -y pysam bx-python numpy scipy
#还有遇到一个错误是HiC-pro Can not proceed without g++,这时可以自己安装 sudo apt-get install g++
#修改config-install.txt 文件,指定路径(一定要改这个,不然的话,默认安装的路径会在usr/bin下,会报错,permission denied)
#使用which查看文件路径
#PREFIX是单独创建的,不然会覆盖原来的文件
PREFIX = /home/y/Desktop/download/
BOWTIE2_PATH = /home/y/miniconda3/envs/bin/
SAMTOOLS_PATH = /home/y/miniconda3/envs/bin/
R_PATH = /home/y/miniconda3/envs/bin/
PYTHON_PATH = /home/y/miniconda3/envs/bin/
CLUSTER_SYS = TORQUE
#安装
make configure
make
#最后查看是否安装好,需要执行下面的命令,如果进入bin下会报错
/home/y/Desktop/download/HiC-Pro_3.1.0/bin/HiC-Pro -h