组蛋白修饰攻略：功能与分布位点汇总

组蛋白修饰常见的功能包括：转录激活和抑制、细胞分化、细胞有丝分裂、DNA损失修复，但最为普遍的功能是对基因表达的调控（转录激活和抑制）。它通过改变染色质的结构，影响DNA的可及性和基因的转录活性。

组蛋白修饰通过在组蛋白的特定氨基酸残基上添加或移除化学基团，影响染色质结构和功能，从而调控基因表达。组蛋白修饰主要包括甲基化、乙酰化、乳酸化、泛素化、磷酸化等。其功能会因其修饰氨基酸类型、修饰位点、修饰类型以及修饰程度而不同。以研究较多的组蛋白H3K4为例，该位置上的甲基化程度不同，它们在基因组上的分布有所不同。

图：H3K4甲基化标记及其基因组分布[1]

H3K4me1、H3K4me2 和 H3K4me3 分布在基因组的不同区域。H3K4me3、H3K4me2 和 H3K4me1 在活跃转录基因的TSS周围呈逐渐扩散的分布。此外，H3K4me1 在远端增强子区域分布，通常充当增强子标记。

在研究组蛋白修饰时，四种标准组蛋白中的每一种都可能在多个位点被修饰，其N末端具有不同的修饰。但在实际研究中，研究人员倾向于研究组蛋白H3上的一些修饰。它们在基因调控中具有很好的特征。

图：组蛋白修饰在T细胞中活性基因和沉默基因的转录调控元件中的分布[2]。

我们汇总了常见的一些组蛋白修饰的功能和位点供大家参考（后续会持续更新）。比如常见H3K4me3、H3K27ac都是重要的表观遗传学标记，不少文章选择它们的ChIP-seq或CUT&Tag表观数据作比较。

常见组蛋白修饰功能及分布位点（持续更新 ing)

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CUT&Tag产品介绍

CUT&Tag是研究蛋白和DNA互作的新兴实验方法，该方法是通过蛋白特异性抗体引导Protein A-Tn5酶在目标蛋白结合的DNA位置进行切割并且在序列两端加上测序接头，经过PCR扩增后形成可以用于高通量测序的文库，随后对文库进行测序分析从而解析与目标蛋白结合的DNA片段。

产品优势：

1. 无需甲醛交联，样本要求量低，背景干净，可重复性好；

2. 提供从方案设计，建库测序，到数据分析和验证一站式服务；

3. 云平台，多组学联合分析深度挖掘数据；

4. 项目经验丰富：

实测数据：

1. 抽核结果

提供“单细胞测序”标准的抽核解决方案。

2. CUT&Tag酶切片段分布

转录因子/组蛋白修饰的酶切片段分布呈现周期性。

3.reads密度分布图

reads在TSS附近呈现明显的富集。

4.功能元件分布图

Peak在基因功能元件上分布。

5.Peak可视化

• 参考文献

1. Collins, B.E., Greer, C.B., Coleman, B.C. et al. Histone H3 lysine K4 methylation and its role in learning and memory. Epigenetics & Chromatin 12, 7 (2019).

2. Lim, P.S., Shannon, M.F., H, K. Epigenetic control of inducible gene expression in the immune system. Epigenomics. 2(6):775-95 (2010).