2024.06.04【读书笔记】丨生物信息学与功能基因组学（第十章 多序列比对的基本概念与应用 第三部分）【AI测试版】

读书笔记：《生物信息学与功能基因组学》第十章（第三部分）

标题：多序列比对的数据库资源与实际操作

多序列比对数据库资源

1. Pfam：基于profile HMM的蛋白家族数据库，提供序列多重比对和蛋白家族的profile HMMs。
2. SMART：简单分子构架研究工具，使用基于profile HMMs的HMMER软件。
3. 保守结构域数据库（CDD）：NCBI工具，允许基于序列或文本方式对Pfam和SMART进行查询。
4. BLOCKS：数据库只包含对应于蛋白质高度保守区的无空白多序列比对。
5. PRINTS：数据库包含了定义于SwissProt/TrEMBL中的蛋白质家族的蛋白“指纹”。
6. PROSITE：数据库提供了对蛋白质结构域和蛋白家族的描述。

访问数据库

• 通过网站地址访问各个数据库，进行序列搜索、文本搜索或浏览家族信息。

实际操作指南

1. 使用Pfam数据库：通过文本搜索“lipocalin”，获取与载脂蛋白相关的注释和多序列比对文件。
2. SMART数据库搜索：输入特定蛋白质序列，获取关于结构域组织和组成的描述。
3. CDD搜索：使用RPS-BLA