转录组测序技术和结果解读（十二）——共表达网络

共表达网络

 

基因共表达分析可以揭示转录调控的机制，选定一组基因，通过分析在不同样品中基因间表达量的相关性，构建基因间的共表达网络，从而可以明确其中的相互作用关系。

解决的问题

共表达网络的分析结果可以解决下述问题：

• 筛选与所关注的表型性状相关的核心基因；
• 预测基因间的调控关系和未知基因的功能；

分析流程

共表达网络的大致分析流程如下：

1. 对任意两个基因，采用Spearman方法计算二者相关系数；
2. 选取合适的阈值对相关性结果进行筛选；
3. 根据相关性结果绘制基因共表达网络；
4. 对共表达网络进行模块化并识别关键基因；

结果展示

利用Cytoscape等网络分析软件对结果进行展示和调整，图中每个点表示一个基因，点间的连线表示两个基因间存在共表达关系。

具有相关关系的基因能够形成不同的共表达聚类模块，每一个模块内的基因具有相同或相关的功能，每一个模块内与其它基因连接最多的基因为该模块的关键基因。

发布于 2019-12-12