Protenix：超越AlphaFold3的开源选择，性能对比及在线实操指南

Protenix，这是一个旨在重现 AlphaFold3 并推动生物分子结构预测发展的开源项目，通过改进方法、提高模型性能和增强可及性，为跨学科研究提供支持。在不同分子类型的结构预测中表现出色，与 Alphafold3、Alphafold-Multimer 2.3 和 RoseTTAFold2NA 相比，Protenix 在预测蛋白质-配体、蛋白质-核酸等复合物结构上有较强性能。

性能比较

• • 配体预测： 在 PoseBusters Version 2 基准测试中，Protenix 在蛋白质-配体共折叠任务上表现优于 AF3，在预测新的蛋白质-配体相互作用方面具有高精度。

• • 蛋白质预测： 与 AF2.3 相比，Protenix 在预测蛋白质界面方面具有更高的 DockQ 成功率，在蛋白质-抗体预测方面有提升空间。

• • 核酸预测： 在 RNA 和 DNA 目标预测中，Protenix 性能与 AF3 相当，优于 RF2NA，能准确预测新型蛋白质-核酸复合物。

• 

开源地址

https://github.com/bytedance/Protenix

在线使用

• • 网址：https://protenix-serve