组蛋白修饰攻略:功能与分布位点汇总

组蛋白修饰常见的功能包括:转录激活和抑制、细胞分化、细胞有丝分裂、DNA损失修复,但最为普遍的功能是对基因表达的调控(转录激活和抑制)。它通过改变染色质的结构,影响DNA的可及性和基因的转录活性。

组蛋白修饰通过在组蛋白的特定氨基酸残基上添加或移除化学基团,影响染色质结构和功能,从而调控基因表达。组蛋白修饰主要包括甲基化、乙酰化、乳酸化、泛素化、磷酸化等。其功能会因其修饰氨基酸类型、修饰位点、修饰类型以及修饰程度而不同。以研究较多的组蛋白H3K4为例,该位置上的甲基化程度不同,它们在基因组上的分布有所不同。

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图:H3K4甲基化标记及其基因组分布[1]

H3K4me1、H3K4me2 和 H3K4me3 分布在基因组的不同区域。H3K4me3、H3K4me2 和 H3K4me1 在活跃转录基因的TSS周围呈逐渐扩散的分布。此外,H3K4me1 在远端增强子区域分布,通常充当增强子标记。

在研究组蛋白修饰时,四种标准组蛋白中的每一种都可能在多个位点被修饰,其N末端具有不同的修饰。但在实际研究中,研究人员倾向于研究组蛋白H3上的一些修饰。它们在基因调控中具有很好的特征。

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图:组蛋白修饰在T细胞中活性基因和沉默基因的转录调控元件中的分布[2]。

我们汇总了常见的一些组蛋白修饰的功能和位点供大家参考(后续会持续更新)。比如常见H3K4me3、H3K27ac都是重要的表观遗传学标记,不少文章选择它们的ChIP-seq或CUT&Tag表观数据作比较。

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常见组蛋白修饰功能及分布位点(持续更新 ing)

如果您不知道该如何选择组蛋白修饰类型,爱基百客生物可以提供ChIP-seq/CUT&Tag等全套技术服务,针对具体课题提供指导。欢迎有相关需求的老师咨询我们,目前春季大促CUT&Tag的活动还在继续哦~

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CUT&Tag产品介绍

CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法,该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割并且在序列两端加上测序接头,经过PCR扩增后形成可以用于高通量测序的文库,随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。

产品优势:

1. 无需甲醛交联,样本要求量低,背景干净,可重复性好;

2. 提供从方案设计,建库测序,到数据分析和验证一站式服务;

3. 云平台,多组学联合分析深度挖掘数据;

4. 项目经验丰富:

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实测数据:

1. 抽核结果

提供“单细胞测序”标准的抽核解决方案。

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2. CUT&Tag酶切片段分布

转录因子/组蛋白修饰的酶切片段分布呈现周期性。

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3.reads密度分布图

reads在TSS附近呈现明显的富集。

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4.功能元件分布图

Peak在基因功能元件上分布。

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5.Peak可视化

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  • 参考文献

  1. Collins, B.E., Greer, C.B., Coleman, B.C. et al. Histone H3 lysine K4 methylation and its role in learning and memory. Epigenetics & Chromatin 12, 7 (2019).

  2. Lim, P.S., Shannon, M.F., H, K. Epigenetic control of inducible gene expression in the immune system. Epigenomics. 2(6):775-95 (2010).

OFDM(正交频分复用)是一种高效的多载波通信技术,它将高速数据流拆分为多个低速子流,并通过多个并行的低带宽子载波传输。这种技术具有高频谱效率、强抗多径衰落能力和灵活的带宽分配优势。 OFDM系统利用大量正交子载波传输数据,子载波间的正交性可有效避免码间干扰(ISI)。其数学表达为多个离散子载波信号的线性组合,调制和解调过程通过FFT(快速傅立叶变换)和IFFT(逆快速傅立叶变换)实现。其关键流程包括:数据符号映射到子载波、IFFT转换为时域信号、添加循环前缀以减少ISI、信道传输、接收端FFT恢复子载波数据和解调原始数据。 Matlab是一种广泛应用于科研、工程和数据分析的高级编程语言和交互式环境。在OFDM系统设计中,首先需掌握Matlab基础,包括编程语法、函数库和工具箱。接着,根据OFDM原理构建系统模型,实现IFFT/FFT变换、循环前缀处理和信道建模等关键算法,并通过改变参数(如信噪比、调制方式)评估系统性能。最后,利用Matlab的绘图功能展示仿真结果,如误码率(BER)曲线等。 无线通信中主要考虑加性高斯白噪声(AWGN),其在频带上均匀分布且统计独立。通过仿真OFDM系统,可在不同信噪比下测量并绘制BER曲线。分析重点包括:不同调制方式(如BPSK、QPSK)对BER的影响、循环前缀长度选择对性能的影响以及信道估计误差对BER的影响。 OFDM技术广泛应用于多个领域,如数字音频广播(DAB)、地面数字电视广播(DVB-T)、无线局域网(WLAN)以及4G/LTE和5G移动通信,是这些通信标准中的核心技术之一。 深入研究基于Matlab的OFDM系统设计仿真,有助于加深对OFDM技术的理解,并提升解决实际通信问题的能力。仿真得到的关键性能指标(如BER曲线)对评估系统可靠性至关重要。未来可进一步探索复杂信道条件下的OFDM性能及系统优化,以适应不同应用场景
51单片机是电子工程领域常用的入门级微控制器,广泛应用于小型电子设备,例如电子时钟。本项目将介绍如何利用51单片机设计一款简单的电子时钟,并通过Keil软件进行程序开发,同时借助Proteus仿真工具进行电路模拟,帮助初学者掌握51单片机的基础应用。 51单片机基于Intel 8051内核,集成了CPU、RAM、ROM、定时器/计数器和I/O端口等功能模块,具有易于编程和性价比高的优势。在电子时钟项目中,主要利用其定时器实现时间的精确计算。Keil μVision是51单片机的常用开发环境,支持C语言和汇编语言编程。开发时,需编写代码以控制单片机显示和更新时间,包括初始化时钟硬件、设置定时器中断、编写中断服务程序以及LCD显示屏交互等步骤。关键环节如下:一是初始化,配置时钟源(如外部晶振)设定工作频率;二是定时器设置,选择合适模式(如模式1或模式2),设置计数初值以获得所需时间分辨率;三是中断服务,编写定时器中断服务程序,定时器溢出时更新时间并触发中断;四是显示控制,通过I/O端口驱动LCD显示屏显示当前时间。 Proteus是一款虚拟原型设计软件,可用于模拟硬件电路,帮助开发者在编程前验证电路设计。在Proteus中,可搭建51单片机、LCD模块、晶振及电阻、电容等元件,形成电子时钟电路模型。运行仿真后,可观察程序在实际电路中的运行情况,及时发现并解决问题。 实际项目中,51单片机电子时钟还涉及以下知识点:一是时钟信号产生,定时器通过计数外部时钟脉冲实现时间累计,可通过调整晶振频率和定时器初始值设置不同时间间隔;二是LCD接口,需理解LCD的命令和数据传输协议,以及如何控制背光、显示模式、行列地址等;三是中断系统,了解中断概念、中断向量及程序中中断的启用和禁用方法;四是数码管显示,若使用数码管而非LCD,需了解其显示原理及段选、位选的驱动方式。 本项目融合了单片机基础、
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