用网络图展示富集分析

这期推文的封面是一张富集分析的网络图，来自文献：Single cell RNA sequencing of human liver reveals distinct intrahepatic macrophage populations，算是比较新颖的富集展示方法，是用Cytoscape做的。

之前我介绍过一个网页工具，可以做富集结果的网络图，这篇推文的阅读量已经是我的小破公众号关注人数的两倍多，可以看出大家对这个很感兴趣。这一期，我继续介绍这种网络图，用到的是Cytoscape，比之前的网页工具可定制程度更高。主要参考的protocol来自文献：Pathway enrichment analysis and visualization of omics data using g:Profiler, GSEA, Cytoscape and EnrichmentMap。

公众号后台回复20210401获取这篇protocol，以及测试数据。 这篇文献除了写富集可视化，还写了如何做富集分析、GSEA，考虑相当周到，通读全文可以发现不少知识点，满满都是干货，比如

1. 做GSEA时，不需要对基因做过滤
2. Biological process是最常用的GO注释
3. 做GSEA时，需要对基因排序，排序的标准可以是一个或多个指标的结合，比如log-transformed fold-change，−log10 P value multiplied by the sign of log-transformed fold-change
4. 将冗余的通路合并到单个生物主题能简化后续的解释。这种网路图就是这个目的，每一个通路是一个圆点，两个通路之间共享很多基因的话会用线连起来，共享基因数目越多，线越粗

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什么是Cytoscape？ Cytoscape是一个开源软件平台，主要用于分子互作网络和生物通路的可视化，以及将这些网络与注释信息，基因表达谱整合起来。 尽管Cytoscape最初是为生物学研究而设计的，但现在它是进行复杂网络分析和可视化的通用平台。

当我打开官网的时候，我惊呆了，真的太好看了！